NAMD自由能计算教程—1、用eABF和meta-eABF进行多维自由能计算

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-9-18 14:45:40

yyf123 发表于 2024-9-18 12:33
谢谢付博士的回复
我有两个个疑问
1. rmsd的center设为0的话，然后对齐的又是初始构象（对接的构象comp ...

准确性不变，可能平衡后的结构来做的话收敛会好一些

yyf123 · 发表于 Post on 2024-9-18 18:00:59

fhh2626 发表于 2024-9-18 14:45
准确性不变，可能平衡后的结构来做的话收敛会好一些

谢谢您的指导

yyf123 · 发表于 Post on 2024-9-22 12:47:12

付博士您好！
我用BFEE2计算配体结合自由能
001_MoleculeBound文件夹已经运行完成，但是能量-120 kcal/mol，这个正常吗
谢谢付博士

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-9-23 10:03:17

yyf123 发表于 2024-9-22 12:47
付博士您好！
我用BFEE2计算配体结合自由能
001_MoleculeBound文件夹已经运行完成，但是能量-120 kcal/mo ...

单步的自由能多少都是正常的，主要看双向是否重叠

yyf123 · 发表于 Post on 2024-9-23 10:59:59

fhh2626 发表于 2024-9-23 10:03
单步的自由能多少都是正常的，主要看双向是否重叠

谢谢您的指导

po390 · 发表于 Post on 2024-9-27 18:08:40

付老师，您好
这个meta-eABF直接应用于NAMD的QM/MM中是否可行，例如我有涉及化学反应的多个原子直接的五个距离作为反应变量，获得自由能差异，可否认为就是反应能垒？

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-9-28 14:01:13

po390 发表于 2024-9-27 18:08
付老师，您好
这个meta-eABF直接应用于NAMD的QM/MM中是否可行，例如我有涉及化学反应的多个原子直接的五个 ...

可以，但是要仔细设计CV，五维的自由能计算肯定跑不动的（就算你真的跑得动也没办法可视化分析）

po390 · 发表于 Post on 2024-9-28 23:41:29

fhh2626 发表于 2024-9-28 14:01
可以，但是要仔细设计CV，五维的自由能计算肯定跑不动的（就算你真的跑得动也没办法可视化分析）

好的,谢谢老师
确实5个cv太多了,我看看能否简化

docshen777 · 发表于 Post on 2024-10-7 19:46:19

请问付老师，我的计算两个CV，第一个CV的范围是2.3-6.8 A，但是长期的采样只能在5.0-6.8A进行，下不去5.0，这种情况应该改变哪个参数？改变wtm的hill高和宽有用么？还是说改变eabf的参数？

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-10-7 22:59:22

docshen777 发表于 2024-10-7 19:46
请问付老师，我的计算两个CV，第一个CV的范围是2.3-6.8 A，但是长期的采样只能在5.0-6.8A进行，下不去5.0， ...

有用，但是建议你看看你的CV是否合适。这种情况多半是CV不合适引起的

yyf123 · 发表于 Post on 2024-10-13 01:41:45

本帖最后由 yyf123 于 2024-10-14 12:14 编辑

付博士您好，我发现我的配体和蛋白有阳离子π相互作用，请教一下您，这个适合用什么力场？
charmm-gui 里面 charmm36m 力场下面的 WYF parameter for cation-pi interactions 这个设置是否能准确描述呢?
对于药物小分子和蛋白的结合，是否drude力场一定比普通力场要好，可以无脑使用呢？
谢谢您的指导

DwyaneWan · 发表于 Post on 2024-10-15 00:11:10

fu老师你好，不知道能否把所有原子coordinate设置成CV，例如用WTM-eabf方法去研究在三维周期性结构的水分子结冰的自由能过程？

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-10-15 17:27:09

yyf123 发表于 2024-10-13 01:41
付博士您好，我发现我的配体和蛋白有阳离子π相互作用，请教一下您，这个适合用什么力场？
charmm-gui 里 ...

可以勾上的
不一定，虽然Drude原理上可能比CHARMM力场更准确，但是Drude本身优化得并没有CHARMM力场好，尤其是小分子力场

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-10-15 17:31:09

DwyaneWan 发表于 2024-10-15 00:11
fu老师你好，不知道能否把所有原子coordinate设置成CV，例如用WTM-eabf方法去研究在三维周期性结构的水分子 ...

技术上可以实现，但是所有原子coordinate维数太多了啊，没有办法有效增强采样的。

水结冰过程已经研究得很充分了，可以参考一下近期高毅勤课题组的文章，是用增强采样方法研究水结冰的https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpclett.2c02176

DwyaneWan · 发表于 Post on 2024-10-15 23:36:11

fhh2626 发表于 2024-10-15 17:31
技术上可以实现，但是所有原子coordinate维数太多了啊，没有办法有效增强采样的。

水结冰过程已经研究 ...

fu老师，我看plumed可以支持把体系势能项作为CV，然后结合特定的结构序数参数来研究结晶过程。不知道colvars能否把energy项目作为CV？

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