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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 使用Gaussian+PySOC在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元

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发表于 Post on 2019-5-7 09:24:46 | 只看该作者 Only view this author
tiandikuoyuan 发表于 2018-7-23 19:34
Error when reading gaussian output
Traceback (most recent call last):
  File "/home/pysoc/bin/so ...

我遇到了类似的错误,无法读取gaussian output。
我的问题是g09root路径选错了,多加了一个'/09',把多余的字符删掉之后就可以运行了。

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发表于 Post on 2019-10-28 09:32:39 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问这里面算的ene_out.dat文件中各个态的激发能可以直接用吗?还是用“Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法”这篇博文里的方法更好?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-29 07:49:42 | 只看该作者 Only view this author
hanmingxi 发表于 2019-10-28 09:32
sob老师,请问这里面算的ene_out.dat文件中各个态的激发能可以直接用吗?还是用“Gaussian中用TDDFT计算激 ...

都一样,本来就是从Gaussian输出的信息里直接提取的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2019-10-29 10:02:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-29 07:49
都一样,本来就是从Gaussian输出的信息里直接提取的

但我比较了下两种方法算出的结果差别还是挺大的,查了下之前计算的关键词也没有错,是有什么问题吗我没有注意到,还是两种方法本来就不一样,这样的话用哪种比较好?

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发表于 Post on 2019-10-29 12:43:10 | 只看该作者 Only view this author
感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-30 05:43:16 | 只看该作者 Only view this author
hanmingxi 发表于 2019-10-29 10:02
但我比较了下两种方法算出的结果差别还是挺大的,查了下之前计算的关键词也没有错,是有什么问题吗我没有 ...

方法显然一样,pysoc自己根本不重新计算能量
注意是否读错、单位弄错没有
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2019-10-30 09:17:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-30 05:43
方法显然一样,pysoc自己根本不重新计算能量
注意是否读错、单位弄错没有

单重态:
%chk=c3-B-single.chk
%nprocshared=16
%mem=8GB
# opt b3lyp/def2svp td(nstates=15) nosymm

