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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-26 00:31:08 | 只看该作者 Only view this author
ShuangfeiZhu 发表于 2018-12-25 17:17
sob老师,我在复习波函数培训的讲义,有些个问题不清楚:我算了一下-CH3和-NH2两个基团的片段电荷,基团Hir ...

氮的电负性大,显然容易理解NH2吸sigma电子能力肯定比CH3强。
N吸H的电子吸得厉害,导致H上正电荷很大,因此与Lewis碱(氧原子)的氢键强度比C-H...O更大
这俩问题完全不矛盾
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-12-31 22:46:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 erya123 于 2018-12-31 23:01 编辑
sobereva 发表于 2018-12-24 01:13
怎么批处理在手册5.3节有详细说明
此帖也充分利用了批处理方式运行Multiwfn:
通过键级曲线和ELF/LOL/R ...

老师,能不能解释一下批量产生键级脚本中每句的作用。我按照老师的例子写了一个脚本,但是不能运行。Multiwfn在e:\example\下,生成的fchk文件在e:\example\76\下。脚本如下:
for /f %%i in ('dir e:\example\76\*.fchk /b')
do Multiwfn e:\example\76\%%i < batch.txt > e:\example\76\%%~ni.txt
还有,批量提取的里面有[size=11.375px]Rx Coord和energy的信息,单独计算maya键级的时候怎么没有。这个能量代表什么意义呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-1 05:19:37 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2018-12-31 22:46
老师,能不能解释一下批量产生键级脚本中每句的作用。我按照老师的例子写了一个脚本,但是不能运行。Mult ...

dos下的批处理的基础知识看
从高斯windows下的批量执行谈dos批处理文件
http://sobereva.com/6

Multiwfn必须在当前目录下,否则你得写Multiwfn的完整路径。
Rx Coord和energy是IRC任务的反应坐标和能量
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发表于 Post on 2019-1-1 20:31:38 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 erya123 于 2019-1-1 23:03 编辑
sobereva 发表于 2019-1-1 05:19
dos下的批处理的基础知识看
从高斯windows下的批量执行谈dos批处理文件
http://sobereva.com/6

老师,脚本可以运行了,但是只有键级,没有energy和Rx coord的内容啊。是因为我再计算的时候没有加out=wfn的原因吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-2 06:41:36 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2019-1-1 20:31
老师,脚本可以运行了,但是只有键级,没有energy和Rx coord的内容啊。是因为我再计算的时候没有加out=wf ...

这是IRC任务的输出文件里才有的
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发表于 Post on 2019-1-3 12:23:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-2 06:41
这是IRC任务的输出文件里才有的

在log,还是fchk文件,如何提取,和键级的提取方法一样吗?谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-3 14:03:41 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2019-1-3 12:23
在log,还是fchk文件,如何提取,和键级的提取方法一样吗?谢谢老师!

Gaussian输出文件里,就在文件末尾
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发表于 Post on 2019-1-7 14:24:37 | 只看该作者 Only view this author
Sob  老师您好,在计算ICSS的时候载入log文件报错(如图)
%nprocshared=16                                                               
%mem=32000MB                                                                  
#p b3lyp/genecp scf=xqc guess=core NMR geom=connectivity      
这个体系包含一个重原子U,整个体系大概五十多个原子
格点是我自己设置的,0.38,0.38,0.38,产生了60个gjf文件。
在运行的时候第47个gjf文没跑完就从服务器上掉下来了,我又重新跑的47号文件
是因为47号文件的原因吗或者是其他的原因?谢谢老师指点

98@LT33%Q6M[X16U1EUK4_Y.png (15.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 54)

98@LT33%Q6M[X16U1EUK4_Y.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-7 14:34:06 | 只看该作者 Only view this author
CharlesGe 发表于 2019-1-7 14:24
Sob  老师您好,在计算ICSS的时候载入log文件报错(如图)
%nprocshared=16                              ...

仔细检查第47号文件内容是否正常。
如果正常的话,8成是你在Multiwfn里产生gjf文件时候的设的格点,和你后来打算载入.out文件时候设的格点不对应
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发表于 Post on 2019-1-7 18:59:46 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,这个图没有显示完整,我已经调了坐标轴范围,还是不行

multiwfn TC.png (124.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 50)

multiwfn TC.png

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发表于 Post on 2019-1-7 19:26:06 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 CharlesGe 于 2019-1-7 19:56 编辑
sobereva 发表于 2019-1-7 14:34
仔细检查第47号文件内容是否正常。
如果正常的话,8成是你在Multiwfn里产生gjf文件时候的设的格点,和你 ...

恩恩  已经解决了谢谢sob 老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-7 23:33:07 | 只看该作者 Only view this author
yq1123088 发表于 2019-1-7 18:59
请问老师,这个图没有显示完整,我已经调了坐标轴范围,还是不行

仔细看此文4.2节
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452
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发表于 Post on 2019-1-9 10:58:06 | 只看该作者 Only view this author
请问Sob老师,对开壳层分子(非限制性开壳层体系)计算原子自旋布居,绘制自旋密度图后可以从哪些方面对分子进行分析呢?
只是从原子颜色上区分吗,比如绿色越集中在哪个原子上,哪个原子的单电子最多,最活泼。只是从表观程度上说明,有没有什么方法可以更好地分析。谢谢老师。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-9 22:16:59 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2019-1-9 10:58
请问Sob老师,对开壳层分子(非限制性开壳层体系)计算原子自旋布居,绘制自旋密度图后可以从哪些方面对分 ...

问题太含糊,我也不知道你想分析什么
用原子自旋布居可以定量考察原子上单电子分布情况,仔细看
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353http://bbs.keinsci.com/thread-4422-1-1.html
使用Multiwfn+VMD以原子着色方式表现原子电荷、自旋布居、电荷转移、简缩福井函数
http://sobereva.com/425http://bbs.keinsci.com/thread-10163-1-1.html
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发表于 Post on 2019-1-9 22:34:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-9 22:16
问题太含糊,我也不知道你想分析什么
用原子自旋布居可以定量考察原子上单电子分布情况,仔细看
谈谈自 ...

我不明白的是,计算原子上单电子的分布情况后可以说明什么问题呢?这个不是很理解,只是说明单电子数越多,这个位点越活泼吗。
自己决定自己的DNA

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