使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频）

123456789xx · 发表于 Post on 2022-4-1 13:37:12

老师您好，我完全按443博文和视频操作的，软件版本也一样，可就是在vmd中输入Pt或者iso就会显示不能读取mol1.pdb，找不到mol1.pdb

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-1 23:51:10

123456789xx 发表于 2022-4-1 13:37
老师您好，我完全按443博文和视频操作的，软件版本也一样，可就是在vmd中输入Pt或者iso就会显示不能读取mol ...

看帖子末尾的红字，说得没法更清楚

KCM@SHU · 发表于 Post on 2022-9-17 17:29:10

老师我想问一下，那个ESPiso.bat里有个-ESPrhoiso 0.001的设置结合之前您那个分子动力学直径的教程（http://sobereva.com/503），我是不是可以把0.001改成0.0015然后绘制出来的图形边界的长度是不是就和那个分子动力学直径教程里面绘制出来的边界是一样的，都可以当做分子动力学直径进行评估吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-18 04:11:05

KCM@SHU 发表于 2022-9-17 17:29
老师我想问一下，那个ESPiso.bat里有个-ESPrhoiso 0.001的设置结合之前您那个分子动力学直径的教程（http:/ ...

我不清楚你想做什么
ESPiso.bat是用来画分子表面静电势图的，和计算动力学直径完全没有直接关系。算动力学直径完全不牵扯静电势

KCM@SHU · 发表于 Post on 2022-9-18 09:32:12

sobereva 发表于 2022-9-18 04:11
我不清楚你想做什么
ESPiso.bat是用来画分子表面静电势图的，和计算动力学直径完全没有直接关系。算动力 ...

老师那个ESPiso.bat里有个-ESPrhoiso 0.001里面的0.001不是电子密度等值面的意思吗？，然后您之前用Multiwfn不是有个教程说是大概用0.0015的电子密度等值面作为估计分子动力学直径的吗？所以我就想问一下，如果我把0.001的值改成0.0015是不是画出来的图再用VMD测量一些边界之间的距离也可以作为分子动力学直径的表示？（http://sobereva.com/503）

KCM@SHU · 发表于 Post on 2022-9-18 12:01:53

sobereva 发表于 2022-9-18 04:11
我不清楚你想做什么
ESPiso.bat是用来画分子表面静电势图的，和计算动力学直径完全没有直接关系。算动力 ...

老师我补充一下，我就是想绘制出和静电势着色图类似的图，但我想画的就是这个图的外边界是0.0015的电子密度等值面，想评估分子动力学半径

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-19 00:25:48

KCM@SHU 发表于 2022-9-18 09:32
老师那个ESPiso.bat里有个-ESPrhoiso 0.001里面的0.001不是电子密度等值面的意思吗？，然后您之前用Multi ...

有个-ESPrhoiso 0.001里面的0.001不是电子密度等值面的意思吗？

完全不是
不要靠猜，博文里都写明了
巨幅降低Multiwfn结合VMD绘制分子表面静电势图耗时的一个关键技巧
http://sobereva.com/602（http://bbs.keinsci.com/thread-23859-1-1.html）

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-19 00:26:38

KCM@SHU 发表于 2022-9-18 12:01
老师我补充一下，我就是想绘制出和静电势着色图类似的图，但我想画的就是这个图的外边界是0.0015的电子密 ...

Multiwfn主功能5产生电子密度格点数据，用下文的脚本显示成等值面，然后在graphics - representation里改isovalue
在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法
http://sobereva.com/483（http://bbs.keinsci.com/thread-13329-1-1.html）

KCM@SHU · 发表于 Post on 2022-9-19 10:29:10

sobereva 发表于 2022-9-19 00:26
Multiwfn主功能5产生电子密度格点数据，用下文的脚本显示成等值面，然后在graphics - representation里改is ...