c3-B-single

0 1
N                 25.89646400    4.66987100   -0.86072900
O                 30.48938300    1.81943200    6.96125700
N                 30.68140600   -0.45920700    0.99261100
N                 32.14381500    5.15659900   13.41839200
O                 26.41582000    7.09946000    5.01982500
C                 29.71621400    3.83233300    6.00395100
C                 26.19829900    3.43423100   -1.45272600
O                 30.41035800    8.07044900    8.00496100
C                 28.73963400    4.35703000    5.14402300
H                 28.30790700    3.72139400    4.36997300
C                 25.70885300    3.43000800   -2.78589300
C                 28.26623800    5.66957200    5.31425700
C                 26.21762000    5.05272900    0.46110700
C                 28.79506000    6.45459700    6.34763700
H                 28.43649300    7.47642700    6.47979400
C                 30.18226300    2.40183600    5.93505800
C                 26.85835500    5.78806000    3.11067900
C                 30.21141000    4.62791900    7.04968800
H                 30.96198900    4.19414000    7.71158600
C                 27.85069400    5.30738000    2.23923000
H                 28.88888200    5.24714200    2.56973500
C                 30.76015400    4.78174300   11.43753500
H                 30.35627200    3.87882100   11.89809900
C                 30.55082300    2.36571500    3.40880400
H                 30.68115700    3.44955800    3.40184300
C                 29.76486400    5.94409700    7.22322400
C                 30.26655500    1.69891700    4.61240600
C                 31.69432500    5.55956200   12.14030900
C                 25.54481500    5.91950000    2.62361800
H                 24.77951300    6.31332100    3.29516200
C                 30.33151800    5.17167200   10.16914800
H                 29.58862800    4.55944600    9.65537800
C                 25.21786500    5.45719800   -1.80211400
C                 27.53883800    4.95434600    0.92669000
H                 28.32279600    4.61713000    0.24664900
C                 30.27983300   -0.41521400    3.40738400
H                 30.19583400   -1.50344800    3.40495700
C                 30.69338200    1.65673200    2.21626200
H                 30.90584000    2.18330700    1.28429800
C                 25.08659400    4.72098600   -3.00991000
C                 30.55043800    0.25986000    2.20341400
C                 30.14970300    0.29759900    4.59504600
H                 29.96940600   -0.22220900    5.53805100
C                 30.80689000    6.35791600    9.58278800
C                 25.22069100    5.54103700    1.32542000
H                 24.19000900    5.60813600    0.97306200
C                 27.12952600    6.25245100    4.51115600
C                 26.97226800    1.18090000   -1.71253300
H                 27.45467000    0.29019700   -1.30284800
C                 31.71922200    7.14702100   10.30773300
H                 32.07322300    8.07593000    9.85660600
C                 31.50495900   -1.22353700   -1.01119200
C                 31.76252500   -0.38121600    0.10306900
C                 25.87337500    2.28665500   -3.58106400
H                 25.50227600    2.27159800   -4.60894500
C                 26.82221400    2.30760100   -0.90188800
H                 27.17526300    2.29911400    0.13028200
C                 24.75067800    6.77326200   -1.69604400
H                 24.87316600    7.34978100   -0.77812600
C                 32.66677200    3.89706700   13.74584000
C                 29.73152200   -1.34024100    0.45805800
C                 32.17316100    6.74868000   11.55977100
H                 32.91177700    7.34821300   12.09444600
C                 30.20745900   -1.83188000   -0.78715800
C                 26.50871300    1.16933300   -3.04126600
H                 26.64408200    0.27201200   -3.64940900
C                 32.96249800    0.33223600    0.21603800
H                 33.17261400    0.96044500    1.08281800
C                 30.33569000    6.88070800    8.25951400
C                 33.00786300    3.88343900   15.12471800
C                 24.12710500    7.33597400   -2.81102100
H                 23.75378000    8.36132300   -2.74947900
C                 24.45603900    5.30951900   -4.11538100
H                 24.34858700    4.75343100   -5.05009100
C                 32.14374300    5.94929400   14.57537300
C                 33.89416800    0.20798900   -0.81587700
H                 34.83702900    0.75664300   -0.74914900
C                 32.45771800   -1.33099400   -2.03437900
H                 32.27167800   -1.97550700   -2.89708200
C                 31.67820800    7.25697000   14.76346800
H                 31.24810900    7.83278400   13.94301400
C                 32.75437600    5.76472600   16.93111000
H                 33.15884800    5.19115500   17.76884200
C                 32.67136600    5.19090700   15.65441200
C                 28.47351900   -1.70640400    0.95384400
H                 28.09710100   -1.31393300    1.89947100
C                 32.90368900    2.78625300   12.92601700
H                 32.66537600    2.80129700   11.86173500
C                 31.77109600    7.80459500   16.04404100
H                 31.41485400    8.82403600   16.21245300
C                 32.30795600    7.07199100   17.11876200
H                 32.36777700    7.53118800   18.10827500
C                 23.97442100    6.61358700   -4.00873600
H                 23.48010000    7.08282900   -4.86257500
C                 33.64667200   -0.61018900   -1.93365300
H                 34.39666900   -0.68400600   -2.72452800
C                 28.16931400   -3.09843400   -1.03320300
H                 27.54405500   -3.79082600   -1.60156400
C                 27.70485400   -2.59061300    0.19432200
H                 26.72078100   -2.89050800    0.56305700
C                 29.41622300   -2.71991500   -1.52981400
H                 29.77131900   -3.10613500   -2.48846300
C                 33.46622600    1.65110500   13.51198900
H                 33.65711900    0.77258300   12.89049800
C                 33.57180600    2.73032000   15.68892600
H                 33.83770600    2.70770600   16.74873900
C                 33.79394400    1.61687800   14.87993500
H                 34.23135000    0.71168200   15.30759900


