NAMD自由能计算教程—1、用eABF和meta-eABF进行多维自由能计算

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-10-16 13:02:46

DwyaneWan 发表于 2024-10-15 23:36
fu老师，我看plumed可以支持把体系势能项作为CV，然后结合特定的结构序数参数来研究结晶过程。不知道colv ...

不能，把energy作为CV没有任何作用

DwyaneWan · 发表于 Post on 2024-11-4 11:47:45

fhh2626 发表于 2024-10-16 13:02
不能，把energy作为CV没有任何作用

Fu老师，请问在用colvars进行coordination numbers作为模拟CV，但我想把其中两个原子作为CV和自由能的关系表达出来，应该用何种方式进行reweight呢？

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-11-4 16:57:16

DwyaneWan 发表于 2024-11-4 11:47
Fu老师，请问在用colvars进行coordination numbers作为模拟CV，但我想把其中两个原子作为CV和自由能的关 ...

选择CV以后用eABF或者其他方法做自由能计算

yyf123 · 发表于 Post on 6 day ago

付老师您好，请问一下 plumed 里面，funnel 能用于 wtm-eabf 吗

nickfaker · 发表于 Post on 4 day ago

Fu老师，请问eABF方法能用来研究纳米晶体不同取向聚集过程的PMF吗？我的纳米晶体模型大约2000个原子，按照这个帖子尝试算了一下真空中两个纳米晶体的聚集，初始间距为15A，采样范围2~17A，模拟开始后间距会迅速迅速减小到2A，然后一直在那个位置小幅振荡，是我力常数设置太小的原因吗？还是采样时间不够？

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