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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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发表于 Post on 2019-2-22 09:35:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-2-21 22:24
我没有你的fch文件,没法回复
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,上传超过500KB的文本型文件 ...

好的,谢谢sob老师回复

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发表于 Post on 2019-2-22 09:55:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-2-21 22:24
我没有你的fch文件,没法回复
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,上传超过500KB的文本型文件 ...

Sob老师好,昨天把路径改成大写路径后可以正常生成.47文件了,但是用生成的文件来计算双正交轨道能量的时候Multiwfn出现了闪退的现象,想问您一下这可能是什么原因导致的呢?我把使用的fchk文件,生成的.47文件和fch文件打包好附在下面了,麻烦您帮忙看下有没有问题,谢谢老师
Mn_00C_radical.zip (3.08 MB, 下载次数 Times of downloads: 9)




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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-22 22:59:47 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2019-2-22 09:55
Sob老师好,昨天把路径改成大写路径后可以正常生成.47文件了,但是用生成的文件来计算双正交轨道能量的时 ...

用官网上的最新版本没有发现任何问题,附件里是全部输出
新建文本文档.txt (8.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

如果用的老版本,升级到最新版本再试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2019-2-23 09:25:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-2-22 22:59
用官网上的最新版本没有发现任何问题,附件里是全部输出

感谢sob老师回复,那确实可能是我版本的问题,我用新版本再试一下,谢谢老师

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发表于 Post on 2019-2-23 09:45:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-2-22 22:59
用官网上的最新版本没有发现任何问题,附件里是全部输出

升级到最新版本可以正常使用了,感谢Sob老师解惑

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发表于 Post on 2019-2-23 10:02:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-2-22 22:59
用官网上的最新版本没有发现任何问题,附件里是全部输出

Sob老师,还有一个问题想请教您一下。我还想用咱们Multiwfn做CDA然后绘制轨道相互作用图,但是原始的轨道和用咱们Multiwfn双正交方法计算后的轨道并不相同。想问您一下如果把原配合物分成两个片段计算,再将他们的fchk文件做双正交计算,用产生的fch文件再去做CDA,并判断轨道的相互作用这样是否可行、合理?谢谢Sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-23 22:43:23 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2019-2-23 10:02
Sob老师,还有一个问题想请教您一下。我还想用咱们Multiwfn做CDA然后绘制轨道相互作用图,但是原始的轨道 ...

虽然程序上应该能实现、不报错,但是物理意义未必合理,我没试过。若无特殊必要不建议这么用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-2-23 22:56:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-2-23 22:43
虽然程序上应该能实现、不报错,但是物理意义未必合理,我没试过。若无特殊必要不建议这么用

谢谢Sob老师回复,程序上试了一下确实可以这样做,物理意义上我再去问问导师,谢谢Sob老师。

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发表于 Post on 2019-2-24 16:50:47 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,我用咱们Multiwfn做双正交轨道分析,用.47文件计算了轨道的能量,然后在后面的选择中选择了按照能量排布轨道,但是最后得到的轨道排序在能量上如下图所示,似乎仍然是混乱的。想问问老师这种情况得到的轨道是否正常,怎么操作能解决这一问题?相关文件我上传到了百度网盘,链接我私信发给您,麻烦您看一下是否有问题,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-25 13:07:26 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2019-2-24 16:50
Sob老师好,我用咱们Multiwfn做双正交轨道分析,用.47文件计算了轨道的能量,然后在后面的选择中选择了按照 ...

如博文所说,Multiwfn排序是按照alpha和对应的beta能量的平均值来排序的,不一定对于alpha轨道顺序是由低到高
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发表于 Post on 2019-2-25 15:33:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-2-25 13:07
如博文所说,Multiwfn排序是按照alpha和对应的beta能量的平均值来排序的,不一定对于alpha轨道顺序是由低 ...

好的明白了,谢谢Sob老师回复。再请教您一个问题,最近写文章总用到分子轨道,Gaussview生成分子轨道很慢,看您的Multiwfn+VMD画分子轨道的帖子很受启发。因为想和之前研究一直用的Gaussview生成的轨道图保持一致,尝试了用Gaussview打开Multiwfn生成的cube文件画轨道图。但是似乎Gaussview只能读density部分的数据,生成的图片并不是分子轨道的图片。想问下老师Multiwfn+Gaussview看轨道图可行吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-25 16:13:53 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2019-2-25 15:33
好的明白了,谢谢Sob老师回复。再请教您一个问题,最近写文章总用到分子轨道,Gaussview生成分子轨道很慢 ...

gview虽然标注成density,但实际上载入的cube是什么显示的就是什么的等值面。恰当设置等值面数值就完了。
可行
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发表于 Post on 2019-2-25 16:25:37 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,还想再请教您一个问题。用CDA功能做分子轨道相互作用图的时候,想看两个片段是如何相互作用形成复合物中某几条轨道的,两片段轨道能级跨度比较大,所以画图时中间涵盖的轨道数目特别多,使用选项3,4调了许久得到的图片上连线依然比较乱,难以看出复合物中的某条轨道是那两条轨道相互作用产生的。想问下老师Multiwfn中是否有只考虑某几条轨道的功能呢,我想如果只画出复合物中想考虑的两三条轨道,以及与之有相互作用的片段轨道,图上连线就会特别清晰。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-26 00:31:44 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2019-2-25 16:25
Sob老师好,还想再请教您一个问题。用CDA功能做分子轨道相互作用图的时候,想看两个片段是如何相互作用形成 ...

绘制轨道相互作用图的界面里有对某个片段的能级进行整体平移的功能,设置移动参数让能级接近即可
Multiwfn也可以直接给出指定的复合物片段中由各个片段轨道的贡献百分比,你可以根据实际情况自己在图像编辑程序里把线手动连上
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发表于 Post on 2019-2-26 09:07:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-2-26 00:31
绘制轨道相互作用图的界面里有对某个片段的能级进行整体平移的功能,设置移动参数让能级接近即可
Multiw ...

好的好的,谢谢Sob老师回复,我再试试老师您说的操作

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