SOC:
%rwf=gaussian.rwf
%nprocshared=16
%mem=8GB
# td(50-50,nstates=15) b3lyp/def2svp 6D 10F nosymm GFInput

gaussian

0 1
N                 25.89646400    4.66987100   -0.86072900
O                 30.48938300    1.81943200    6.96125700
N                 30.68140600   -0.45920700    0.99261100
N                 32.14381500    5.15659900   13.41839200
O                 26.41582000    7.09946000    5.01982500
C                 29.71621400    3.83233300    6.00395100
C                 26.19829900    3.43423100   -1.45272600
O                 30.41035800    8.07044900    8.00496100
C                 28.73963400    4.35703000    5.14402300
H                 28.30790700    3.72139400    4.36997300
C                 25.70885300    3.43000800   -2.78589300
C                 28.26623800    5.66957200    5.31425700
C                 26.21762000    5.05272900    0.46110700
C                 28.79506000    6.45459700    6.34763700
H                 28.43649300    7.47642700    6.47979400
C                 30.18226300    2.40183600    5.93505800
C                 26.85835500    5.78806000    3.11067900
C                 30.21141000    4.62791900    7.04968800
H                 30.96198900    4.19414000    7.71158600
C                 27.85069400    5.30738000    2.23923000
H                 28.88888200    5.24714200    2.56973500
C                 30.76015400    4.78174300   11.43753500
H                 30.35627200    3.87882100   11.89809900
C                 30.55082300    2.36571500    3.40880400
H                 30.68115700    3.44955800    3.40184300
C                 29.76486400    5.94409700    7.22322400
C                 30.26655500    1.69891700    4.61240600
C                 31.69432500    5.55956200   12.14030900
C                 25.54481500    5.91950000    2.62361800
H                 24.77951300    6.31332100    3.29516200
C                 30.33151800    5.17167200   10.16914800
H                 29.58862800    4.55944600    9.65537800
C                 25.21786500    5.45719800   -1.80211400
C                 27.53883800    4.95434600    0.92669000
H                 28.32279600    4.61713000    0.24664900
C                 30.27983300   -0.41521400    3.40738400
H                 30.19583400   -1.50344800    3.40495700
C                 30.69338200    1.65673200    2.21626200
H                 30.90584000    2.18330700    1.28429800
C                 25.08659400    4.72098600   -3.00991000
C                 30.55043800    0.25986000    2.20341400
C                 30.14970300    0.29759900    4.59504600
H                 29.96940600   -0.22220900    5.53805100
C                 30.80689000    6.35791600    9.58278800
C                 25.22069100    5.54103700    1.32542000
H                 24.19000900    5.60813600    0.97306200
C                 27.12952600    6.25245100    4.51115600
C                 26.97226800    1.18090000   -1.71253300
H                 27.45467000    0.29019700   -1.30284800
C                 31.71922200    7.14702100   10.30773300
H                 32.07322300    8.07593000    9.85660600
C                 31.50495900   -1.22353700   -1.01119200
C                 31.76252500   -0.38121600    0.10306900
C                 25.87337500    2.28665500   -3.58106400
H                 25.50227600    2.27159800   -4.60894500
C                 26.82221400    2.30760100   -0.90188800
H                 27.17526300    2.29911400    0.13028200
C                 24.75067800    6.77326200   -1.69604400
H                 24.87316600    7.34978100   -0.77812600
C                 32.66677200    3.89706700   13.74584000
C                 29.73152200   -1.34024100    0.45805800
C                 32.17316100    6.74868000   11.55977100
H                 32.91177700    7.34821300   12.09444600
C                 30.20745900   -1.83188000   -0.78715800
C                 26.50871300    1.16933300   -3.04126600
H                 26.64408200    0.27201200   -3.64940900
C                 32.96249800    0.33223600    0.21603800
H                 33.17261400    0.96044500    1.08281800
C                 30.33569000    6.88070800    8.25951400
C                 33.00786300    3.88343900   15.12471800
C                 24.12710500    7.33597400   -2.81102100
H                 23.75378000    8.36132300   -2.74947900
C                 24.45603900    5.30951900   -4.11538100
H                 24.34858700    4.75343100   -5.05009100
C                 32.14374300    5.94929400   14.57537300
C                 33.89416800    0.20798900   -0.81587700
H                 34.83702900    0.75664300   -0.74914900
C                 32.45771800   -1.33099400   -2.03437900
H                 32.27167800   -1.97550700   -2.89708200
C                 31.67820800    7.25697000   14.76346800
H                 31.24810900    7.83278400   13.94301400
C                 32.75437600    5.76472600   16.93111000
H                 33.15884800    5.19115500   17.76884200
C                 32.67136600    5.19090700   15.65441200
C                 28.47351900   -1.70640400    0.95384400
H                 28.09710100   -1.31393300    1.89947100
C                 32.90368900    2.78625300   12.92601700
H                 32.66537600    2.80129700   11.86173500
C                 31.77109600    7.80459500   16.04404100
H                 31.41485400    8.82403600   16.21245300
C                 32.30795600    7.07199100   17.11876200
H                 32.36777700    7.53118800   18.10827500
C                 23.97442100    6.61358700   -4.00873600
H                 23.48010000    7.08282900   -4.86257500
C                 33.64667200   -0.61018900   -1.93365300
H                 34.39666900   -0.68400600   -2.72452800
C                 28.16931400   -3.09843400   -1.03320300
H                 27.54405500   -3.79082600   -1.60156400
C                 27.70485400   -2.59061300    0.19432200
H                 26.72078100   -2.89050800    0.56305700
C                 29.41622300   -2.71991500   -1.52981400
H                 29.77131900   -3.10613500   -2.48846300
C                 33.46622600    1.65110500   13.51198900
H                 33.65711900    0.77258300   12.89049800
C                 33.57180600    2.73032000   15.68892600
H                 33.83770600    2.70770600   16.74873900
C                 33.79394400    1.61687800   14.87993500
H                 34.23135000    0.71168200   15.30759900
这两个关键词都是一样的,但结果却是输出不一样,不知道问题出在哪里

