将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索

2877321934

sobereva 发表于 2024-8-24 06:24
此时用MOPAC完全多余
本来GFN2-xTB的平均精度就比MOPAC支持的任何半经验方法要高

追问老师一个问题，我将xtb优化的结构用isostat筛选后，用mopac优化了一遍，再用dft优化，得到了两个构象，分别占50%和40%，但是，直接取xtb生成并用isostat筛选后分布前15的结构进行dft优化，只有一个优势构象，占100%，且我发现我使用后者方法得到的占100%的优势构象就是前者方法中占40%的构象，这是否说明我使用后者方法漏掉了一种优势构象，前者方法得到的占50%的构象也应当在研究中考虑

sobereva

2877321934 发表于 2024-8-31 00:12
追问老师一个问题，我将xtb优化的结构用isostat筛选后，用mopac优化了一遍，再用dft优化，得到了两个构象 ...

xtb跑过一遍后就没有任何意义用MOPAC
要么用MOPAC，要么用xtb，没有任何结合使用的意义。通常首选molclus结合xtb做GFN2-xTB的计算，这是半经验级别里整体来说相对最靠谱的。

2877321934

sobereva 发表于 2024-8-31 06:02
xtb跑过一遍后就没有任何意义用MOPAC
要么用MOPAC，要么用xtb，没有任何结合使用的意义。通常首选molclu ...

好的，谢谢老师

2877321934

请问老师，我使用confab生成了100多个结构，再按照您说的用xtb优化，但是我的研究体系是在二氯甲烷溶液中的，因此我按照您的方法在xtb中优化后，取了前15个构象进行dft优化，此时我使用iefpcm溶剂模型，但是后来想到，这样做不一定合理，因为前面在xtb中优化时没考虑溶剂模型，而溶剂模型对构象分布的影响很大，已知我的体系对溶剂效应十分敏感，我将xtb在气相下优化好的结构分别在气相和二氯甲烷中做dft，在气相中占100%的结构到了二氯甲烷中只占4%，因此我的体系可能在二氯甲烷中的实际优势构象在xtb气相优化后不被排到前15名，因此我想在xtb优化时就使用溶剂模型，请问老师是否有必要在xtb优化时考虑溶剂

sobereva

2877321934 发表于 2024-9-3 00:25
请问老师，我使用confab生成了100多个结构，再按照您说的用xtb优化，但是我的研究体系是在二氯甲烷溶液中的 ...

优化过程本身不用，但如果你直接对xtb算的能量在isostat里排序来做筛选的话，那不考虑溶剂效应可能明显不合理。此时要么优化时就带着溶剂模型，要么对优化后每一帧再让molclus调用xtb带着溶剂模型算单点。

2877321934

sobereva 发表于 2024-9-3 11:40
优化过程本身不用，但如果你直接对xtb算的能量在isostat里排序来做筛选的话，那不考虑溶剂效应可能明显不 ...

好的，谢谢老师，倘若在优化过程加溶剂应该如何操作呢

sobereva

2877321934 发表于 2024-9-3 15:54
好的，谢谢老师，倘若在优化过程加溶剂应该如何操作呢

按xtb手册里说的加上溶剂模型设定就完了

2877321934

sobereva 发表于 2024-9-4 11:14
按xtb手册里说的加上溶剂模型设定就完了

ok 感谢

2877321934

sobereva 发表于 2024-9-4 11:14
按xtb手册里说的加上溶剂模型设定就完了

我查阅了站内信息得到gfn-2-xtb支持的两种溶剂模型gbsa和alpb都很粗糙，但聊胜于无，请问您觉得哪种在研究构象分布中更为可靠呢

sobereva

2877321934 发表于 2024-9-5 03:25
我查阅了站内信息得到gfn-2-xtb支持的两种溶剂模型gbsa和alpb都很粗糙，但聊胜于无，请问您觉得哪种在研 ...

原理上来说ALPB更先进，对于低极性溶剂原理上更好。