使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频）

一条君 · 发表于 Post on 2024-6-28 21:17:52

sobereva 发表于 2019-3-28 02:57
建议如此

老师，继续#14楼的问题【请问下sob老师，如果是计算有机分子在水溶液中的静电势，在计算的时候是不是要选择范德华等值面为0.002a.u.?】，请问在有机溶剂中的静电势，范德华表面也选0.002a.u.吗？还是一定介电常数以上的选0.002，一定介电常数以下的还是0.001呢，谢谢~

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-29 05:48:36

一条君发表于 2024-6-28 21:17
老师，继续#14楼的问题【请问下sob老师，如果是计算有机分子在水溶液中的静电势，在计算的时候是不是要选 ...

没那么严格要求，横向对比时用的等值面数值统一即可。而且跟介电常数没有任何直接联系

奋斗者 · 发表于 Post on 2024-9-3 20:57:41

daanyueluo 发表于 2024-5-9 16:55
sob老师，我这个静电势图画了两天了，总有这个问题，在VMD软件输入iso这一步，然后就生成灰白色的图，已经 ...

请问你解决这个问题了吗，我也存在该问题，GLSL默认是打开的

daanyueluo · 发表于 Post on 2024-9-6 22:15:15

奋斗者发表于 2024-9-3 20:57
请问你解决这个问题了吗，我也存在该问题，GLSL默认是打开的

换了台电脑就好了。

奋斗者 · 发表于 Post on 2024-9-13 08:51:13

sob老师，我按照http://sobereva.com/443绘图，在vmd中输入pt,可以得到红蓝颜色的表面顶点结构图，但是输入iso，只能得到灰白色静电势等值面图，使用的是普通版vmd，GLSL也默认打开，还有其他解决方法吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-13 15:46:41

奋斗者发表于 2024-9-13 08:51
sob老师，我按照http://sobereva.com/443绘图，在vmd中输入pt,可以得到红蓝颜色的表面顶点结构图，但是输入 ...

远程说不清楚。换机子再试。如果cube文件很大，也尝试本论坛里VMD 1.9.3 64bit版

Wright · 发表于 Post on 2024-10-4 15:40:46

sob老师，双击espiso.bat, 只生成density.cub，不生成ESP.cub是怎么回事儿？

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-5 03:19:07

Wright 发表于 2024-10-4 15:40
sob老师，双击espiso.bat, 只生成density.cub，不生成ESP.cub是怎么回事儿？

把帖子末尾的红字部分仔细看了，该说的都说了

XYZchemistry · 发表于 Post on 2024-10-25 15:50:38

本帖最后由 XYZchemistry 于 2024-10-25 15:55 编辑

老师您好，我在绘制静电势着色的分子间范德华表面穿透图时，使用的是您压缩包中的1.fch和2.fch，我跑完了ESP pt.bat，最后在VMD中输入pt2，提示cant read file，是怎么回事啊

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-25 23:28:30

XYZchemistry 发表于 2024-10-25 15:50
老师您好，我在绘制静电势着色的分子间范德华表面穿透图时，使用的是您压缩包中的1.fch和2.fch，我跑完了ES ...

仔细看帖子末尾的红字

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