使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频）

songyidan · 发表于 Post on 2021-1-5 13:56:34

老师，文件已经压缩上传，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-5 14:46:04

songyidan 发表于 2021-1-5 13:56
老师，文件已经压缩上传，谢谢老师

我用VMD 1.9.3 Windows 32bit能正常载入你的文件。如果你用的其它版本，换成这个版本再试

songyidan · 发表于 Post on 2021-1-6 00:39:48

感谢老师，我重新下载VMD试一下

goodreason · 发表于 Post on 2021-1-16 10:46:41

好帖，谢谢

chenlch · 发表于 Post on 2021-2-24 21:55:55

谢谢卢老师分享如此nice的技能，按照此链接和视频中的步骤进行实例甲酰胺（1.fch）的ESPpt.bat计算，但打开VMD输入pt后仍会显示
“ERROR) Could not read file mol1.pdb……”对比帖子中的回复，发现我的Multiwfn运行文件中少了mol1.pdb文件，多了一个nouseout文件。
不知问题出在哪里，江湖救急求助~~C:\Users\chenlch\Desktop\图片1.png

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-26 14:55:01

chenlch 发表于 2021-2-24 21:55
谢谢卢老师分享如此nice的技能，按照此链接和视频中的步骤进行实例甲酰胺（1.fch）的ESPpt.bat计算，但打开 ...

应该是调用cubegen算静电势那一步没成功，没更多信息我没法判断原因
先把文中的例子重复一遍，如果例子能跑，但你的文件不行，把你的文件压缩后上传（压缩后超过5MB的话传网盘）。如果连例子都跑不了，可能你机子里的Gaussian有毛病

ddddnight · 发表于 Post on 2021-5-20 16:23:50

老师，我在严格按照您视频里面做的时候，输入pt可以绘制出图来，但是，第二步，在运行了ESP.iso之后，重新打开VMD输入iso，之后出现
vmd > iso
ERROR) Could not read file density1.cub
Unable to load file 'density1.cub' using file type 'cube'.这是什么错误呀

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-20 16:52:46

ddddnight 发表于 2021-5-20 16:23
老师，我在严格按照您视频里面做的时候，输入pt可以绘制出图来，但是，第二步，在运行了ESP.iso之后，重新 ...

如果用的不是VMD 1.9.3，用1.9.3
并且检查cub文件，看看尺寸是否正常。也可以把cub载入Multiwfn，进入主功能0看看能否显示等值面以判断cub文件有无问题

ddddnight · 发表于 Post on 2021-5-20 17:09:10

sobereva 发表于 2021-5-20 16:52
如果用的不是VMD 1.9.3，用1.9.3
并且检查cub文件，看看尺寸是否正常。也可以把cub载入Multiwfn，进入主 ...

老师我是用的1.9.3，如何看cub尺寸是否正常呀，我把它载入multiwfn之后是如图所示：我用文本打开cub文件，前面的部分文字如下
Generated by Multiwfn
Totally 131838 grid points
21 -14.585288 -8.451087 -8.347384
73 0.403994 0.000000 0.000000
43 0.000000 0.403994 0.000000
42 0.000000 0.000000 0.403994
6 6.000000 -6.975195 -0.481161 0.017760
1 1.000000 -7.064718 -2.174587 -1.160921
1 1.000000 -8.585288 0.706673 -0.478096
1 1.000000 -7.199749 -1.068744 1.987206
6 6.000000 -4.485819 0.922272 -0.373119
1 1.000000 -4.315304 1.554041 -2.331261
1 1.000000 -4.409139 2.612659 0.813597
6 6.000000 -2.230818 -0.735008 0.242791
1 1.000000 -2.216247 -2.405859 -0.994643
1 1.000000 -2.348267 -1.418764 2.208532
6 6.000000 2.208966 -0.780695 0.235725
1 1.000000 2.156158 -2.451087 -1.001332
1 1.000000 2.318843 -1.466314 2.201252
6 6.000000 4.495625 0.829729 -0.388170
1 1.000000 4.454325 2.523820 0.794969
1 1.000000 4.334128 1.460593 -2.347384
6 6.000000 6.957457 -0.621699 0.001087
1 1.000000 7.012406 -2.318670 -1.174644
1 1.000000 8.589569 0.533725 -0.499552
1 1.000000 7.173809 -1.210068 1.971210
8 8.000000 0.003227 0.670011 -0.097246

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-20 20:25:00

ddddnight 发表于 2021-5-20 17:09
老师我是用的1.9.3，如何看cub尺寸是否正常呀，我把它载入multiwfn之后是如图所示：我用文本打开cub文件 ...

cub没问题

ddddnight · 发表于 Post on 2021-5-20 21:21:02

sobereva 发表于 2021-5-20 20:25
cub没问题

老师，那是咋回事，是不是我用的软件是32位的问题，或者我下的软件出的问题，下面两个软件应该用哪个

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-20 21:56:40

ddddnight 发表于 2021-5-20 21:21
老师，那是咋回事，是不是我用的软件是32位的问题，或者我下的软件出的问题，下面两个软件应该用哪个

跟位数无关
第二个

ddddnight · 发表于 Post on 2021-5-20 21:57:30

sobereva 发表于 2021-5-20 20:25
cub没问题

老师，我换了一个版本的VMD，还是不行，还是那个错误

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-20 22:13:46

ddddnight 发表于 2021-5-20 21:57
老师，我换了一个版本的VMD，还是不行，还是那个错误

手动把cub文件拖到VMD main里看能否载入

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-20 23:24:06

ddddnight 发表于 2021-5-20 23:20
老师，可以拖进去，但是拖进去是球棍模型，如下图所示：如果先输入pt之后，再把density1拖进去，图片只是 ...

默认是line方式显示
你得自己把显示方式设成isosurface之类的才能图形化显示出格点数据特征

仔细看清楚到底density1.cub是否在VMD目录下（VMD启动后文本窗口里输入pwd看到的目录）

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Multiwfn资源与经验] 使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频）