GROMACS的安装方法（含全程视频演示）

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-5-6 02:41:53

pcxlm1 发表于 2021-5-5 23:43
老师您好，我按照您说的加了两行代码，还是出现与xaomidaxue网友同样的错误，显示CMake Error at cmake/g ...

如果你的gcc是自己编译的，看下安装的位置，自己export一下你的6.4版本gcc的位置

h840473807 · 发表于 Post on 2021-5-6 08:45:51

pcxlm1 发表于 2021-5-5 23:43
老师您好，我按照您说的加了两行代码，还是出现与xaomidaxue网友同样的错误，显示CMake Error at cmake/g ...

从报错信息上看，还是gcc版本不够
你要先找到你最新版gcc和g++的位置，然后再声明，你的目录可能不是以下这个
export CC=/usr/local/bin/gcc
export CXX=/usr/local/bin/g++

jiajh · 发表于 Post on 2021-6-4 20:52:39

sobereva 发表于 2019-1-3 06:52
刚测试了下，gmx2019按照此文方法编译也完全适用

gmx2020版也适用，亲测

HZW · 发表于 Post on 2021-7-12 22:17:52

老师我编译GPU版的，结果找不到CUDA，
CUDA11.0和驱动都装好了。

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-13 14:22:16

HZW 发表于 2021-7-12 22:17
老师我编译GPU版的，结果找不到CUDA，
CUDA11.0和驱动都装好了。

要GPU加速就用尽量新的gromacs版本

HZW · 发表于 Post on 2021-7-13 17:08:55

sobereva 发表于 2021-7-13 14:22
要GPU加速就用尽量新的gromacs版本

已解决，用软连接又装了一个CUDA

xjw · 发表于 Post on 2021-8-28 15:28:52

请问老师，为啥我的会显示这种错误啊，安装的是2021

二两米饭 · 发表于 Post on 2021-11-25 10:17:25

大神，cmake3 编译GROMACS报错，如图所示，但是camke3确实是已经装好了啊。求助。。。

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-26 10:57:32

二两米饭发表于 2021-11-25 10:17
大神，cmake3 编译GROMACS报错，如图所示，但是camke3确实是已经装好了啊。求助。。。

看提示理解
当前说的是编译器的事，没说cmake3有问题
检查gcc装好没有

16aDream · 发表于 Post on 2021-11-27 11:27:19

测试了下，gpu版本的gromacs想不用gpu加速只要在mdrun加上-nb cpu就行，不用重新在不同路径放一个纯cpu版本。
multisimulation和副本交换之类的必须要用gmx_mpi, 所以有相关需求的话单机还是得装mpi版本

二两米饭 · 发表于 Post on 2021-11-29 16:12:07

sobereva 发表于 2021-11-26 10:57
看提示理解
当前说的是编译器的事，没说cmake3有问题
检查gcc装好没有

问题已经解决，首先升级gcc到7.3.1，方法如下：

yum -y install centos-release-scl
yum -y install devtoolset-7-gcc devtoolset-7-gcc-c++ devtoolset-7-binutils
scl enable devtoolset-7 bash
需要注意的是scl命令启用只是临时的，退出shell或重启就会恢复原系统gcc版本。
如果要长期使用gcc 7.3的话：

echo "source /opt/rh/devtoolset-7/enable" >>/etc/profile

然后执行
mkdir build
cd build
export CMAKE_PREFIX_PATH=/sob/fftw338
cmake3 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gmx2018.8
make
make install

chenbq18 · 发表于 Post on 2021-12-1 10:31:32

安装gromacs过程中，cmake， make install过程都必须要用到root权限吗

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-2 05:32:27

chenbq18 发表于 2021-12-1 10:31
安装gromacs过程中，cmake， make install过程都必须要用到root权限吗

不用

Rosefinch · 发表于 Post on 2021-12-19 23:38:00

老师您好，我编译2019.6版本遇到问题如下，参考之前一个人的类似问题，我重新安装了cmake并且加了-DGMX_SIMD=AVX2_256这行代码，但依旧出现了这个报错，求解答。

Rosefinch · 发表于 Post on 2021-12-20 16:06:17

Rosefinch 发表于 2021-12-19 23:38
老师您好，我编译2019.6版本遇到问题如下，参考之前一个人的类似问题，我重新安装了cmake并且加了-DGMX_SIM ...

对不起，看错了，应该在编译gmx那一步的cmake那里加这行代码，已经安好了

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