使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频）

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-28 09:40:54

KCM@SHU 发表于 2022-9-27 21:41
老师我想问一下我算钾离子与六个水配位的静电势的时候，直接算出来的静电势颜色是像下面图一一样都是红色的 ...

1 对于净电荷不为0的体系必须自行设置色彩刻度范围，下文明确说了
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

2 如果你想考察钾离子的水合簇的整体的静电势，就对簇整体绘制表面静电势；如果你想展现水分子和钾离子的作用，就K+和水分别绘制静电势并得到叠加图

KCM@SHU · 发表于 Post on 2022-10-7 22:25:45

老师我想问一下我画出来的图形边缘总感觉看起来很难看的样子，感觉有点像有毛刺的样子，请问这个是应该调哪里的参数呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-8 17:17:41

KCM@SHU 发表于 2022-10-7 22:25
老师我想问一下我画出来的图形边缘总感觉看起来很难看的样子，感觉有点像有毛刺的样子，请问这个是应该调哪 ...

tachyon渲染一下，或者令VMD开启抗锯齿，参考下文
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291（http://bbs.keinsci.com/thread-1206-1-1.html）

一条君 · 发表于 Post on 2023-2-8 23:47:32

老师，假如有两组，单个A分子与AB团簇，文中提到“绘制这种图实际上就是把每个单体的静电势着色的分子表面图显示到一起”，请问（1）算完单点后的团簇A与单个A分子的静电势是不同的吧？（2）拿这两种A分子对比是否就可以得到B对A静电势的影响了，做法就参考49楼对吗（只是想批量计算4个分子各自的静电势等值图，利用iso2命令分别得到，只需要把其它分子的display取消掉就好），谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-9 02:39:29

一条君发表于 2023-2-8 23:47
老师，假如有两组，单个A分子与AB团簇，文中提到“绘制这种图实际上就是把每个单体的静电势着色的分子表面 ...

算AB团簇体系没法直接得到A的静电势。顶多是先优化团簇，在背景电荷表现B的静电作用的条件下计算A单体在复合物结构下的表面静电势

一条君 · 发表于 Post on 2023-2-10 22:40:08

本帖最后由一条君于 2023-2-10 22:46 编辑

sobereva 发表于 2023-2-9 02:39
算AB团簇体系没法直接得到A的静电势。顶多是先优化团簇，在背景电荷表现B的静电作用的条件下计算A单体在 ...

老师，请问想研究锂离子对周围1或4个中性水分子静电势的影响，（1）可以“先优化团簇，在背景电荷表现中心离子的静电作用的条件下，计算水在复合物结构下的表面静电势”吗.（2）若可以，锂离子的背景电荷值就是+1吗，末尾备注自行写上锂离子坐标和电荷值吗http://bbs.keinsci.com/thread-20960-1-1.html，谢谢~

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-10 23:45:34

一条君发表于 2023-2-10 22:40
老师，请问想研究锂离子对周围1或4个中性水分子静电势的影响，（1）可以“先优化团簇，在背景电荷表现中 ...

没有什么意义。Li+带正电，周围如果只有中性分子的话，Li+会使得周围区域静电势都为正。如果你只把Li+作为背景电荷，去计算水的静电势，得到的跟现实中完全不一致。
要考虑清楚计算什么区域的静电势，哪些因素会对静电势产生影响、静电势都由什么所贡献。

ddddnight · 发表于 Post on 2023-2-24 11:20:40

老师您好，我按照您的方法做了，每次输入pt，ext，iso都没有问题，就是输入后面调整的代码之后就无响应，请问是怎么回事呀

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-25 03:41:08

ddddnight 发表于 2023-2-24 11:20
老师您好，我按照您的方法做了，每次输入pt，ext，iso都没有问题，就是输入后面调整的代码之后就无响应，请 ...

文本窗口里按回车

ddddnight · 发表于 Post on 2023-2-25 12:18:32

sobereva 发表于 2023-2-25 03:41
文本窗口里按回车

好的，谢谢老师！

THU_GQ · 发表于 Post on 2023-2-25 16:21:55

请问sob老师，我在打开ESPpt.bat文件的时候报错Unable to find the input file you specified in argument。但是用examples里面给的文件就可以，尝试了重新用formchk程序输出fch文件，还是一样的问题，请问这种情况该怎么解决呀，十分感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-26 03:13:06

THU_GQ 发表于 2023-2-25 16:21
请问sob老师，我在打开ESPpt.bat文件的时候报错Unable to find the input file you specified in argument ...

进入命令行再运行bat文件仔细看屏幕上的提示
如果缺乏计算机常识，bat里被处理的文件如果不在当前目录下就写成绝对路径，里面别有空格

一条君 · 发表于 Post on 2023-7-17 03:18:01

本帖最后由一条君于 2023-7-17 23:05 编辑

老师，请问（1）能否通过对比阳离子-水络合物与水分子的静电势着色图的差别来说明水的氢原子处的电子云密度变化。（感觉不能但不知道如何解释）
（2）离子络合物能否通过什么手段使络合物中水能与单独水分子的静电势对比来说明水的氢原子处的电子云密度变化，谢谢老师

——分割线——
每个点的ESP值都由整个空间的电子密度产生的负贡献以及所有原子核产生的正贡献得到，所以和电子密度的含义完全不同。范德华表面上ESP体现的是分子表面不同区域电子电荷和原子核电荷产生的总效果。参考分子表面静电势和电子密度之间的关系？ - 波函数分析与Multiwfn (Wavefunction Analysis & Multiwfn) - 计算化学公社 (keinsci.com)

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-17 07:10:55

一条君发表于 2023-7-17 03:18
老师，请问（1）能否通过对比阳离子-水络合物与水分子的静电势着色图的差别来说明水的氢原子处的电子 ...

不能
阳离子体系表面静电势处处为正，光是这点就难以和单独的水相比
用Multiwfn画密度差图多好
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-29 21:14:20

给本文第5节添加了使用彩虹色着色的说明

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