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楼主 Author: sobereva
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[GROMACS] GROMACS的安装方法(含全程视频演示)

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发表于 Post on 2019-12-3 15:31:14 | 只看该作者 Only view this author
赞。。完美!!!

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发表于 Post on 2019-12-21 22:59:02 | 只看该作者 Only view this author
老师你好,我在编译openmpi的时候,在make install这一步总是出现下面这行
warning: setlocale: LC_CTYPE: cannot change locale (UTF-8): No such file or directory
一直编译不成功,不知道什么原因

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-22 00:38:05 | 只看该作者 Only view this author
oywdz 发表于 2019-12-21 22:59
老师你好,我在编译openmpi的时候,在make install这一步总是出现下面这行
warning: setlocale: LC_CTYPE: ...

跟软件环境有关
CentOS下从没见过。如果是其它系统建议改用CentOS。或者google搜弄清楚怎么回事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-6 17:53:49 | 只看该作者 Only view this author
更新:gromacs 2020开始要求gcc版本>=5,导致CentOS 7.x无法直接安装,这点在本文进行了提及。
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发表于 Post on 2020-9-13 07:37:42 | 只看该作者 Only view this author
pangnier 发表于 2019-3-13 14:22
按照视频装FFTW之后没有出现新的fftw338文件夹,也没见报错。

您好,我也遇到同样的问题,请问您是怎么解决的?

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发表于 Post on 2020-9-13 07:50:13 | 只看该作者 Only view this author
猴子好坏 发表于 2019-11-3 17:28
想问一下sob老师
输入指令不出现fftw338文件夹同时试了一下另一个方法也不行该怎么解决呀

您好,我也遇到同样的问题,请问您是怎么解决的?

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发表于 Post on 2020-9-24 10:28:45 | 只看该作者 Only view this author
sob老师你好,我在装Gromacs时遇到了一个问题,在论坛上也没有搜到类似的提问。所以来请教您。我在CentOS 7.6版本装Cmake3.18, 我重新设了链接到usr/bin/cmake, 改了bashrc文件,查版本号也能查到。但是装Gromacs的时候,运行cmake..一直提示说找不到command。。这个怎么解决?新手被这个弄傻了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-24 12:00:51 | 只看该作者 Only view this author
Seeyoukid 发表于 2020-9-24 10:28
sob老师你好,我在装Gromacs时遇到了一个问题,在论坛上也没有搜到类似的提问。所以来请教您。我在CentOS 7 ...

本身的命令是cmake3。如果cmake3能运行,说明符号链接没创建正确
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发表于 Post on 2020-9-24 12:40:12 | 只看该作者 Only view this author
Seeyoukid 发表于 2020-9-24 10:28
sob老师你好,我在装Gromacs时遇到了一个问题,在论坛上也没有搜到类似的提问。所以来请教您。我在CentOS 7 ...

是你忘打空格了还是你打的命令就是cmake..。命令是cmake空格..

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发表于 Post on 2020-9-24 15:36:13 | 只看该作者 Only view this author
我打的是cmake.. 右下角两个点吗

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发表于 Post on 2020-9-24 15:50:11 | 只看该作者 Only view this author
谢谢了 在cmake先加个空格就可以了

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发表于 Post on 2020-9-24 19:07:24 | 只看该作者 Only view this author
装Gromacs的时候提示说Doxygen没装。于是我在Doxygen上下载了新版本,装的时候运行cmake .. -G"Unix Makefiles" 提示说这个不在CMake的lists上。请问这个应该怎么办?

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发表于 Post on 2020-9-26 12:48:42 | 只看该作者 Only view this author
请问一下,regressiontest怎么安装?我手动下载好了执行什么命令装上去?按照视频里面的指令执行 它总是不成功,自动下载到100%然后说connection dead。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-26 19:14:03 | 只看该作者 Only view this author
Seeyoukid 发表于 2020-9-26 12:48
请问一下,regressiontest怎么安装?我手动下载好了执行什么命令装上去?按照视频里面的指令执行 它总是不 ...

自行去gmx网站上下载并使用
一般完全没必要用那个做测试
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发表于 Post on 2020-9-26 20:06:16 | 只看该作者 Only view this author
我在CentOS7上用的cmake3 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gmx2018.4, 然后会自动下载。关键是自动下载后时间巨长,然后会提示说connection dead。我按照官网的指令想手动下载或者把这个自动下载给关掉,这个指令怎么写?

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