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[GROMACS] 求助gmx-select -olt x.xvg 输出的文件是滞留时间吗

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求助gmx-select -olt   x.xvg   输出的文件是滞留时间吗

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发表于 Post on 2021-7-21 03:34:30 | 只看该作者 Only view this author
体现能滞留>=特定时间(x轴)的选中区域里的粒子数(y轴)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-8-11 09:24:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-21 03:34
体现能滞留>=特定时间(x轴)的选中区域里的粒子数(y轴)

请教一下卢老师,这个lifetime的意思是说持续处于被选择区域的分子的时间分布吗?类似于就是持续1 ps在区域的分子有284个?

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发表于 Post on 2021-8-12 01:51:46 | 只看该作者 Only view this author
Riddermark 发表于 2021-8-11 09:24
请教一下卢老师,这个lifetime的意思是说持续处于被选择区域的分子的时间分布吗?类似于就是持续1 ps在区 ...


但不是说“持续1 ps在区域的分子有284个”。就算数目不变也并不能证明当前的还是之前的那些分子。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-8-12 08:31:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-12 01:51

但不是说“持续1 ps在区域的分子有284个”。就算数目不变也并不能证明当前的还是之前的那些分子。

那再请教一下老师,既然是粒子数,那为什么会有小数点呢,是不是这个数值是基于整个模拟时间的平均值哇

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发表于 Post on 2023-4-12 19:44:53 | 只看该作者 Only view this author
Riddermark 发表于 2021-8-12 08:31
那再请教一下老师,既然是粒子数,那为什么会有小数点呢,是不是这个数值是基于整个模拟时间的平均值哇

请问这个问题解决了吗?我也想计算体系中在某一位置的离子在轨迹中的滞留时间?
请问老师您有计算的方法吗?

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发表于 Post on 2023-11-15 16:32:08 | 只看该作者 Only view this author
您好,请问您“计算体系中在某一位置的离子在轨迹中的滞留时间”这个问题解决了吗?可以分享一下具体计算方法吗

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