GROMACS的安装方法（含全程视频演示）

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-5 05:31:18

cep 发表于 2019-4-4 18:21
sob老师，安装gromacs中make3 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gmx2018.4这步一直出错，还望老师指点下，不 ...

这一步之前没定义环境变量指定找fftw库的位置，严格照着帖子或视频里的操作就不会有这个问题

rtransformation · 发表于 Post on 2019-5-28 17:51:47

sob老师，我现在在用Manjaro，编译Gromacs的时候，一到百分之四五十的时候就卡死，就是硬盘灯一直亮着，然后电脑就卡着动不了了。
然后用aur的库，yay自动安装就没有问题，这是咋回事呢，yay里面默认的安装方式和您贴子里的会有啥差别？

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-29 05:50:49

rtransformation 发表于 2019-5-28 17:51
sob老师，我现在在用Manjaro，编译Gromacs的时候，一到百分之四五十的时候就卡死，就是硬盘灯一直亮着，然 ...

如果用了-j就去掉，如果本来就没用-j，那我不清楚，这系统我没用过

Marisa · 发表于 Post on 2019-7-23 17:32:39

谢谢sob老师，安装成功

liuyjhx · 发表于 Post on 2019-9-28 08:59:02

老师请问我安装中出现下面问题应该怎么解决？
[root@localhost build]# cmake3 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/lxj/gmx2019.3
-- Checking for module 'fftw3f'
-- No package 'fftw3f' found
-- pkg-config could not detect fftw3f, trying generic detection
Could not find fftw3f library named libfftw3f, please specify its location in CMAKE_PREFIX_PATH or FFTWF_LIBRARY by hand (e.g. -DFFTWF_LIBRARY='/path/to/libfftw3f.so')
CMake Error at cmake/gmxManageFFTLibraries.cmake:89 (MESSAGE):
  Cannot find FFTW 3 (with correct precision - libfftw3f for mixed-precision
  GROMACS or libfftw3 for double-precision GROMACS).  Either choose the right
  precision, choose another FFT(W) library (-DGMX_FFT_LIBRARY), enable the
  advanced option to let GROMACS build FFTW 3 for you
  (-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON), or use the really slow GROMACS built-in fftpack
  library (-DGMX_FFT_LIBRARY=fftpack).
Call Stack (most recent call first):
  CMakeLists.txt:743 (include)

-- Configuring incomplete, errors occurred!

liuyjhx · 发表于 Post on 2019-9-28 09:21:56

liuyjhx 发表于 2019-9-28 08:59
老师请问我安装中出现下面问题应该怎么解决？
[root@localhost build]# cmake3 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX ...

问题找到了，谢谢老师

猴子好坏 · 发表于 Post on 2019-11-3 17:28:03

想问一下sob老师
输入指令不出现fftw338文件夹同时试了一下另一个方法也不行该怎么解决呀

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-4 09:48:07

猴子好坏发表于 2019-11-3 17:28
想问一下sob老师
输入指令不出现fftw338文件夹同时试了一下另一个方法也不行该怎么解决呀

看不懂你的意思
这都是linux的基础问题，熟悉linux自然根据实际情况就知道怎么回事

libido001 · 发表于 Post on 2019-11-13 10:29:24

初来乍到，学习一下。

exity · 发表于 Post on 2019-11-15 15:42:02

社长，突然发现用阿里的epel源镜像，能直接 yum install gromacs，请问直接yum的gmx能用吗？我安装了试验了一下是 2018.8的版本，由于我刚刚接触MD，所以还看不出是否有其他的缺陷。俺的问题是：直接yum的gmx能用吗？您可以不可以帮忙看一下。

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-16 12:59:02

exity 发表于 2019-11-15 15:42
社长，突然发现用阿里的epel源镜像，能直接 yum install gromacs，请问直接yum的gmx能用吗？我安装了试验了 ...

不建议用

chengdi123000 · 发表于 Post on 2019-11-21 20:31:24

SOB大神，现在MKL似乎可以随便用了，在CentOS下安装也比较简单。
参考： https://software.intel.com/en-us/articles/installing-intel-free-libs-and-python-yum-repo

sudo yum-config-manager --add-repo https://yum.repos.intel.com/setup/intelproducts.repo
sudo rpm --import https://yum.repos.intel.com/intel-gpg-keys/GPG-PUB-KEY-INTEL-SW-PRODUCTS-2019.PUB
sudo yum search intel-mkl -y
sudo yum install -y intel-mkl-2019.5-075.x86_64

复制代码

steve · 发表于 Post on 2019-11-30 10:05:29

学习一下，赞

lao7 · 发表于 Post on 2019-12-2 13:36:42

我的CPU E5 2680 v3，编译-DGMX_SIMD=AVX2_256出错，是不是不支持AVX2_256？但运行gromacs时，出现SIMD提示：None, but for this host/run AVX_256 might be better. 咋回事呢？理论上如果程序检测不到CPU支持AVX2_256，应该不会出现这种提示。

我查了一下，好像是AVX2_64,，我编译时启用了-DGMX_SIMD=AVX2，理论上应该编译了AVX2_64，但不确定，哪里能查到编译AVX2_64成功与否？

lao7 · 发表于 Post on 2019-12-2 13:37:59

xaomidaxue 发表于 2019-1-20 15:36
安装提示升级gcc，升级了一个多小时https://www.cnblogs.com/lzpong/p/5755678.html，升级后显示gcc 6 ...

还需要升级gcc-c++吧，你这个？

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