简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

lufenghxu · 发表于 Post on 2019-3-7 08:37:47

本帖最后由 lufenghxu 于 2019-3-7 12:51 编辑

sobereva 发表于 2019-3-7 02:54
我不知道你具体怎么分析HOMO-3和LUMO的相互作用。根据具体情况考虑。也可能有更好的角度去说明你要说明的 ...

老师，我正在对比相似的催化体系对C-H键活化（断裂）作用难易程度（能垒大小）的区别，但是我看的文献中说的都很笼统，老师能不能再指个其他方向分析。谢谢老师！

hyj · 发表于 Post on 2019-3-7 18:23:26

如图所示：输出文件里面已经有4个yes，找到了稳定的结构，但是没有热力学数据（输入文件有freq），而且有两个如图的连续警告，请问是什么意思？或者我现在可以把稳定结构保存下来，然后再计算热力学数据？

498746012 · 发表于 Post on 2019-3-8 00:40:21

sob老师您好！请教您一个问题，分子轨道cube文件导入到VMD中如何把某几个键变为虚键即0.5的键级，想做个过渡态的分子轨道

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-8 05:29:23

hyj 发表于 2019-3-7 18:23
如图所示：输出文件里面已经有4个yes，找到了稳定的结构，但是没有热力学数据（输入文件有freq），而且有两 ...

抱歉，帖子合并错了，本来是要合并到http://bbs.keinsci.com/thread-806-1-1.html里头的。

这种warning完全无害，直接无视即可

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-8 05:30:45

498746012 发表于 2019-3-8 00:40
sob老师您好！请教您一个问题，分子轨道cube文件导入到VMD中如何把某几个键变为虚键即0.5的键级，想做个过 ...

没有这种设置。
你可以在过渡态结构下，新建个rep，里面包含要连键的原子序号，然后修改显示方式用比较细的键的半径或者透明材质来显示，以体现算是个虚键

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-8 05:32:53

lufenghxu 发表于 2019-3-7 08:37
老师，我正在对比相似的催化体系对C-H键活化（断裂）作用难易程度（能垒大小）的区别，但是我看的文献中 ...

可以看看这个综述http://dx.doi.org/10.1002/anie.201701486，先把势垒分解为distortion和interaction两部分，然后再通过某些波函数分析进一步讨论

498746012 · 发表于 Post on 2019-3-8 08:34:48

sobereva 发表于 2019-3-8 05:30
没有这种设置。
你可以在过渡态结构下，新建个rep，里面包含要连键的原子序号，然后修改显示方式用比较 ...

谢谢sob老师

498746012 · 发表于 Post on 2019-3-8 23:33:42

sob老师您好！multiwfn可以算卡宾碳上空的P轨道上的电荷吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-9 03:15:18

498746012 发表于 2019-3-8 23:33
sob老师您好！multiwfn可以算卡宾碳上空的P轨道上的电荷吗？

没有这个概念，只能说某个轨道上有多少电子，如果轨道本来就是没被占据的，那就根本没有电荷

498746012 · 发表于 Post on 2019-3-9 09:20:21

sobereva 发表于 2019-3-9 03:15
没有这个概念，只能说某个轨道上有多少电子，如果轨道本来就是没被占据的，那就根本没有电荷

谢谢sob老师，请问如何计算某个轨道上有多少电子，有没有相关的帖子呀

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-9 09:45:13

498746012 发表于 2019-3-9 09:20
谢谢sob老师，请问如何计算某个轨道上有多少电子，有没有相关的帖子呀

用Multiwfn做Mulliken布居分析，看手册4.7.0节的例子
输出当中，程序并不直接给你各个原子轨道上的电子数，而是给你基函数上的电子数，根据原子轨道与基函数之间的对应关系可以很容易得到原子轨道上的电子数。参看
利用布居分析判断基函数与原子轨道的对应关系
http://sobereva.com/418（http://bbs.keinsci.com/thread-10094-1-1.html）

lufenghxu · 发表于 Post on 2019-3-9 09:56:06

sobereva 发表于 2019-3-8 05:32
可以看看这个综述http://dx.doi.org/10.1002/anie.201701486，先把势垒分解为distortion和interaction两 ...

谢谢老师！

498746012 · 发表于 Post on 2019-3-9 17:09:16

sobereva 发表于 2019-3-9 09:45
用Multiwfn做Mulliken布居分析，看手册4.7.0节的例子
输出当中，程序并不直接给你各个原子轨道上的电子 ...

谢谢sob老师

498746012 · 发表于 Post on 2019-3-9 22:55:58

本帖最后由 498746012 于 2019-3-9 22:57 编辑

sob老师您好！您的这张图里都是HOMO轨道吗，还是有的是HOMO，有的是HOMO减几轨道，这个帖子我看过了，但是还是不理解

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-10 02:40:09

498746012 发表于 2019-3-9 22:55
sob老师您好！您的这张图里都是HOMO轨道吗，还是有的是HOMO，有的是HOMO减几轨道，这个帖子我看过了，但是 ...

显然都是定域化轨道，怎么产生的看Multiwfn手册4.19.2节

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优化结构的输出文件里面出现了连续的警告