使用Gaussian+PySOC在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元

yjr · 发表于 Post on 2018-3-21 15:39:36

sobereva 发表于 2018-3-21 14:27
8成是系统的python版本太老

好的，谢谢您的及时回复，我去更新一下

哆啦哆啦 · 发表于 Post on 2018-3-21 16:58:26

运行第一个例子，出错信息如下：
/home/liu/software/molsoc_modified/molsoc0.1/bin/molsoc0.1.exe: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.14' not found (required by /home/liu/software/molsoc_modified/molsoc0.1/bin/molsoc0.1.exe)
Traceback (most recent call last):
File "/home/liu/software/pysoc/bin/soc.py", line 513, in <module>
hso[i] = read_file('soint', cont0, nt, 0)
File "/home/liu/software/pysoc/bin/soc.py", line 40, in read_file
with open(filein, 'r') as f:
IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'soint'
/home/liu/software/pysoc/bin/soc_td: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.14' not found (required by /home/liu/software/pysoc/bin/soc_td)
请问什么原因？

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-3-21 17:02:51

哆啦哆啦发表于 2018-3-21 16:58
运行第一个例子，出错信息如下：
/home/liu/software/molsoc_modified/molsoc0.1/bin/molsoc0.1.exe: /lib ...

需要安装GLIBC库。我不清楚这个是否是python自带的。我使用的时候是单独安装了这个库。

sobereva · 发表于 Post on 2018-3-21 17:41:46

哆啦哆啦发表于 2018-3-21 16:58
运行第一个例子，出错信息如下：
/home/liu/software/molsoc_modified/molsoc0.1/bin/molsoc0.1.exe: /lib ...

系统太老，GLIBC库版本太低

YuhangYao · 发表于 Post on 2018-5-7 21:58:15

本帖最后由 YuhangYao 于 2018-5-7 22:07 编辑

计算第一个例子没有问题，但是做我自己体系时出现报错：
Traceback (most recent call last):
  File "/gpfs/share/home/1501110340/software/PySOC/pysoc/bin/soc.py", line 522, in <module>
s_matr = read_file('molsoc_overlap.dat', 'AO_overlap', nt, 0)
  File "/gpfs/share/home/1501110340/software/PySOC/pysoc/bin/soc.py", line 40, in read_file
with open(filein, 'r') as f:
IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'molsoc_overlap.dat'
forrtl: No such file or directory
forrtl: severe (29): file not found, unit 171, file /gpfs/share/home/1501110340/LuL1/PySOC/soc_td_input.dat
Image             PC             Routine          Line       Source
soc_td          000000000041BBB6  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          0000000000427AEB  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          0000000000407F0B  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          000000000040254E  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          00000000004024FE  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       00002AE445625B35  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          0000000000402409  Unknown             Unknown  Unknown

我看了一下molsoc.out的输出：SOZEFF: SOZEFF IS NOT AVAILABLE FOR ATOMIC NUMBER 71。我的体系中含有一个金属Lu，所以是Zeff方法计算SOCME不适用于稀土金属吗？

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-8 03:50:25

YuhangYao 发表于 2018-5-7 21:58
计算第一个例子没有问题，但是做我自己体系时出现报错：
Traceback (most recent call last):
File "/g ...

只要有有效电荷参数，所有元素原则上都可以算。你得自己补充Zeff参数。

YuhangYao · 发表于 Post on 2018-5-8 21:08:55

sobereva 发表于 2018-5-8 03:50
只要有有效电荷参数，所有元素原则上都可以算。你得自己补充Zeff参数。

谢谢！补充个Zeff参数后果然可以了

zhangfuqiang · 发表于 Post on 2018-5-24 16:37:09

这两天测试了一下，有个小问题，也不知做的对不对： soc.py不读Landl2dz赝势，在其111行填入ECP, 结果如下：['AO basis set','primitive gaussians','ECP']) ，发现全部都进去了。运行正常。

abin · 发表于 Post on 2018-6-8 13:46:03

本帖最后由 abin 于 2018-6-13 15:12 编辑

遇到一个奇怪的错误。
原始的算例：
%chk=ch2o0-g16
%rwf=ch2o0-g16
# td(50-50,nstates=5) B3LYP 6-31G(d) 6D 10F nosymm GFInput

Run with G16

0 1
C       -0.131829    -0.000001    -0.000286
O       1.065288    0.000001    0.000090
H       -0.718439    0.939705    0.000097
H       -0.718441    -0.939705    0.000136

得到的结果可以使用pysoc处理。

使用类似的计算，测试了一个pt配合物：
%rwf=pt-demo-pysoc
# td(50-50,nstates=5) B3LYP GenECP 6D 10F nosymm GFInput

Run with G16

0 1XYZ

Pt 0
LanL2DZ
****
O N C H 0
6-31G(d)
****

Pt 0
LanL2DZ

结果，pysoc无法处理，报错信息为：
QM_code gauss_tddft
open file gaussian.log
[[1, 2.2291], [3, 2.5906], [4, 2.6787], [5, 2.7284], [7, 2.892]]
2 2.4176
['ANG', 'Zeff', 'DIP']
Error when reading gaussian output

