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楼主 Author: sobereva
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[GROMACS] GROMACS的安装方法(含全程视频演示)

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发表于 Post on 2019-1-23 12:42:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lao7 于 2019-1-23 13:16 编辑

这个,如果不安装openmpi并行软件,这个gromacs软件仅仅一个CPU核心运行吗?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-23 17:18:59 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2019-1-23 12:42
这个,如果不安装openmpi并行软件,这个gromacs软件仅仅一个CPU核心运行吗?谢谢!

默认用所有核并行,跨节点才需要openmpi,文中写明了
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发表于 Post on 2019-1-23 22:45:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-23 17:18
默认用所有核并行,跨节点才需要openmpi,文中写明了

谢谢SOB。跨接点,指的是不同的计算机联网并行计算的意思吧?不明白计算机。我按照您的指导,安装了openmpi的那个安装方法。单台多核心计算机(2颗CPU),应该不会影响并行计算吧?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-23 23:16:08 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2019-1-23 22:45
谢谢SOB。跨接点,指的是不同的计算机联网并行计算的意思吧?不明白计算机。我按照您的指导,安装了openm ...

单机并行不需要openmpi
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发表于 Post on 2019-1-23 23:24:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-23 23:16
单机并行不需要openmpi

谢谢!那我重新安装一下。

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发表于 Post on 2019-1-30 20:29:10 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师

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发表于 Post on 2019-3-8 10:10:22 | 只看该作者 Only view this author
xaomidaxue 发表于 2019-1-20 17:46
严格按照帖子来操作,还是提示上述错误,说Gromacs需要4.8.1以上的gcc版本,但是我的都是6.0.1的版本了, ...

你的问题解决了吗?我也是类似的情况,在CentOS 6的机子上安装,报错提示我的gcc是4.4.1的,版本不够,可我用命令gcc -v看到我的版本分明是4.8.5。后来在搜索引擎上搜了下相关报错提示,看到
export CC=/usr/local/bin/gcc
export CXX=/usr/local/bin/g++
之后可以解决。
我在export CMAKE_PREFIX_PATH=/sob/fftw338后又敲了以上两行命令,果然可以正常编译了,也许能解决你的问题

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发表于 Post on 2019-3-13 14:22:14 | 只看该作者 Only view this author
按照视频装FFTW之后没有出现新的fftw338文件夹,也没见报错。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-13 14:52:26 | 只看该作者 Only view this author
pangnier 发表于 2019-3-13 14:22
按照视频装FFTW之后没有出现新的fftw338文件夹,也没见报错。

说明没有完全严格按照视频的步骤操作,或者软件环境和视频不符,需要根据提示随机应变
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发表于 Post on 2019-3-14 21:33:52 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问在VMWARE 15中也能稳定运行gromacs 跑几十纳秒的模拟吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-15 06:42:28 | 只看该作者 Only view this author
justin1140 发表于 2019-3-14 21:33
老师,请问在VMWARE 15中也能稳定运行gromacs 跑几十纳秒的模拟吗

当然可以
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发表于 Post on 2019-3-18 21:29:28 | 只看该作者 Only view this author
老师,严格按照您的步骤做的 还是没有出现fftw338文件夹  怀疑是不是和sober文件夹有关  老师您的soberr文件夹的路径是什么  

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-18 23:52:33 | 只看该作者 Only view this author
justin1140 发表于 2019-3-18 21:29
老师,严格按照您的步骤做的 还是没有出现fftw338文件夹  怀疑是不是和sober文件夹有关  老师您的soberr文 ...

没有叫soberr的文件夹
完整流程都体现在视频里了,照着视频操作解决不了的我也没法解答了
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发表于 Post on 2019-3-22 21:33:21 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 胡说 于 2019-3-23 15:42 编辑

老师 你好请教个问题。
对于GPU加速的gmx,请问一般选择多少CPU核心数合适?发现CPU给多了,有时速度反而会下降。而且合适的CPU核心数与体系也有关系。

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发表于 Post on 2019-4-4 18:21:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 cep 于 2019-4-4 18:23 编辑

C:\Users\Administrator.USER-20180630PR\Desktopsob老师,安装gromacs中make3 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gmx2018.4这步一直出错,还望老师指点下,不胜感激

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