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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn资源与经验] 使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频)

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发表于 Post on 2022-2-7 12:24:21 | 只看该作者 Only view this author
请问一下老师,在Multiwfn目录下放了4个fch文件批处理,得到结果文件已在VMD目录下,在VMD中输入iso2,显示4个分子会叠在一起,怎么分开按每个分子查看?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-8 01:13:25 | 只看该作者 Only view this author
YLZ-U 发表于 2022-2-7 12:24
请问一下老师,在Multiwfn目录下放了4个fch文件批处理,得到结果文件已在VMD目录下,在VMD中输入iso2,显示 ...

双击VMD main里面D字母可关闭显示
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发表于 Post on 2022-2-8 10:23:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-8 01:13
双击VMD main里面D字母可关闭显示

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-2-27 20:22:06 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 王好赊 于 2022-2-27 20:42 编辑

请问老师,我画的静电势图为什么会这样?要怎么解决呢?1.fch

静电势.png (77.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 56)

静电势.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-28 13:49:50 | 只看该作者 Only view this author
王好赊 发表于 2022-2-27 20:22
请问老师,我画的静电势图为什么会这样?要怎么解决呢?1.fch

可能格点数据有问题,或者格点文件没完全载入
换个机子再试,还不行就下载本论坛里有人分享的自己编译的VMD 1.9.3 64bit版再试
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发表于 Post on 2022-3-2 14:38:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-28 13:49
可能格点数据有问题,或者格点文件没完全载入
换个机子再试,还不行就下载本论坛里有人分享的自己编译的 ...

问题解决了,谢谢老师。

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发表于 Post on 2022-3-12 15:33:43 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,我在绘制静电势图的时候拿example里的例子严格按照您的教程做的,产生了vtx1和mol1.vmd的文件,但是在vmd中输入pt的时候出现invalid command name "pt",这是什么原因呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-13 04:33:21 | 只看该作者 Only view this author
xiaobai1 发表于 2022-3-12 15:33
请问sob老师,我在绘制静电势图的时候拿example里的例子严格按照您的教程做的,产生了vtx1和mol1.vmd的文件 ...

没正确按照此帖的做法配置vmd.rc,导致pt命令没法用。pt命令是此帖里我提供的脚本里自定义的命令。
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发表于 Post on 2022-3-14 15:29:47 | 只看该作者 Only view this author

已解决,显卡问题

本帖最后由 xiaobai1 于 2022-3-14 15:52 编辑
sobereva 发表于 2022-3-13 04:33
没正确按照此帖的做法配置vmd.rc,导致pt命令没法用。pt命令是此帖里我提供的脚本里自定义的命令。

sob老师,我重新配置了VMD.rc,现在可以画图了,但是在graphics-representations里我将size从4调到大颜色变浅了,将size从4调到1,颜色却深了,和您在视频里的趋势相反,请问这是什么原因呢

1.png (222.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 52)

1.png

4.png (178.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 55)

4.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-15 02:12:48 | 只看该作者 Only view this author
xiaobai1 发表于 2022-3-14 15:29
sob老师,我重新配置了VMD.rc,现在可以画图了,但是在graphics-representations里我将size从4调到大颜色 ...

先确保Display - Rendermode设的是Normal
如果当前就是这样,远程我也说不清楚
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发表于 Post on 2022-3-16 09:19:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-15 02:12
先确保Display - Rendermode设的是Normal
如果当前就是这样,远程我也说不清楚

谢谢sob老师,已经解决了,应该是另一台电脑显卡问题,我自己的电脑显示正常

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发表于 Post on 2022-3-20 18:43:32 | 只看该作者 Only view this author
老师 画出的静电势图怎么调饱和度呀 我画出来的原子不太突出

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-20 19:05:47 | 只看该作者 Only view this author
Daan 发表于 2022-3-20 18:43
老师 画出的静电势图怎么调饱和度呀 我画出来的原子不太突出

Graphics - Materials里改当前用的材质的定义
或者在photoshop等工具里调饱和度
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发表于 Post on 2022-3-28 19:21:51 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我用默认色彩刻度的话分子表面就只有一种颜色,是铂配合物,这该从哪里调?

202203281914549232..png (122.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 54)

202203281914549232..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-1 01:37:36 | 只看该作者 Only view this author
liuhe 发表于 2022-3-28 19:21
sob老师,我用默认色彩刻度的话分子表面就只有一种颜色,是铂配合物,这该从哪里调?

如果这是离子,帖子里已经明确写了必须自己改色彩刻度范围,仔细认真看一遍
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