使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频）

ddddnight · 发表于 Post on 2021-5-20 23:34:36

sobereva 发表于 2021-5-20 23:24
默认是line方式显示
你得自己把显示方式设成isosurface之类的才能图形化显示出格点数据特征

老师，可以拖进去，但是拖进去是球棍模型，如第一张图所示：如果先输入pt之后，再把density1拖进去，图片只是放大了，没有变化，如第二章图所示
好的老师，刚才贴图有点问题，我以为您不会回复的那么快，我把帖子删了，想重新回复来着，没想到您回复那么快，辛苦了，谢谢老师，我重新贴一下，让以后有这种问题的能看到

ddddnight · 发表于 Post on 2021-5-20 23:38:25

本帖最后由 ddddnight 于 2021-5-21 11:20 编辑

sobereva 发表于 2021-5-20 23:24
默认是line方式显示
你得自己把显示方式设成isosurface之类的才能图形化显示出格点数据特征

老师我输入了，是相同的路径Multiwfn 1.fch < ESPext.txt
move /Y vtx.pdb vtx1.pdb
move /Y mol.pdb mol1.pdb

move /Y *.pdb "D:\VMD"

ddddnight · 发表于 Post on 2021-5-21 11:31:45

sobereva 发表于 2021-5-20 23:24
默认是line方式显示
你得自己把显示方式设成isosurface之类的才能图形化显示出格点数据特征

老师，我今天又尝试了几次，在输入pt之后，在输入，图形变成这样的了

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-22 16:54:19

ddddnight 发表于 2021-5-21 11:31
老师，我今天又尝试了几次，在输入pt之后，在输入，图形变成这样的了

关了GLSL才能看到正确大小的圆点

严格按帖子里的说法操作，不要有任何自行发挥，除非你很了解VMD，并且看得懂脚本里每一行语句的含义

ddddnight · 发表于 Post on 2021-5-22 23:13:23

sobereva 发表于 2021-5-22 16:54
关了GLSL才能看到正确大小的圆点

严格按帖子里的说法操作，不要有任何自行发挥，除非你很了解VMD，并 ...

谢谢老师，我找到原因了，我只看视频，没认真看本文，以为只要改一个.bat文件的路径，原来所有的都要改，辛苦老师了

夜千 · 发表于 Post on 2021-5-30 18:32:36

想请问sob老师，第八部分的例3例4怎么做到不同分子之间出现重叠的呢，我算了我的过渡态，无法出现这种重叠的构型，相互作用部分只有一种颜色

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-31 05:07:59

夜千发表于 2021-5-30 18:32
想请问sob老师，第八部分的例3例4怎么做到不同分子之间出现重叠的呢，我算了我的过渡态，无法出现这种重叠 ...

第4节已经明确说明了怎么绘制重叠图，先把例子重复一遍，自然就知道你自己的体系怎么弄

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-17 03:49:41

鉴于经常有人问绘制的分子表面静电势图怎么用eV而非a.u.为单位，今日在官网上更新的Multiwfn里加入了新的脚本文件，并在本文里添加了以下内容：

如果你想让iso、iso2命令产生的表面静电势图以eV为单位，按下面的做法（必须用2021-Aug-17及以后更新的Multiwfn）：
把examples\drawESP目录下的ESPiso_eV.bat和ESPiso_eV.txt拷到当前目录下，用它们代替前文的ESPiso.bat和ESPiso.txt进行计算。把前述的ESPiso.vmd和ESPiso2.vmd拷到VMD目录下之后，把里面的set colorlow -0.8和set colorhigh 0.8前面的#去掉使之生效。这样得到的静电势cub文件就是以eV为单位记录的了，默认色彩刻度下限和上限将是-0.8 eV和0.8 eV，用上述的Color Scale Bar绘制的色彩刻度轴也是以eV为单位的了。PS：如果想以kcal/mol为单位，把ESPiso_eV.txt里的a.u.到eV的转换系数27.2114改成627.51，并恰当设置ESPiso.vmd和ESPiso2.vmd里的默认的色彩刻度上下限即可。

zhangguangxu · 发表于 Post on 2021-10-16 22:05:47

我的两个单体结构从复合物复制出来优化，使用了nosymm，优化的两个单体的范德华穿透图还是重叠在一起，我想请教下可能的原因。

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-17 05:24:35

zhangguangxu 发表于 2021-10-16 22:05
我的两个单体结构从复合物复制出来优化，使用了nosymm，优化的两个单体的范德华穿透图还是重叠在一起，我想 ...

要么单体坐标不是从复合物中直接复制出来的，要么nosymm没用对导致没生效，没其它原因

guobenyue · 发表于 Post on 2021-11-13 17:50:25

这个找不到文件的错误折腾我一天了，要是能有个视频讲解的话，也能很大的帮助我这样的愚笨的人呀，难受

guobenyue · 发表于 Post on 2021-11-13 17:59:14

萌萌坏坏发表于 2019-6-26 09:44
谢谢老师我会做了，辛苦您了

你好，可以教教我么

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-14 03:29:01

guobenyue 发表于 2021-11-13 17:50
这个找不到文件的错误折腾我一天了，要是能有个视频讲解的话，也能很大的帮助我这样的愚笨的人呀，难受

这帖子一开头难道没提供视频？给了都不看，就差远程协助了

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-14 03:29:17

guobenyue 发表于 2021-11-13 17:59
你好，可以教教我么

一个字一个字好好看帖子，一帧一帧仔细看视频

guobenyue · 发表于 Post on 2021-11-15 20:12:49

sobereva 发表于 2021-11-14 03:29
一个字一个字好好看帖子，一帧一帧仔细看视频

非常感谢老师我经过您的一步步知道完成了

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