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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-6-17 23:26:29 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-6-17 13:25
抱歉,之前确实没有在linux下工作的经验,我用g16命令试过,但是程序没在超算中心上运行,而是在本机上运 ...

$PATH变量你设置过吗?$PATH变量里面有若干个路径,其中有一个路径里包含一个叫做g16的可执行文件,这个路径就是高斯的运行路径。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2021-6-18 00:04:06 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-17 23:26
$PATH变量你设置过吗?$PATH变量里面有若干个路径,其中有一个路径里包含一个叫做g16的可执行文件,这个 ...

之前就只设置了一个输出文件路径,高斯软件直接用g16调用就行,没有设置过。

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发表于 Post on 2021-6-18 02:59:27 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-6-17 17:04
之前就只设置了一个输出文件路径,高斯软件直接用g16调用就行,没有设置过。

echo $PATH 看一下就知道了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2021-6-18 15:15:04 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-18 02:59
echo $PATH 看一下就知道了

:/sw/global/applications/gaussian/g16_avx2/bsd:
谢谢老师,刚查了一下路径,可是这个路径要写在哪里呀,脚本里吗?我看setting里面不是只要一个invoke的指令吗,一般是g16那种。

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发表于 Post on 2021-6-19 11:22:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xiayu1985 于 2021-6-19 11:43 编辑

g09文件的所有者是root,所属组是test,使用用户组test里面的用户test1运行g09 < /home/test1/1.gjf > /home/test1/1.log,结果发现提示1.log:permission denied。为什么以test1身份运行g09后,生成的文件log所有者和所属组都是root啊?如何解决?谢谢!
已经解决!把原来log的文件删了,重新运行了一次。可能是第一次运行没有使用test1用户。

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发表于 Post on 2021-6-21 09:15:56 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-6-17 20:54
我(目前)觉得,短期急着用的话,Python上手会比较快,一天就可以开始写代码了。Fortran/C/C++虽然是个 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2021-6-21 10:57:26 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-16 14:43
是不是这个分子本来是比较高的对称性(至少有一个三重轴),或者很接近高对称性,被你指定(或者程序自动 ...

老师好,我回去看了一下发现这个二聚体不论是单体还是二聚后应该都不具有对称性,请问这种情况该如何寻找原因呢?

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发表于 Post on 2021-6-21 17:45:06 | 只看该作者 Only view this author
落雁 发表于 2021-6-21 03:57
老师好,我回去看了一下发现这个二聚体不论是单体还是二聚后应该都不具有对称性,请问这种情况该如何寻找 ...

是不是在二聚体里两个chromophore离得特别远?如果有两个相同的chromophore,且彼此离得特别远,互相没有耦合,那么显然就会有两个相同的激发能。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2021-6-22 16:38:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 primashen 于 2021-6-22 16:42 编辑

请问这个OED图是用什么软件做的,谢谢E:\x

OED.png (14.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

OED.png

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发表于 Post on 2021-6-22 16:44:06 | 只看该作者 Only view this author
想向各位老师请教下,最近在用Gaussian09计算金属团簇吸附气体小分子的吸附能,但每个结果都为L9999,想请教下如何可以改善这个问题,因为文件内容过多对文件部分内容进行了删减

Fe7-ce-Co-N-2 - 副本.log

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发表于 Post on 2021-6-22 17:57:52 | 只看该作者 Only view this author
计算新手 发表于 2021-6-22 16:44
想向各位老师请教下,最近在用Gaussian09计算金属团簇吸附气体小分子的吸附能,但每个结果都为L9999,想请 ...

发一下输入文件可以不?
你这个应该是SCF不收敛的问题,可以看:解决SCF不收敛问题的方法 - http://sobereva.com/61
另外你用的泛函很可能不适合当前体系,仔细看:简谈量子化学计算中DFT泛函的选择 - http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-4.html
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2021-6-22 19:57:16 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-21 17:45
是不是在二聚体里两个chromophore离得特别远?如果有两个相同的chromophore,且彼此离得特别远,互相没有 ...

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-22 23:53:10 | 只看该作者 Only view this author
primashen 发表于 2021-6-22 16:38
请问这个OED图是用什么软件做的,谢谢

这是ODD不是OED

Multiwfn绘制,仔细看手册4.A.6节
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-22 23:55:01 | 只看该作者 Only view this author
计算新手 发表于 2021-6-22 16:44
想向各位老师请教下,最近在用Gaussian09计算金属团簇吸附气体小分子的吸附能,但每个结果都为L9999,想请 ...

不要自己删减
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北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-6-23 08:40:49 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢Sob老师开贴

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