2026年4月份JACS对π-Stacking的综述-阅后有感而发

happy青青

无意间看到JACS上这篇关于“π-Stacking” and “π–π Stacking”的综述

Rethinking the Terms “π-Stacking” and “π–π Stacking” Again: A Proposal to Clarify the Language of Aromatic Interactions
J. Am. Chem. Soc. 2026, 148, 15, 15331–15340
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.6c03371


一看标题“Rethinking the Terms..." 感觉好熟悉，翻了下通讯作者发现果然还发表了Chem. Sci.,3 , 2191 (2012)这篇综述。我记得Chem. Sci.,3 , 2191 (2012)这个综述在社长的 谈谈pi-pi相互作用(http://sobereva.com/737) 一文中被拿来作为 ”错误鼓吹pi-pi堆积结构的形成的本质就是静电吸引作用“的典型例子。回到2026年的这篇综述，也是全文”完全没有可信、严格的理论和计算数据作为依据“，并且提出的所谓EDDIE(通讯作者是生物化学家,讨论的是水溶液环境下的pi互作)包含 Electrostatics, Dispersion, Desolvation, Induction, and Exchange-repulsion 这五种能量来源。可这里面的Electrostatics, Dispersion, Induction, and Exchange-repulsion 不就是SAPT里面的能量分解后的4种能量，再添加上一个生物分子在水溶液所带来的热力学熵效应导致的Desolvation，这个EDDIE概念有什么理论上的创新吗？

文章最后说了句
"The bottom line is that for most interacting aromatic molecules, ground-state orbital mixing is not a significant attractive force. In other words, for the large majority of cases, the terms “π-stacking” and “π–π stacking” would be mechanistically undefined, ambiguous, misleading and unnecessary because EDDIE is entirely sufficient to explain the energy and geometry of intermolecular interactions, even between so-called aromatic donor–acceptor complexes.
结论是，对于大多数相互作用的芳香分子来说，基态轨道混合并不是显著的吸引力。换句话说，在绝大多数情况下，“π堆叠”和“π-π堆叠”这两个术语在机制上是模糊、误导性的 、误导性的且不必要的，因为 EDDIE 完全足以解释分子间相互作用的能量和几何结构，即使是所谓的芳香供体-受体配合物之间。"

这就更让人迷糊了，EDDIE就是SAPT的能量组分+溶剂效应，这足够描述任何水溶液里面的任何基团之间的弱相互作用了吧，岂不是对“含有pi电子基团”或者“不含有pi电子基团”没有了区分？

以上是我的个人看法，不知道理解的对不对？总之我是看完感觉没什么收获并且一头雾水

第一次发帖，不知道板块和主题写的对不对，若有错误还请社长见谅

sobereva

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dephasing

sobereva 发表于 2026-4-24 04:13
**** 本内容被作者隐藏 ****

应该感叹的是这样的文章也能发，而且发到JACS

ABetaCarw

昨晚看到那个文章时候 我也是懵的，而且想法和楼主一个样。
能发到JACS的总归还是有两把刷子的，至于这个是刷脸的还是刷墙的，那就待世人评说了。

J.Liu

不清楚文章作者是怎么刷到JACS上的

Uus/pMeC6H4-/キ

期待有英雄去PubPeer专帖出英文rebuttal来表达观点。

话说这个“去溶剂项”有没有成熟的计算protocol，怎么从显式溶剂模型的长时间分子动力学模拟统计出来，以及有没有更便宜/通用的理论方法来预测？

sobereva

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-4-24 14:07
期待有英雄去PubPeer专帖出英文rebuttal来表达观点。

话说这个“去溶剂项”有没有成熟的计算protocol， ...

隐式溶剂模型做静态计算，以及显式溶剂模型结合MD，都可以算出来溶解自由能，结合前后的这项求差即是，下文里也提到了溶剂效应对结合能的贡献
谈谈分子间结合能的构成以及分解分析思想
http://sobereva.com/733（http://bbs.keinsci.com/thread-50890-1-1.html）

Uus/pMeC6H4-/キ

sobereva 发表于 2026-4-24 14:21
隐式溶剂模型做静态计算，以及显式溶剂模型结合MD，都可以算出来溶解自由能，结合前后的这项求差即是，下 ...

我看到自己在thread-50890-1-1.html的问答了，现在看来还有个细节不够清楚。如果关心“去溶剂项”（在之前的讨论叫“疏水作用”）里具体到溶剂分子在溶剂化层里构型分布带来的熵的贡献部分，是不是一定需要显式溶剂模型MD来采样统计呢？有哪个隐式溶剂模型在设计之初不是对总的溶解自由能拟合，而是对溶解焓和/或溶解熵分别拟合的呢？