二氧化硅力场文件

Lacrimosa · 发表于 Post on 2023-3-25 10:49:39

whh2 发表于 2023-3-24 20:30
请问楼主，我在materials project 中下载了mp-600033的cif文件，导入MS后硅原子都是只连接了三个氧原子，我 ...

如果你只需要二氧化硅的结构，那MS里不就有吗？对于你目前的结构你可以先检查一下化学式是不是刚好配平了，排除你点和分配错误的可能性。直接修改结构难度有点太高了

whh2 · 发表于 Post on 2023-3-25 18:45:55

Lacrimosa 发表于 2023-3-25 10:49
如果你只需要二氧化硅的结构，那MS里不就有吗？对于你目前的结构你可以先检查一下化学式是不是刚好配平了 ...

我需要这个数据库里的球形颗粒，它提供的是这种只连了三个氧原子的，如果补成四个，体系就会带负电荷

gkg · 发表于 Post on 2023-4-16 22:19:14

Lacrimosa 发表于 2019-10-22 14:13
Si silica_1si 1.10 28.0860 4 O 0.16 O 0.16 O 0.16 O 0.16 ;SiO2 or S ...

请问，如果用OPLSAA力场计算的话，这个n2t文件的charge参数是不是不需要改呢？
还有就是charmm36力场的ffnobond参数在oplsaa力场是否可以直接用呢？
最近在尝试用oplsaa力场模拟sio2和有机物的相互作用，就有了以上两个问题，期待老师的解答。

Lacrimosa · 发表于 Post on 2023-4-17 12:20:03

gkg 发表于 2023-4-16 22:19
请问，如果用OPLSAA力场计算的话，这个n2t文件的charge参数是不是不需要改呢？
还有就是charmm36力场的f ...

1.charge不需要改
2.使用OPLSAA力场唯一的问题在于LJ参数的结合规则，如果能接受结合规则不同带来的影响那么可以使用oplsaa

wangs · 发表于 Post on 2023-12-27 18:37:54

Lacrimosa 发表于 2023-2-27 22:44
在我印象中你描述的这种Si-O-COOH已经有人模拟过了，类似的Si-O-(CH2)n-OH/CH3/COOH/NH2好像也都有人做过 ...

楼主你好，我想请问下，有没有Si-O-NH2模拟的相关文献分享下，我现在缺少Si-O-N的键参数

Lacrimosa · 发表于 Post on 2023-12-29 11:33:35

wangs 发表于 2023-12-27 18:37
楼主你好，我想请问下，有没有Si-O-NH2模拟的相关文献分享下，我现在缺少Si-O-N的键参数

这个我还真不清楚，前面提到的内容里指的是Si-O-(CH2)n-NH2, 情况还不太一样。如果实在找不到或许可以试试用酰胺键的参数作为替代。

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-12-31 20:28:09

wangs 发表于 2023-12-27 18:37
楼主你好，我想请问下，有没有Si-O-NH2模拟的相关文献分享下，我现在缺少Si-O-N的键参数

第一步：用GaussView或者MS搭建结构，保存为cif格式。GaussView可以先保存为gjf再用Multiwfn转成cif格式。
注意表面的O除了接枝的以外，其余的也都需要羟基化。

SiO2-L.cif (5.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

第二步，在AuToFF的MOF/COF模块中（https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/mof-cof）上传cif文件
之所以在这个模块上传是因为能够排列组合力场比较多，并且有针对晶体的AI预测电荷功能。

第三步，依次选择CRYSTAL/SiO2，GAFF2，CVFF/harmonic和UFF力场。后面两个力场是用于补充可能缺失的参数的，实际只选择前两个基本也可以。

第四步，点击下一步然后选择pacmof-COF-DDEC电荷模型，这是是我们自己基于pacmof这个AI电荷模型，结合我们自己的训练集搞的，基本能够覆盖常见的有机结构。

第五步，点击下一步，然后选择目标软件和扩胞设置进行下载。

gromacs_SiO2.zip (464.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

第六步，解压后手动编辑拓扑文件，删除不需要的信息。因为AuToFF在检索不到参数的时候会自动做一些补充处理：
1. 对于bond会默认将当前结构的键长作为平衡键长，并且加上一个很大的力常数进行约束；对于gromacs的格式，还会加上constranit字段的约束。
2. 对于angle也是类似bond的处理。
3. 对于二面角会默认给一个力常数为0的参数（自由旋转），gromacs格式同时会在结尾约束当前二面角，用户如果需要约束可以保留，想要让二面角自由旋转或者自己补充参数的话就把约束删除。

以下是能量极小化之后的结构：

wangs · 发表于 Post on 2024-1-1 19:29:27

slxc920113 发表于 2023-12-31 20:28
第一步：用GaussView或者MS搭建结构，保存为cif格式。GaussView可以先保存为gjf再用Multiwfn转成cif格式 ...

我的妈呀，感谢非常感谢，我自己再去试试

，之前在晶体材料那个板块试过，总是缺参数，后面就没弄

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