奇怪的是：如果保留pysoc处理ch2o0-g16的时候，产生的一堆输出文件，比如以下文件，
molsoc.out  *coeffs  molsoc_*  mo_*  *overlap* ao_basis.dat dip_ao.dat ci_coeff.dat ene_out.dat init.pyc molsoc.inp MO_energy s_matr.dat soc_ao.dat soc_td_input.dat trans_dip_out.dat soint
然后，在同样的目录，再次处理pt的结果，居然就么有报错信息，会得到结果。
但是该结果，至少和Dalton, ADF的结果，相差甚大。

说明：
1  也测算过其他分子体系，没有问题；
2  以上测试，用原始的pysoc版本，或者Sob提供版本，都是同样的问题。

奇怪的就是，当前这个pt体系无法计算。

这个错误信息：
[[1, 2.2291], [3, 2.5906], [4, 2.6787], [5, 2.7284], [7, 2.892]]
2 2.4176
['ANG', 'Zeff', 'DIP']
Error when reading gaussian output

看上去，貌似没有提取到Singlet的能量信息。

有遇到类似错误信息的同仁吗？有什么处理方案吗？

更新：使用Sob博文中的算例， Os配合物。
无论是我自己修改的pysoc版本，还是Sob编译后的pysoc版本，
都可以正常处理Os的计算结果。
但是换到我测试用的pt配合物，就是报错了。

guoy14iccas · 发表于 Post on 2018-6-12 09:04:47

本帖最后由 guoy14iccas 于 2018-6-12 09:06 编辑

sobereva 发表于 2018-3-21 14:27
8成是系统的python版本太老

AO_overlap 514R
/bin/sh: line 0: export: `gaussian.rwf': not a valid identifier
/bin/sh: line 0: export: `514R': not a valid identifier
XY_coeffs 635R
/bin/sh: line 0: export: `gaussian.rwf': not a valid identifier
/bin/sh: line 0: export: `635R': not a valid identifier
MOB_coeffs 526R
/bin/sh: line 0: export: `gaussian.rwf': not a valid identifier
/bin/sh: line 0: export: `526R': not a valid identifier
MO_energy 522R
/bin/sh: line 0: export: `gaussian.rwf': not a valid identifier
/bin/sh: line 0: export: `522R': not a valid identifier
Error when reading gaussian output
Traceback (most recent call last):
  File "/home/yuanguo/program/pysoc-1.0/pysoc/bin/soc.py", line 491, in <module>
write_file(mo_ene, 'mo_ene.dat', '{}  ')
NameError: name 'mo_ene' is not defined
forrtl: No such file or directory
forrtl: severe (29): file not found, unit 171, file /home/Co_Works/HH/opt-svp/SOC/Te/FPDI-S/soc_td_input.dat
Image             PC             Routine          Line       Source
soc_td          000000000048B27E  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          0000000000489D16  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          0000000000449EF2  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          000000000041ECCB  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          000000000041E232  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          00000000004287F8  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          000000000040755A  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          00000000004022D9  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          000000000040227C  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       00002B9FD00F14B0  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          0000000000402179  Unknown             Unknown  Unknown

我用的python 3版本还是报错，请老师帮忙看看为什么？

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-12 10:15:53

guoy14iccas 发表于 2018-6-12 09:04
AO_overlap 514R
/bin/sh: line 0: export: `gaussian.rwf': not a valid identifier
/bin/sh: line 0: ...

用CentOS 7.x再试（或Python 2.7.x）
太新的可能也不行

哇哇吐 · 发表于 Post on 2018-6-29 10:02:35

abin 发表于 2018-6-8 13:46
遇到一个奇怪的错误。
原始的算例：
%chk=ch2o0-g16

您好，我也遇到了如此错误，请问您解决了么，我计算的是一个含碘的体系，一开始怀疑是不是基组的错误，改了之后还是不行。
QM_code gauss_tddft
open file gaussian.log
[[1, 2.8384], [2, 3.5714], [3, 3.6104], [4, 3.6178], [5, 3.6377], [6, 3.6631], [7, 3.6658], [8, 3.8167]]
9 4.0877
['ANG', 'Zeff', 'DIP']
Error when reading gaussian output

abin · 发表于 Post on 2018-7-1 21:56:28

哇哇吐发表于 2018-6-29 10:02
您好，我也遇到了如此错误，请问您解决了么，我计算的是一个含碘的体系，一开始怀疑是不是基组的错误，改 ...

没有。
我放弃使用这个代码了。

因为看不懂。

sobereva · 发表于 Post on 2018-7-2 03:45:17

abin 发表于 2018-6-8 13:46
遇到一个奇怪的错误。
原始的算例：
%chk=ch2o0-g16

含Pt体系没问题
至少这个配合物输入文件按照我文中的做法能正常处理（用与文中不同的系统、其它Gaussian版本另谈）

1.gjf (1.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

sobereva · 发表于 Post on 2018-7-2 03:49:03

老有人问怎么PySOC没法运行，很大程度上要么没严格按博文的步骤走、没仔细理解博文，要么用的系统和文中的不同（会导致自带的python版本和PySOC兼容性有问题），或者Gaussian用的版本和文中的不同。想排除系统差异的问题，装个vmware虚拟机，用我文中的系统就完了。

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