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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn资源与经验] 使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-23 19:06:05 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-7-22 16:53
请问老师,ESPpt.bat得到的表面顶点着色图,与ESPiso.bat得到的电子密度等值面着色图,这两者应用上有什么 ...

从效果上看,通常ESPiso的更好。ESPpt主要好处是计算省时间,另外当ESPiso的效果不好时可以尝试ESPpt
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2019-7-23 19:13:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-23 19:06
从效果上看,通常ESPiso的更好。ESPpt主要好处是计算省时间,另外当ESPiso的效果不好时可以尝试ESPpt

谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-7-26 17:01:22 | 只看该作者 Only view this author
老师,我的整了以后跑的特别慢是这javascript:;样么50分钟跑了百分之三十您看看对么javascript:;

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-26 22:41:07 | 只看该作者 Only view this author
我和我舍得 发表于 2019-7-26 17:01
老师,我的整了以后跑的特别慢是这javascript:;样么50分钟跑了百分之三十您看看对么javascript:;

文中明确说了,要调用cubegen来加速计算
Multiwfn现已可以调用cubegen使静电势分析耗时有飞跃式的下降!
http://sobereva.com/435http://bbs.keinsci.com/thread-10682-1-1.html
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发表于 Post on 2019-8-7 19:13:24 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,我在做分子间范德华表面穿透图时,二聚体中的两个分子先放在一起优化好了,然后分别拷出来做单点算,得到了fch文件,按照您的方法很顺利的做出了单个分子的分子表面静电势图,也能够得到两个分子的“穿透图”,但并不是真正意义上的穿透图,因为这两个分子已经完全重合了。在输入文件和输出文件(即gjf和out文件)中两个分子的坐标并不相同,为什么得到的fch文件中的坐标就是相同的呢?望不吝赐教。谢谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-8 05:04:13 | 只看该作者 Only view this author
wanlichuan 发表于 2019-8-7 19:13
Sob老师好,我在做分子间范德华表面穿透图时,二聚体中的两个分子先放在一起优化好了,然后分别拷出来做单 ...

因为你没写nosymm,仔细看此文第四节开头,特意强调了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-8-8 08:16:06 | 只看该作者 Only view this author
哦,太粗心了。谢谢sob老师。

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发表于 Post on 2020-4-10 22:09:08 | 只看该作者 Only view this author
Source Code
LINUX_64 OpenGL, CUDA, OptiX, OSPRay (Linux (RHEL 6.7 and later) 64-bit Intel/AMD x86_64 SSE, with CUDA 8.x, OptiX, OSPRay)
LINUX_64 Text-mode w/ EGL (Linux (RHEL 6.7 and later) 64-bit Intel/AMD x86_64 w/ SSE, Text-mode w/ EGL)
LINUX_64 Text-mode (Linux (RHEL 6.7 and later) 64-bit Intel/AMD x86_64 w/ SSE, Text-mode)
LINUX MIC-AVX512 Text-mode (Linux (RHEL 6.7 and later) 64-bit Intel Xeon Phi MIC w/ AVX-512, Text-mode, OSPRay)
LINUX MIC-AVX512, OpenGL, CUDA, OptiX, OSPRay (Linux (RHEL 6.7 and later) 64-bit Intel Xeon Phi MIC w/ AVX-512, OpenGL, CUDA7.5, OptiX, OSPRay)
LINUX OpenPOWER Text-mode (Linux 64-bit IBM OpenPOWER w/ VSX, Text-mode)
MacOS X OpenGL (32-bit Intel x86) (Apple MacOS-X (10.4.7 or later) with hardware OpenGL (native bundle))
Windows OpenGL, CUDA (Windows XP/Vista/7/8/10 (32-bit) with OpenGL and CUDA)
Windows OpenGL (Microsoft Windows XP/Vista/7/8/10 (32-bit) using OpenGL)
NCSA Blue Waters (Cray XK7 w/ OpenGL) (NCSA Blue Waters (Cray XK7) MPI, CUDA, OpenGL Pbuffers, TachyonL-OptiX)
ORNL Titan (Cray XK7) (ORNL Titan (Cray XK7) MPI, CUDA, TachyonL-OptiX)
CSCS Piz Daint (Cray XC50 w/ EGL) (CSCS Piz Daint (Cray XC50) MPI, CUDA, EGL Pbuffers, TachyonL-OptiX)
老师,您好,根据您提供的vmd下载网站,没看到windows64位可用的,请问您下的是上面哪个版本的啊

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-10 22:11:40 | 只看该作者 Only view this author
梓恩25 发表于 2020-4-10 22:09
Source Code
LINUX_64 OpenGL, CUDA, OptiX, OSPRay (Linux (RHEL 6.7 and later) 64-bit Intel/AMD x86_6 ...

本来就没有win64版
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发表于 Post on 2020-4-10 22:20:57 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,根据您提供的vmd下载网站,没看到windows10 64位可用的,请问您下的是上面哪个版本的啊
Windows OpenGL, CUDA (Windows XP/Vista/7/8/10 (32-bit) with OpenGL and CUDA)
Windows OpenGL (Microsoft Windows XP/Vista/7/8/10 (32-bit) using OpenGL)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-11 09:25:56 | 只看该作者 Only view this author
在文末增加了“图像无法绘制出来的排查方法”
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发表于 Post on 2020-4-11 18:23:20 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,那您下载的是哪个版本的1.9.3vmd下面的哪个版本啊

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-11 23:10:01 | 只看该作者 Only view this author
梓恩25 发表于 2020-4-11 18:23
sob老师,那您下载的是哪个版本的1.9.3vmd下面的哪个版本啊

Windows OpenGL
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发表于 Post on 2020-5-9 10:28:58 | 只看该作者 Only view this author
请问下sob老师,可以用linux系统算得的1.fch文件,再把这个1.fch文件用Windows版本的Multiwfn和VMD处理,来绘制分子表面静电势图吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-9 10:45:53 | 只看该作者 Only view this author
MY穿越无人区 发表于 2020-5-9 10:28
请问下sob老师,可以用linux系统算得的1.fch文件,再把这个1.fch文件用Windows版本的Multiwfn和VMD处理,来 ...


fch是跨平台的
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