计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Multiwfn资源与经验] 使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频)

  [复制链接 Copy URL]

3

帖子

0

威望

144

eV
积分
147

Level 2 能力者

16#
发表于 Post on 2019-4-4 11:44:02 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好!按照以上步骤尝试多次后一直闪退,截屏发现以下问题,请问是什么问题呢?attach://18364.png

1.png (367.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 121)

1.png

3

帖子

0

威望

144

eV
积分
147

Level 2 能力者

17#
发表于 Post on 2019-4-4 11:45:32 | 只看该作者 Only view this author
Ashirly 发表于 2019-4-4 11:44
sob老师,您好!按照以上步骤尝试多次后一直闪退,截屏发现以下问题,请问是什么问题呢?attach://18364.pn ...

1.fch文件名也确认修改了

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

18#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-4 14:35:07 | 只看该作者 Only view this author
Ashirly 发表于 2019-4-4 11:44
sob老师,您好!按照以上步骤尝试多次后一直闪退,截屏发现以下问题,请问是什么问题呢?attach://18364.pn ...

明显操作不对,别写莫名其妙的0<什么的,严格按照文中说的步骤操作。视频都录了,很难想象照着视频还重复不出来
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

3

帖子

0

威望

144

eV
积分
147

Level 2 能力者

19#
发表于 Post on 2019-4-17 09:32:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-4 14:35
明显操作不对,别写莫名其妙的0

操作没有问题,计算完是会退出,直接启动VMD就可以。结果很有帮助,谢谢sob老师!

257

帖子

4

威望

4965

eV
积分
5302

Level 6 (一方通行)

20#
发表于 Post on 2019-5-5 16:11:26 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好。操作方面没有问题,想问问老师如果想获得极值点的数值,可以从哪个文件里读取呢?谢谢老师。
贫困U 退学与疯子工程学院

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

21#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-6 09:38:42 | 只看该作者 Only view this author
wxhwbh 发表于 2019-5-5 16:11
sob老师好。操作方面没有问题,想问问老师如果想获得极值点的数值,可以从哪个文件里读取呢?谢谢老师。

帖子里已经说了
表面静电势极值点上的静电势的具体数值可以通过ps来标出来,在196文中详细说了。基本过程是点击键盘上的0进入VMD的查询模式,然后比如点击一个黄球(必须点正中心。如果目前同时显示了表面顶点则先关闭显示表面顶点免得妨碍选取),文本窗口里如果提示比如index 1,那么把这个数加上1就是它的实际序号。在surfanalysis.pdb文件中静电势极大点和极小点分别用C和O原子表示,因此你去此文件里找第2个C,其倒数第2列数值就是静电势的数值了。比如当前第2个C的信息是
HETATM    2  C   MOL A   1      -0.426  -2.953   0.281  1.00 44.12          C
故44.12 kcal/mol就是这个点的静电势值。注意对于带电体系,由于kcal/mol单位下的静电势数值可能超过了pdb格式的B因子这一列的可记录范围,此时Multiwfn自动会改用eV为单位记录,你看一眼pdb文件开头提示用的是什么单位就知道了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

22#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-7 11:32:53 | 只看该作者 Only view this author
对此文增加了关于调节材质的说明,以及增加色彩刻度条方法的说明
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

10

帖子

0

威望

123

eV
积分
133

Level 2 能力者

23#
发表于 Post on 2019-6-25 16:57:05 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,恕我愚笨。
我已经按照视频中的步骤完成ESPpt.bat计算,在Multiwfn所属文件夹里生成了一个mol1.pdb文件,但是打开VMD输入pt就会显示
vmd > pt
ERROR) Could not read file mol1.pdb
Unable to load file 'mol1.pdb' using file type 'pdb'.
请问如何解决?

10

帖子

0

威望

123

eV
积分
133

Level 2 能力者

24#
发表于 Post on 2019-6-25 17:11:34 | 只看该作者 Only view this author
萌萌坏坏 发表于 2019-6-25 16:57
老师您好,恕我愚笨。
我已经按照视频中的步骤完成ESPpt.bat计算,在Multiwfn所属文件夹里生成了一个mol1. ...

已经确认文件路径都是英文的,但是VMD识别不了PDB文件.

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

25#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-26 03:11:13 | 只看该作者 Only view this author
萌萌坏坏 发表于 2019-6-25 17:11
已经确认文件路径都是英文的,但是VMD识别不了PDB文件.

你先检查pdb文件内容是否正常。诸如如果内容为空,肯定载入不了。
先严格重复视频里的例子,用视频里相同的体系
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

10

帖子

0

威望

123

eV
积分
133

Level 2 能力者

26#
发表于 Post on 2019-6-26 09:44:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 萌萌坏坏 于 2019-6-26 22:19 编辑

谢谢老师我会做了,辛苦您了

3.jpg (776.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 157)

3.jpg

2.jpg (745.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 126)

2.jpg

10

帖子

0

威望

123

eV
积分
133

Level 2 能力者

27#
发表于 Post on 2019-6-26 22:17:34 | 只看该作者 Only view this author
萌萌坏坏 发表于 2019-6-26 09:44
老师,我用的就是视频里的example,把乙酰胺直接复制到Mutiwfn的文件夹里并且改成1.fch。运行完ESPpt.bat ...

感谢Sob老师!我做出来了!搞半天是路径没有设置好!
辛苦老师了,不好意思麻烦您了!

79

帖子

0

威望

2840

eV
积分
2919

Level 5 (御坂)

28#
发表于 Post on 2019-7-17 15:39:08 | 只看该作者 Only view this author
老师,现在有1.fchk文件,如何得到1.fch文件呢?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

29#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-17 22:35:02 | 只看该作者 Only view this author
风起时想你 发表于 2019-7-17 15:39
老师,现在有1.fchk文件,如何得到1.fch文件呢?

直接改后缀名

建议看一下此文
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

532

帖子

0

威望

5595

eV
积分
6127

Level 6 (一方通行)

30#
发表于 Post on 2019-7-22 16:53:51 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,ESPpt.bat得到的表面顶点着色图,与ESPiso.bat得到的电子密度等值面着色图,这两者应用上有什么差别?比如什么情况下用表面顶点着色图,什么情况下用电子密度等值面着色图?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 06:44 , Processed in 0.176043 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list