老师，我看这个贴子里面说这里面绘制静电势能其实就是再0.001的电子密度等值面上通过不同颜色的着色来反映静电势能的，那我想问一下我们绘制出来的这个图它的最外面的边界那一个面是不是其实就是等同于我用Multiwfn做下面计算再用VMD可视化打开得到的最外围边界形状大小是一样的，只是我们通过不同着色来表示了静电势？
12  //定量分子表面分析
1 //选择表面的定义
1 //用电子密度等值面作为表面
0.001  //用0.001 a.u.作为等值面数值
6  //开始分析（但不考虑映射的函数，因为这不是我们目前感兴趣的）
6  //将表面顶点坐标导出为当前目录下的vtx.pdb

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-19 23:47:03

KCM@SHU 发表于 2022-9-19 10:29
老师，我看这个贴子里面说这里面绘制静电势能其实就是再0.001的电子密度等值面上通过不同颜色的着色来反 ...

是

严重病句:

那我想问一下我们绘制出来的这个图它的最外面的边界那一个面是不是其实就是等同于我用Multiwfn做下面计算再用VMD可视化打开得到的最外围边界形状大小是一样的

雨雨xt · 发表于 Post on 2022-9-20 16:28:44

本帖最后由雨雨xt 于 2022-9-20 16:34 编辑

Sob老师，我在模拟自己的分子笼计算静电势，进行第一步的时候，就突然结束了工作界面，最后是Generating isosurface by Marching Tetrahedra algorithm, please wait...
然后等着等着就终止计算了，这是为什么呢，也没有产生我要的几个VMD文件，请老师帮忙解答隐约看到找不到指定文件，我的电脑是新加卷E，是否在路径中也需要修改添加中文呢

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-21 22:46:20

雨雨xt 发表于 2022-9-20 16:28
Sob老师，我在模拟自己的分子笼计算静电势，进行第一步的时候，就突然结束了工作界面，最后是Generating is ...

进入命令行模式再运行脚本就能在出错时看见报错提示（if any）
下文末尾的红字明确说了这点
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

KCM@SHU · 发表于 Post on 2022-9-22 21:48:50

老师，我想问一下我计算的时候打开VDM的时候输入pt一直没有图像显示，然后我去cmd里面操作显示找不到输入文件，然后我去核对一下路径也没什么问题，就想问一下还有可能是什么原因呢？还有我在cmd运行的时候看他里面有个1.fch后面多了一个0，而且对应的pdb文件都没有产生，就想麻烦老师看看是不是哪里错了我没注意到

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-23 05:21:35

KCM@SHU 发表于 2022-9-22 21:48
老师，我想问一下我计算的时候打开VDM的时候输入pt一直没有图像显示，然后我去cmd里面操作显示找不到输入文 ...

文件管理器里隐藏文件名后缀是恶习

弄明白dir命令是干什么的，在当前目录下输入dir看到底当前目录下有什么文件

KCM@SHU · 发表于 Post on 2022-9-27 21:41:21

本帖最后由 KCM@SHU 于 2022-9-27 21:44 编辑

老师我想问一下我算钾离子与六个水配位的静电势的时候，直接算出来的静电势颜色是像下面图一一样都是红色的，然后我点graphics---representation----coloring method里面把颜色点成 colorID再点回Beta之后他就变成蓝红交替的了，那他的表面静电势是应该按第二个图还是第一个图呢？，
然后我还有个问题，就是想我算钾离子和六个水配位的静电势，我是将钾离子与水配位的构型用gaussian结构优化好按老师上面步骤算的，这样算和我单独算一个钾离子和分别单独算6个水，最后绘制其分子间范德华表面穿透图，这两种算法有区别吗？第二种范德华表面穿透图可以反应钾离子和水的配位吗？或者说我直接用钾离子和6个水优化好的构型去绘制静电势，得出来的静电势是考虑了钾离子和水相互作用之后的静电势，还是只是单纯的钾离子和水配位之后，配位层水的静电势呢？

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