简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

498746012 · 发表于 Post on 2019-3-27 21:22:32

sob老师您好！multiwfn可以给出以NBO为基的密度矩阵吗

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-28 02:51:56

498746012 发表于 2019-3-27 21:22
sob老师您好！multiwfn可以给出以NBO为基的密度矩阵吗

不能。NBO程序里用DMNBO关键词可以输出

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-28 03:09:46

moritaichi 发表于 2019-3-26 10:08
sob老师您好，请教您一个问题，我用高斯跑出来的水分子的分子轨道和multiwfn算出的态密度图像能量上对不上 ...

你传的这个文件不完整，我这里gview打不开。从fch里直接就能看到
Alpha Orbital Energies                   R N=       19
-2.05578606E+01 -1.34605838E+00 -7.14142625E-01 -5.70832485E-01 -4.98133280E-01
  2.13003820E-01  3.06856925E-01  1.03157918E+00  1.13340025E+00  1.16807575E+00
  1.17845629E+00  1.38509143E+00  1.43128740E+00  2.02056171E+00  2.03064676E+00
  2.06725991E+00  2.63552755E+00  2.96565044E+00  3.97765327E+00

红字的就是HOMO能量，和Multiwfn显示的一致

对于分子体系，不要用费米能级这个含糊的概念，应当说HOMO

moritaichi · 发表于 Post on 2019-3-28 10:02:22

sobereva 发表于 2019-3-28 03:09
你传的这个文件不完整，我这里gview打不开。从fch里直接就能看到
Alpha Orbital Energies ...

谢谢sob老师
不过这样又转回去了呀，multiwfn的homo算出来是-13.55eV（-0.498a.u.），高斯算出来的是-7.9eV（-0.2912a.u.），依然是对不上呀，请问老师能不能指点一下这个差别出现的原因是什么嘛

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-28 23:16:50

moritaichi 发表于 2019-3-28 10:02
谢谢sob老师
不过这样又转回去了呀，multiwfn的homo算出来是-13.55eV（-0.498a.u.），高斯算出来的是-7. ...

“高斯算出来的是-7.9eV（-0.2912a.u.），”哪看来的？
你的fch里都精确体现了HOMO根本就不是这个数值，要么你读取数据读错位置了，要么你传的fch根本就不是你现在正在看的这个文件。你的问题属于犯了低级错误

498746012 · 发表于 Post on 2019-4-2 09:39:43

sobereva 发表于 2019-3-28 02:51
不能。NBO程序里用DMNBO关键词可以输出

谢谢sob老师

zdwssg123 · 发表于 Post on 2019-4-2 14:58:38

sob老师，我计算resp电荷时设置了cubegen路径，然后计算时multiwfn系统崩溃，并且生成了一个cubegennpt的文档，我该怎么办才能使用cubegen这个模块

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-2 17:36:41

zdwssg123 发表于 2019-4-2 14:58
sob老师，我计算resp电荷时设置了cubegen路径，然后计算时multiwfn系统崩溃，并且生成了一个cubegennpt的文 ...

进入命令行模式（比如cmd）然后再运行Multiwfn，看屏幕上的提示判断原因
说不清楚就把settings.ini和输入文件都压缩后上传（超过5MB传网盘）
并且参考这里Q23试图排除问题
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/45

498746012 · 发表于 Post on 2019-4-10 09:11:37

sob老师您好！multiwfn可以计算金属电子反馈到配体例如CO的pi反键轨道的能力大小吗？

zdwssg123 · 发表于 Post on 2019-4-11 08:25:41

sobereva 发表于 2019-4-2 17:36
进入命令行模式（比如cmd）然后再运行Multiwfn，看屏幕上的提示判断原因
说不清楚就把settings.ini和输 ...

1
Atomic radii used:
Element:H    vdW radius (Angstrom): 1.200
Element:C    vdW radius (Angstrom): 1.500
Element:N    vdW radius (Angstrom): 1.500
Element:O    vdW radius (Angstrom): 1.400
Number of MK fitting points used:    46585
Calculating ESP at fitting points, please wait...
Since the input file type is .fch/fchk and "cubegenpath" parameter in settings.
ini has been properly defined, now Multiwfn directly invokes cubegen to calculat
e electrostatic potential
Running: E:\software\gaussian09\cubegen.exe 1 potential=SCF E:\Mr.chen\Cours
e\qc systerm\third job\12-3OH-12.fch ESPresult.cub -5 h < cubegenpt.txt > nouseo
ut
PGFIO-F-209/OPEN/unit=20/'OLD' specified for file which does not exist.
File name = E:\Mr.chen\Course\qc.fch
In source file starut.f, at line number 127
forrtl: severe (29): file not found, unit 10, file E:\software\Multiwfn_3.6_dev_
bin_Win64\ESPresult.cub
Image             PC             Routine          Line       Source

Multiwfn.exe    000000013FEC8168  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn.exe    000000013FEAEF90  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn.exe    000000013FB97A54  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn.exe    000000013FB91180  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn.exe    000000013FB5F60D  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn.exe    000000013FBED117  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn.exe    0000000140758362  Unknown             Unknown  Unknown
Multiwfn.exe    0000000140A1F3B4  Unknown             Unknown  Unknown
kernel32.dll    000000007783571D  Unknown             Unknown  Unknown
ntdll.dll       0000000077A9385D  Unknown             Unknown  Unknown

sob老师我按照您的方法尝试了一下，报错信息如下，请问应该如何解决？

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-11 16:00:21

498746012 发表于 2019-4-10 09:11
sob老师您好！multiwfn可以计算金属电子反馈到配体例如CO的pi反键轨道的能力大小吗？

可以做CDA分析考察，如果b项比较大就说明能力大
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-11 16:00:58

zdwssg123 发表于 2019-4-11 08:25
1
Atomic radii used:
Element:H vdW radius (Angstrom): 1.200

用目前官网上最新版本，或者fch路径别有空格

498746012 · 发表于 Post on 2019-4-12 08:54:32

sobereva 发表于 2019-4-11 16:00
可以做CDA分析考察，如果b项比较大就说明能力大
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
...

谢谢sob老师

yihanxu · 发表于 Post on 2019-4-21 11:18:36

本帖最后由 yihanxu 于 2019-4-20 21:19 编辑

sob老师好，大家好，往Multiwfn载入一个pdb文件（见附件），结构含Li离子，为什么载入后Multiwfn显示Warning: Found unknown element "Li " , assume it is carbon, 该如何解决呢？谢谢。

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-22 01:54:45

yihanxu 发表于 2019-4-21 11:18
sob老师好，大家好，往Multiwfn载入一个pdb文件（见附件），结构含Li离子，为什么载入后Multiwfn显示Warnin ...

谢谢报告，是个bug，我已经修正了，请到Multiwfn官网下载最新的3.6(dev)版。

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