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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn资源与经验] 使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-18 06:25:04 | 只看该作者 Only view this author
xu123123 发表于 2025-7-17 10:33
请问老师,我画静电势的图
对于同一个结构,我双击脚本文件ESP.bat ESP.pt,然后算出来的文件density1.cub ...

使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)
http://sobereva.com/443http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html

文中明确说了,脚本修改了默认的格点间距

认真把下文看了了解脚本运行原理,自然就全都清楚了
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2025-7-25 22:25:07 | 只看该作者 Only view this author
渲染之后图片的像素比较低,运行VMDrender_full.bat之后得到的图片像素提高了,但亮度太高,使结构无法清楚展示,请问老师这个要怎么解决

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-26 12:25:19 | 只看该作者 Only view this author
zmx. 发表于 2025-7-25 22:25
渲染之后图片的像素比较低,运行VMDrender_full.bat之后得到的图片像素提高了,但亮度太高,使结构无法清楚 ...

调整渲染选项
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发表于 Post on 2025-7-26 21:19:16 | 只看该作者 Only view this author

好的,我试一下,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2025-7-28 21:57:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zmx. 于 2025-7-28 22:01 编辑
zmx. 发表于 2025-7-26 21:19
好的,我试一下,谢谢sob老师

老师您好,之前提问过的问题:Tachyon渲染之后图片的像素比较低,运行VMDrender_full.bat或者VMDrender_noshadow之后得到的图片像素提高了,但亮度太高导致曝光。您之前回答我说可以调整渲染选项,但是我尝试了一下没有找到调哪个地方,新手求老师详细指教

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发表于 Post on 2025-7-28 23:51:12 | 只看该作者 Only view this author
zmx. 发表于 2025-7-28 21:57
老师您好,之前提问过的问题:Tachyon渲染之后图片的像素比较低,运行VMDrender_full.bat或者VMDrender_n ...

目前我是将VMDrender_full.bat里的内容修改了一下,已经得到了相对清晰的图片,麻烦老师了

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发表于 Post on 2025-9-9 12:52:38 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问在画静电势的图中,红色区域的面积能定量分析吗?

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发表于 Post on 2025-9-9 12:54:30 | 只看该作者 Only view this author
老师,在静电势的图中,是不是红蓝的颜色越深说明体系越亲水?
颜色越白越接近中性,说明越疏水吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-9 14:53:24 | 只看该作者 Only view this author
xu123123 发表于 2025-9-9 12:52
老师,请问在画静电势的图中,红色区域的面积能定量分析吗?

说清楚想怎么定量分析
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-9 14:53:50 | 只看该作者 Only view this author
xu123123 发表于 2025-9-9 12:54
老师,在静电势的图中,是不是红蓝的颜色越深说明体系越亲水?
颜色越白越接近中性,说明越疏水吗?

不说色彩刻度定义的前提下,问这个没意义
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发表于 Post on 2025-9-10 14:32:58 | 只看该作者 Only view this author
老师刻度的单位是a.u.

屏幕截图 2025-09-10 142848.png (93.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

屏幕截图 2025-09-10 142848.png

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发表于 Post on 2025-9-10 14:34:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-9 14:53
说清楚想怎么定量分析

就是分别找出蓝色和红色的表面积的大小

因为只能看见总的表面积的大小是多少

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-10 20:25:02 | 只看该作者 Only view this author
xu123123 发表于 2025-9-10 14:34
就是分别找出蓝色和红色的表面积的大小

因为只能看见总的表面积的大小是多少

Multiwfn用主功能12做完定量分子表面分析后屏幕上明确显示了表面静电势为正值和负值部分的面积,仔细看屏幕上的信息

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发表于 Post on 2025-9-11 09:50:49 | 只看该作者 Only view this author
好的谢谢老师

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发表于 Post on 2025-9-26 16:58:40 | 只看该作者 Only view this author
请问sob社长,关于计算静电势穿透程度有个疑问,如果是比较直勾勾的穿透图(比如您196博文里的2个水分子静电势穿透),那么可以以穿透距离进行衡量。但如果是两个复杂片段,两个片段多处都有不均匀穿透,那么再以穿透距离来衡量或许就不太合适了,以穿透面积或者穿透体积更合适,那么这个有办法可以计算吗?@sobereva

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