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-31 06:20:04 | 只看该作者 Only view this author
hanmingxi 发表于 2019-10-30 09:17
单重态:
%chk=c3-B-single.chk
%nprocshared=16

明显关键词不一样,怎么会是一样的
连任务类型、算的态、用的基函数都不同(一个用了6D 10F)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-10-31 11:49:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-31 06:20
明显关键词不一样,怎么会是一样的
连任务类型、算的态、用的基函数都不同(一个用了6D 10F)

嗯嗯,还想问您下这两个使用哪个得到的激发能比较好,是SOC的还是S1单重态的?

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发表于 Post on 2019-10-31 16:24:21 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问我在用Gaussian+PySOC计算时出现下面的报错,之后我又运行了下例子是正常的,这个要怎么修改?下面是我的.log文件
Len(soint) 0
Traceback (most recent call last):
File "/home/zyguo/bin/pysoc/bin/soc.py", line 522,in <module>
s_ matr = read file( 'molsoc overlap.dat,AO_ overlap,nt, 0)
File "/home/zyguo/bin/pysoc/bin/soc.py". line 40,in read_ file
with open(filein, 'r') as f:
IOError: [Errno 2] No such file or directory: ' molsoc overlap. dat'
forrtl: No such file or directory
forrtl: severe (29): file not found, unit 171, file /home/zyguo/bin/pysoc/ input template/s
oC_ td_ input.dat

gaussian.log

239.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-1 07:29:22 | 只看该作者 Only view this author
hanmingxi 发表于 2019-10-31 16:24
老师,请问我在用Gaussian+PySOC计算时出现下面的报错,之后我又运行了下例子是正常的,这个要怎么修改?下 ...

pysoc这玩意我已经弃了,赶紧改用ORCA,更快更方便,还可以做到更准确

使用ORCA在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元和绘制旋轨耦合校正的UV-Vis光谱
http://sobereva.com/462http://bbs.keinsci.com/thread-12114-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-1 07:30:47 | 只看该作者 Only view this author
hanmingxi 发表于 2019-10-31 11:49
嗯嗯,还想问您下这两个使用哪个得到的激发能比较好,是SOC的还是S1单重态的?

你还没有理请逻辑关系
每个结构下都能算激发能,没有好不好,只能说哪个对当前研究更有意义。诸如你要研究荧光发射能,显然得用S1极小点结构下的
看此文补补基本知识
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html
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发表于 Post on 2019-11-28 18:22:10 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,我想请问下pysoc或者ORCA软件可以在DFT下计算旋轨耦合矩阵元?单线态和三线态的。如果可以是直接把输入文件的关键词换成DFT的吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-29 08:25:09 | 只看该作者 Only view this author
陈丢丢 发表于 2019-11-28 18:22
sob老师好,我想请问下pysoc或者ORCA软件可以在DFT下计算旋轨耦合矩阵元?单线态和三线态的。如果可以是直 ...

不能
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发表于 Post on 2019-11-29 16:42:50 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师。那我想算DFT下的SOC,可以用什么软件呢?

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