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付老师您好，我在利用lammps中的colvars模块，计算水溶液中Pb离子与其配位水分子结合与分离过程的自由能变化，但得出的PMF曲线与参考文献相比趋势相同，但数值不同，参考文献中PMF曲线有正有负，而我的全部都是正数，我查阅相关资料包括文献分析PMF时，都是针对于自由能趋势变化的解释即自由能趋势变化说明过程是否能够自发进行，但对于反应坐标下某一特定位置的正负没有说明.所以想请教下付博士
1.是由于我.colvars文件编写设置错误导致都为正数吗？
2.还是由.abf1.czar.pmf得到PMF曲线是还需要经过数据处理才能得到如参考文献所示的PMF曲线吗？如果是，处理的标准是什么呢？
3.自由能是不是只观察趋势即相对变化说明反应过程是否能够自发进行即可呢？还是某一特定位置的自由能也能够说明什么呢？
以下是我的colvars设置，和参考文献PMF曲线图以及我的PMF曲线图
- colvarsTrajFrequency 250000
- colvarsRestartFrequency 1000000
- colvar {
- name Pb
- width 0.1
- lowerBoundary 2.0
- upperBoundary 8.0
- extendedlagrangian on
- extendedFluctuation 0.1
- extendedTimeConstant 200
- extendedTemp 300
- subtractAppliedForce on
- # expandboundaries on
- # forceNoPBC yes
- distance {
- group1 {
- atomNumbers 10000
- }
- group2 {
- atomNumbers 4859
- }
- }
- }
- harmonicWalls {
- name abf_pmf
- colvars Pb
- lowerWalls 2.0
- upperWalls 8.0
- lowerWallConstant 2.0
- upperWallConstant 2.0
- }
- abf {
- colvars Pb
- fullSamples 2000
- historyfreq 1000000
- writeCZARwindowFile on
- CZARestimator on
- }
- metadynamics {
- colvars Pb
- hillwidth 5
- hillweight 0.1
- welltempered on
- biastemperature 4000
- }
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发表于 Post on 2023-7-31 20:52:12
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