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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn资源与经验] 使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-29 05:48:36 | 只看该作者 Only view this author
一条君 发表于 2024-6-28 21:17
老师,继续#14楼的问题【请问下sob老师,如果是计算有机分子在水溶液中的静电势,在计算的时候是不是要选 ...

没那么严格要求,横向对比时用的等值面数值统一即可。而且跟介电常数没有任何直接联系
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-9-3 20:57:41 | 只看该作者 Only view this author
daanyueluo 发表于 2024-5-9 16:55
sob老师,我这个静电势图画了两天了,总有这个问题,在VMD软件输入iso这一步,然后就生成灰白色的图,已经 ...

请问你解决这个问题了吗,我也存在该问题,GLSL默认是打开的

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发表于 Post on 2024-9-6 22:15:15 | 只看该作者 Only view this author
奋斗者 发表于 2024-9-3 20:57
请问你解决这个问题了吗,我也存在该问题,GLSL默认是打开的

换了台电脑就好了。

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发表于 Post on 2024-9-13 08:51:13 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我按照http://sobereva.com/443绘图,在vmd中输入pt,可以得到红蓝颜色的表面顶点结构图,但是输入iso,只能得到灰白色静电势等值面图,使用的是普通版vmd,GLSL也默认打开,还有其他解决方法吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-13 15:46:41 | 只看该作者 Only view this author
奋斗者 发表于 2024-9-13 08:51
sob老师,我按照http://sobereva.com/443绘图,在vmd中输入pt,可以得到红蓝颜色的表面顶点结构图,但是输入 ...

远程说不清楚。换机子再试。如果cube文件很大,也尝试本论坛里VMD 1.9.3 64bit版
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发表于 Post on 2024-10-4 15:40:46 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,双击espiso.bat, 只生成density.cub,不生成ESP.cub是怎么回事儿?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-5 03:19:07 | 只看该作者 Only view this author
Wright 发表于 2024-10-4 15:40
sob老师,双击espiso.bat, 只生成density.cub,不生成ESP.cub是怎么回事儿?

把帖子末尾的红字部分仔细看了,该说的都说了
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发表于 Post on 2024-10-25 15:50:38 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 XYZchemistry 于 2024-10-25 15:55 编辑

老师您好,我在绘制静电势着色的分子间范德华表面穿透图时,使用的是您压缩包中的1.fch和2.fch,我跑完了ESP pt.bat,最后在VMD中输入pt2,提示cant read file,是怎么回事啊

屏幕截图 2024-10-25 155449.png (62.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 124)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-25 23:28:30 | 只看该作者 Only view this author
XYZchemistry 发表于 2024-10-25 15:50
老师您好,我在绘制静电势着色的分子间范德华表面穿透图时,使用的是您压缩包中的1.fch和2.fch,我跑完了ES ...

仔细看帖子末尾的红字
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发表于 Post on 2024-12-11 14:22:04 | 只看该作者 Only view this author

sob老师,
formchk工具来把chk转换为fchk(fchk和fch是一码事,不同平台下默认的后缀名不同而已,Multiwfn都能识别)
,我已经得到fchk文件,要改为fch,可以直接 mv a.fchk a.fch   吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-11 23:21:02 | 只看该作者 Only view this author
xishaofan 发表于 2024-12-11 14:22
sob老师,,我已经得到fchk文件,要改为fch,可以直接 mv a.fchk a.fch   吗?

可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-25 23:27:27 | 只看该作者 Only view this author
鉴于老有人问,给本文加了段文字
很多次有人问怎么他用VMD渲染脚本(大概率是用的Multiwfn目录下的examples\scripts\VMDrender_full.bat)渲染出的分子表面静电势着色图太亮,白晃晃的。这是因为bat里渲染器选项用了-trans_raster3d,改成-trans_vmd就解决了,效果和Tachyon(internal)完全一样。
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发表于 Post on 2025-6-24 09:40:20 | 只看该作者 Only view this author
老师,按照您的方法画出了静电势,用的是1.9.1版本,画出来颜色过渡很不自然应该怎么调呢,已经根据极值点把颜色范围改了

202506240938138114..png (61.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 112)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-25 20:06:51 | 只看该作者 Only view this author
Roseanne 发表于 2025-6-24 09:40
老师,按照您的方法画出了静电势,用的是1.9.1版本,画出来颜色过渡很不自然应该怎么调呢,已经根据极值点 ...

先确保能重复出帖子里的例子,确保操作无误。并且用VMD 1.9.3,如果也这样,去掉ESPiso.batl里的-ESPrhoiso 0.001再试。如果还是这样,说明跟体系特征有关(范德华表面和静电势等值面的形状过于接近),只能减小格点间距来改善效果,但会显著增加耗时
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发表于 Post on 2025-7-17 10:33:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xu123123 于 2025-7-17 10:52 编辑

请问老师,我画静电势的图
对于同一个结构,我双击脚本文件ESP.bat ESP.pt,然后算出来的文件density1.cub、ESP1.cub、surfanalysis.txt
和手动输入Main function menu的12 Quantitative analysis of molecular surface  然后输入0 算出的结果是一样的吗?二者的单位都是一样的吗?

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