计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

  [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

256#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-29 13:13:33 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2018-11-28 21:18
老师,如何判断分子(原子)两者之间有静电吸引?只需要做填充图显示出带正电和负电即可吗?

算原子电荷,有正有负就体现有静电吸引。或者做能量分解
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

257#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-29 13:17:59 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2018-11-28 20:44
老师,也就是分析的时候只能依靠图像区别dz2(或者dπ,dσ等),不能依靠轨道成分来判断是dxy,dyz。。 ...

就是笛卡尔型基函数和球谐型基函数之间的转换关系(1、2列),以及命名对应关系(2、3列)

由于朝向问题,即便你从等值面图上看到是dz^2轨道,但如果轴线方向不是冲着笛卡尔的Z轴,给你的轨道成份也不是纯粹由对应表格中显示的dz^2的D0所贡献的。

更多信息看
谈谈原子轨道朝向引起的量化计算结果与经验观念的差异
http://sobereva.com/52
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

113

帖子

0

威望

271

eV
积分
384

Level 3 能力者

258#
发表于 Post on 2018-11-30 00:26:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-29 13:13
算原子电荷,有正有负就体现有静电吸引。或者做能量分解

谢谢老师!还有个问题,静电作用的有效距离大概是多少?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

259#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-30 00:36:09 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2018-11-30 00:26
谢谢老师!还有个问题,静电作用的有效距离大概是多少?

看什么层面的
在弱相互作用层面,两个点电荷的相互作用,是随1/r衰减的,衰减很慢,作用距离可以很远
而在化学键层面,那就很短了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

259

帖子

0

威望

849

eV
积分
1108

Level 4 (黑子)

260#
发表于 Post on 2018-12-2 23:44:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-29 13:17
就是笛卡尔型基函数和球谐型基函数之间的转换关系(1、2列),以及命名对应关系(2、3列)

由于朝向问 ...

老师,如何能够分析得知轨道的确切的成分呢?去掉nosys吗?好像轨道分析的时候说要加上这个关键词。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

261#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-3 14:22:59 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2018-12-2 23:44
老师,如何能够分析得知轨道的确切的成分呢?去掉nosys吗?好像轨道分析的时候说要加上这个关键词。

什么nosys?没有这种关键词
我写的博文里也没有提到这个

怎么算这里写得极其明白
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

259

帖子

0

威望

849

eV
积分
1108

Level 4 (黑子)

262#
发表于 Post on 2018-12-5 22:21:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-12-3 14:22
什么nosys?没有这种关键词
我写的博文里也没有提到这个

前面老师解释说轨道分析可以给出轨道成分,但是由于分子旋转,轴线方向和轨道的z轴并不重叠。例如博文里面解释的那样,pz轨道形成的π键在分子轨道里面px,py等也有。由于这样的情况就不能完全从轨道成分来判断d轨道的成分了,轨道图像也是重要的参考依据。我的问题是有没有解决这一问题的办法,因为dz2轨道比较单一的时候轨道图像就可以说明问题,但是好多时候,dz2的轨道图像特征不明显,如何区别呢?还是我这种思考问题的方向不对,不需要区分也可以呢?

213

帖子

0

威望

936

eV
积分
1149

Level 4 (黑子)

263#
发表于 Post on 2018-12-13 15:14:27 | 只看该作者 Only view this author
老师,想请教您,关于Multiwfn 计算得到的电子密度差图的.cub文件,如何在VMD上实现和Multiwfn一样的区分不同相的效果?目前我用isosurface在VMD 上只能实现一种颜色。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

264#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-13 19:54:12 | 只看该作者 Only view this author
Aristotler 发表于 2018-12-13 15:14
老师,想请教您,关于Multiwfn 计算得到的电子密度差图的.cub文件,如何在VMD上实现和Multiwfn一样的区分不 ...

看此视频里的演示。正值和负值部分分别用一个rep展现,isovalue一个正一个负
使用Multiwfn结合VMD绘制自旋密度等值面图
https://www.bilibili.com/video/av26312131
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

265#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-13 19:55:30 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2018-12-5 22:21
前面老师解释说轨道分析可以给出轨道成分,但是由于分子旋转,轴线方向和轨道的z轴并不重叠。例如博文里 ...

如果不是非得区分就没必要区分
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

78

帖子

0

威望

814

eV
积分
892

Level 4 (黑子)

266#
发表于 Post on 2018-12-13 22:10:00 | 只看该作者 Only view this author
请问Sob老师,关于非限制性开壳层体系,计算原子轨道成份的分析,该分析哪个轨道呀?是分析Alpha的HOMO还是Beta的HOMO轨道成分,还是分别说一说呢?谢谢老师的解答。
自己决定自己的DNA

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

267#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-14 19:01:33 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2018-12-13 22:10
请问Sob老师,关于非限制性开壳层体系,计算原子轨道成份的分析,该分析哪个轨道呀?是分析Alpha的HOMO还是 ...

分别讨论。

恰当时候,可以做双正交化,这样就只需要讨论一套轨道了,见
用于非限制性开壳层波函数的双正交化方法的原理与应用
http://sobereva.com/448
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

113

帖子

0

威望

271

eV
积分
384

Level 3 能力者

268#
发表于 Post on 2018-12-23 20:17:59 | 只看该作者 Only view this author
老师,multiwfn有没有批量计算的功能?例如要计算好多个机构中,原子数为12和13的键级,如何实现?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

269#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-24 01:13:56 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2018-12-23 20:17
老师,multiwfn有没有批量计算的功能?例如要计算好多个机构中,原子数为12和13的键级,如何实现?

怎么批处理在手册5.3节有详细说明
此帖也充分利用了批处理方式运行Multiwfn:
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

108

帖子

0

威望

3256

eV
积分
3364

Level 5 (御坂)

270#
发表于 Post on 2018-12-25 17:17:36 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我在复习波函数培训的讲义,有些个问题不清楚:我算了一下-CH3和-NH2两个基团的片段电荷,基团Hirshfeld电荷分别为:0.000039、-0.065;基团ADCH电荷分别为:-0.000022、-0.067,这是不是说明甲基的吸电子能力小于氨基?也就是甲基得供电子能力大于氨基?怎么觉得解释的不对?因为C-H···O型氢键强度不是弱于N-H···O型氢键么?还请老师解答,谢谢。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-13 05:50 , Processed in 0.187180 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list