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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn资源与经验] 使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-11 09:46:22 | 只看该作者 Only view this author
今天看到一篇文献Ind. Eng. Chem. Res. (2020)(DOI: 10.1021/acs.iecr.0c01451)使用本文的做法绘图,很有意义,加入到了本文第8节予以展示
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-8-10 13:53:19 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,VMD文本窗口总是提示找不到mol1.pdb。操作系统命令行显示“存在一个重名文件,或是找不到文件”。这个怎么解决呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-11 06:58:27 | 只看该作者 Only view this author
尤雪瑞 发表于 2020-8-10 13:53
sob老师,VMD文本窗口总是提示找不到mol1.pdb。操作系统命令行显示“存在一个重名文件,或是找不到文件”。 ...

仔细看文章末尾的红字
.bat批处理脚本就那么两行,都是干什么的秒懂
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发表于 Post on 2020-9-8 15:31:07 | 只看该作者 Only view this author
请问如果不想算二聚体,四聚体等,只是想批量计算4个分子各自的静电势等值图,利用iso2命令是可以分别得到的吗?(是不是只需要把其它分子的display取消掉就好)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-9 06:53:10 | 只看该作者 Only view this author
li447fan 发表于 2020-9-8 15:31
请问如果不想算二聚体,四聚体等,只是想批量计算4个分子各自的静电势等值图,利用iso2命令是可以分别得到 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-10-18 22:56:16 | 只看该作者 Only view this author
请问用ESPiso.bat时色彩刻度单位是什么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-19 03:58:48 | 只看该作者 Only view this author
虎王 发表于 2020-10-18 22:56
请问用ESPiso.bat时色彩刻度单位是什么?
文中交代过了
对于通过iso命令显示静电势着色等值面的情况,由于静电势cube文件里的单位是a.u.,所以刻度条上的单位也是a.u.,



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发表于 Post on 2020-12-23 08:44:52 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我用您这个方法绘制了一个溶质和溶剂的静电势能面,都很顺利,按照这个教程,感谢老师们,我想请问如果我只想显示其中一个原子或一个分子的图像怎么处理?

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发表于 Post on 2020-12-24 10:32:32 | 只看该作者 Only view this author
卢老师,请问如果不想用红色和蓝色的ESP,怎么改颜色呢?(我想改成和obereva.com/449一样的蓝绿色)
我试过在color里面改颜色但是整个表面颜色一样了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-24 12:20:05 | 只看该作者 Only view this author
a514185038 发表于 2020-12-23 08:44
sob老师,我用您这个方法绘制了一个溶质和溶剂的静电势能面,都很顺利,按照这个教程,感谢老师们,我想请 ...

没有“静电势能面”一词,注意看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html

对于分子,想绘制哪个分子的就单独计算哪个分子就完了

“只想显示其中一个原子”不理解你的目的以及想要什么效果
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-24 12:20:42 | 只看该作者 Only view this author
hmlyz 发表于 2020-12-24 10:32
卢老师,请问如果不想用红色和蓝色的ESP,怎么改颜色呢?(我想改成和obereva.com/449一样的蓝绿色)
我试 ...

graphics - color里改

记得恰当设置色彩刻度范围
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发表于 Post on 2020-12-30 19:38:09 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我在按照视频操作的时候中间导入vtx1.pdb的时候VMD直接闪退了,然后卸载了重新导入了一次,还是直接闪退,是不是因为分子太大所以闪退呢?我作图用的分子含有46个重原子

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-2 00:05:29 | 只看该作者 Only view this author
songyidan 发表于 2020-12-30 19:38
老师您好,我在按照视频操作的时候中间导入vtx1.pdb的时候VMD直接闪退了,然后卸载了重新导入了一次,还是 ...

跟大小无关。
如果你是指直接把vtx1.pdb拖到VMD里载入时都会闪退,把文件上传我看看
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发表于 Post on 2021-1-5 12:05:27 | 只看该作者 Only view this author
不好意思老师这么晚才看到您的回复,我今天试着上传文件但是出现错误,但是文件因该是没问题的(可以在网站上打开的,pymol上也可以显示这个文件,只是会很卡)老师我直接发给您吧

屏幕截图 2021-01-05 120118.png (12.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 125)

屏幕截图 2021-01-05 120118.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-5 13:11:15 | 只看该作者 Only view this author
songyidan 发表于 2021-1-5 12:05
不好意思老师这么晚才看到您的回复,我今天试着上传文件但是出现错误,但是文件因该是没问题的(可以在网站 ...

压缩后再上传
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