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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 使用Gaussian+PySOC在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元

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发表于 Post on 2018-7-4 08:50:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-7-2 03:45
含Pt体系没问题
至少这个配合物输入文件按照我文中的做法能正常处理(用与文中不同的系统、其它Gaussi ...

可能我表达有误。

我的意思是说, “我遇到有一个Pt的体系,pysoc计算搞错”, 但是同样是含有pt, 另一个类似的结构没有任何问题。

另,pysoc与高斯版本没啥必要的关系,只要能从rwf中提取数据,就可以计算。 当然了,前提是必须有“有效电荷”定义。
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发表于 Post on 2018-7-10 09:52:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-7-2 03:45
含Pt体系没问题
至少这个配合物输入文件按照我文中的做法能正常处理(用与文中不同的系统、其它Gaussi ...

测试了一下。
你提到的算例 1.gjf可以处理;同样,把坐标文件替换为其他的pt complex的坐标,也能计算;
但是类似的计算控制,这里提到的pt-demo-pysoc.com, 依旧是无法处理。
报错信息大概如下:
QM_code gauss_tddft
open file gaussian.log
[[1, 2.2291], [3, 2.5906], [4, 2.6787], [5, 2.7284], [7, 2.892]]
2 2.4176
['ANG', 'Zeff', 'DIP']
Error when reading gaussian output
Traceback (most recent call last):
  File "/home/wang/composition/pysoc-master/pysoc/bin/soc-g16.py", line 493, in <module>
    write_file(mo_ene, 'mo_ene.dat', '{}  ')
NameError: name 'mo_ene' is not defined
forrtl: No such file or directory


pt-demo-pysoc.com

3.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

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发表于 Post on 2018-7-23 19:34:27 | 只看该作者 Only view this author
abin 发表于 2018-7-10 09:52
测试了一下。
你提到的算例 1.gjf可以处理;同样,把坐标文件替换为其他的pt complex的坐标,也能计算 ...

Error when reading gaussian output
Traceback (most recent call last):
  File "/home/pysoc/bin/soc.py", line 491, in <module>
    write_file(mo_ene, 'mo_ene.dat', '{}  ')
NameError: name 'mo_ene' is not defined
forrtl: No such file or directory
同样的错误,请问现在能解决吗?rwf文件太大会不会影响计算过程?

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发表于 Post on 2018-8-18 14:08:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 让你变成回忆 于 2018-8-18 14:09 编辑
sobereva 发表于 2018-3-17 13:21
以G09为准,程序也是针对G09进行的测试。自行修改PySOC代码肯定是可以兼容G16的。
如果非要用G16,结 ...

sob老师您好,请教您一个问题:
我想把PySOC改来支持G16,现在正在做一些各种g09(version E0.1)和g16(version A03)的所产生的rwf的对比工作,例如PySOC中用到的各种参数等。
为了使g09和g16的输出结果完全一致,是否仅仅需要在g09中加上int=acc2e=12, int=ultrafine,这两个看您写的解决SCF不收敛的帖子里提到过,我不是很清楚是否还需要其他的一些设置。
谢谢sob老师~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-19 12:43:14 | 只看该作者 Only view this author
让你变成回忆 发表于 2018-8-18 14:08
sob老师您好,请教您一个问题:
我想把PySOC改来支持G16,现在正在做一些各种g09(version E0.1)和g16(ve ...

对于真空下算单点,g09加上这俩就和G16结果一样了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-8-19 12:53:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-19 12:43
对于真空下算单点,g09加上这俩就和G16结果一样了

行,我去测试一下。  谢谢sob老师~

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发表于 Post on 2018-9-12 16:24:33 | 只看该作者 Only view this author
guoy14iccas 发表于 2018-6-12 09:04
AO_overlap 514R
/bin/sh: line 0: export: `gaussian.rwf': not a valid identifier
/bin/sh: line 0: ...

请问你怎么解决的,我的也是这个报错

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发表于 Post on 2018-9-13 08:12:24 | 只看该作者 Only view this author
feishuangyu 发表于 2018-9-12 16:24
请问你怎么解决的,我的也是这个报错

放弃使用这个,换软件算了

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发表于 Post on 2018-12-28 17:12:27 | 只看该作者 Only view this author
老师您还,麻烦问下windows版下该如何计算,按要求安装后,在windows下无法运行,出现了,文件名,目录名的错误提示

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-29 01:53:55 | 只看该作者 Only view this author
jiajihui 发表于 2018-12-28 17:12
老师您还,麻烦问下windows版下该如何计算,按要求安装后,在windows下无法运行,出现了,文件名,目录名的 ...

非要用Windows,用vmware装个Linux虚拟机跑。用win10的WSL或许也可以,我没试过
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发表于 Post on 2019-1-8 22:01:35 | 只看该作者 Only view this author
老师:请问假如基态不是singlet 而是doublet的话 还能用tddft+pysoc吗?谢谢
B样条插值
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-9 00:06:10 | 只看该作者 Only view this author
pyscf 发表于 2019-1-8 22:01
老师:请问假如基态不是singlet 而是doublet的话 还能用tddft+pysoc吗?谢谢

pysoc只支持闭壳层
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发表于 Post on 2019-1-9 06:17:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-9 00:06
pysoc只支持闭壳层

好的,谢谢老师
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发表于 Post on 2019-1-14 22:17:57 | 只看该作者 Only view this author
想要算单重态和三重态的旋轨耦合,看到guassian用CASSCF的方法,或者是结合其他的软件计算,想要问问有没有可能只用DFT和TDDFT计算即可

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-15 02:30:10 | 只看该作者 Only view this author
xinren 发表于 2019-1-14 22:17
想要算单重态和三重态的旋轨耦合,看到guassian用CASSCF的方法,或者是结合其他的软件计算,想要问问有没有 ...

这帖子里说的就是这个问题啊,仔细看了自然就明白了
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