使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频）

captain · 发表于 Post on 2023-8-17 12:35:38

请问大神，您在7 关于色彩刻度范围第（2）条中提到“当然并不需要非得上下限对称，只不过不对称的时候需要自己确保色彩变化的中间颜色正好对应静电势零点，可以通过Graphics - Colors - Color Scale里的Midpoint进行调节。”对于这句话，有几个问题不太明白。
1、上下限不对称时必须确保色彩变化的中间颜色正好对应静电势零点吗？感觉中间颜色不是静电势零点也不影响判断吧？
2、您给的阳离子体系的例子，色彩刻度范围是从0.03-0.19，中间颜色对应的静电势应该是大于零吧？那怎么设置中间颜色正好对应静电势零点呢？
3、比如我的体系色彩刻度范围是从-0.03-0.42，Midpoint设为0.03/0.45=0.07,这样算是中间颜色正好对应静电势零点吗？
感谢大神指点！

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-18 06:31:14

captain 发表于 2023-8-17 12:35
请问大神，您在7 关于色彩刻度范围第（2）条中提到“当然并不需要非得上下限对称，只不过不对称的时候需要 ...

1 最好确保。比如用蓝-白-红着色，如果不保证这一点，数值为0的地方可能也会是偏红或者偏蓝，不仅不容易讨论，还可能导致误会

2 上下限全都为正或者全都为负那自然就没法要求这一点了

3 这种情况正值范围远大于负值范围，就没必要强求调节midpoint了，否则颜色变化不足以充分表现正值部分的差异

captain · 发表于 Post on 2023-8-18 07:08:35

sobereva 发表于 2023-8-18 06:31
1 最好确保。比如用蓝-白-红着色，如果不保证这一点，数值为0的地方可能也会是偏红或者偏蓝，不仅不容易 ...

好的，明白了，谢谢大神！

qingsong · 发表于 Post on 2023-9-7 21:58:13

请教一个问题，使用RESP.sh计算RESP电荷时获得fchk文件是不是可以直接用来绘制静电势？

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-7 23:33:42

qingsong 发表于 2023-9-7 21:58
请教一个问题，使用RESP.sh计算RESP电荷时获得fchk文件是不是可以直接用来绘制静电势？

可以

bgs · 发表于 Post on 2023-9-13 11:12:33

老师您好！我是刚开始分子计算的新手。关于第四节：两分子的静电势穿透图中对复合物进行优化。请问这个优化是在高斯软件内同时画出两分子直接优化吗？我尝试过1.分别画出分子进行绘制但是会出现分子重叠 2.采用nosymm关键词后，两分子不重叠保持了原有坐标但并未出现电势穿透图的效果。仔细阅读后感觉是未对复合物优化，但不太清楚这个优化方式。还烦请老师能帮忙指点一下，万分感谢！

一个梨 · 发表于 Post on 2024-4-8 15:13:37

本帖最后由一个梨于 2024-4-8 15:15 编辑

老师我按照文献低共熔溶剂做提取,他的三个分子是分开的,但是我的溶剂分子结构与提取物是重合在一起的,三个结构是需要形成3个1,2,3.fin,然后再去做穿透图吗.我做的是溶剂形成1.fin,提取物形成2.fin做的穿透图,提取物与溶剂重叠

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-9 10:20:54

一个梨发表于 2024-4-8 15:13
老师我按照文献低共熔溶剂做提取,他的三个分子是分开的,但是我的溶剂分子结构与提取物是重合在一起的,三个 ...

量化计算的输入文件里坐标就是重叠的，或者你用了Gaussian但没用nosymm所致

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-9 10:21:26

bgs 发表于 2023-9-13 11:12
老师您好！我是刚开始分子计算的新手。关于第四节：两分子的静电势穿透图中对复合物进行优化。请问这个优化 ...

显然得对复合物进行优化
分清楚Gaussian和GaussView

daanyueluo · 发表于 Post on 2024-5-9 16:55:38

sob老师，我这个静电势图画了两天了，总有这个问题，在VMD软件输入iso这一步，然后就生成灰白色的图，已经尝试安装多次vmd1.9.3了，还是不管用。烦请sob老师和其他老师解答，感激不尽。

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-10 07:54:58

daanyueluo 发表于 2024-5-9 16:55
sob老师，我这个静电势图画了两天了，总有这个问题，在VMD软件输入iso这一步，然后就生成灰白色的图，已经 ...

先打开GLSL再说
如果装的是CUDA版的，改成普通版

hiyoliknight · 发表于 Post on 2024-6-24 09:42:06

请问老师,按照文章方法在运行iso.bat计算结束后，只出现了ESP文件，没有density文件，无法运行iso命令得到第二种静电势图是怎么回事？原子量比较大600个，是按照以前的博文，用xtb导出的molden.input文件，把它用multiwfn转成了fch文件计算的。pt命令能正常算出，得到第一种静电势图。感谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-25 02:03:36

hiyoliknight 发表于 2024-6-24 09:42
请问老师,按照文章方法在运行iso.bat计算结束后，只出现了ESP文件，没有density文件，无法运行iso命令得到 ...

仔细看下文搞清楚批处理脚本运行机理
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

自己在Multiwfn里输入批处理文件传给Multiwfn的所有命令，看屏幕提示弄清楚
不调用cubegen的情况下根本没必要转成fch，本来当前目的也没必要调用cubegen

hiyoliknight · 发表于 Post on 2024-6-25 11:01:31

sobereva 发表于 2024-6-25 02:03
仔细看下文搞清楚批处理脚本运行机理
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva. ...

感谢老师，已经知道问题了，重试后做出来了

一条君 · 发表于 Post on 2024-6-28 21:17:52

sobereva 发表于 2019-3-28 02:57
建议如此

老师，继续#14楼的问题【请问下sob老师，如果是计算有机分子在水溶液中的静电势，在计算的时候是不是要选择范德华等值面为0.002a.u.?】，请问在有机溶剂中的静电势，范德华表面也选0.002a.u.吗？还是一定介电常数以上的选0.002，一定介电常数以下的还是0.001呢，谢谢~

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