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楼主 Author: sobereva
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[GROMACS] GROMACS的安装方法(含全程视频演示)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-28 12:28:43 | 只看该作者 Only view this author
Seeyoukid 发表于 2020-9-26 20:06
我在CentOS7上用的cmake3 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gmx2018.4, 然后会自动下载。关键是自动下载后 ...

我印象中,如果按照帖子里严格操作,是肯定不会自动下载regressiontest包的。没网的环境下也可以直接离线编译
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2020-9-29 18:26:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-28 12:28
我印象中,如果按照帖子里严格操作,是肯定不会自动下载regressiontest包的。没网的环境下也可以直接离线 ...

好 那我把网断了试试

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发表于 Post on 2020-10-8 09:49:24 | 只看该作者 Only view this author
Sob, 装到15%左右的时候提示说internal c compiler killed. 这个怎么办?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-10 00:43:56 | 只看该作者 Only view this author
Seeyoukid 发表于 2020-10-8 09:49
Sob, 装到15%左右的时候提示说internal c compiler killed. 这个怎么办?

原因不好说。重新试一遍
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发表于 Post on 2020-10-12 16:18:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-10 00:43
原因不好说。重新试一遍

WARNING: Using the slow plain C kernels. This should
not happen during routine usage on supported platforms.

装Lysozome in water的时候 模拟nvt 卡住了,这个怎么弄?

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发表于 Post on 2020-10-15 10:42:56 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 laide 于 2020-10-15 11:36 编辑

老师你好,我在最后编译gromacs时报错了。在编译到4%时报了 Fatal error:can't create CMakeFiles,该咋办啊?

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发表于 Post on 2020-10-16 15:09:19 | 只看该作者 Only view this author
这个要顶,学习了!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-17 14:22:34 | 只看该作者 Only view this author
laide 发表于 2020-10-15 10:42
老师你好,我在最后编译gromacs时报错了。在编译到4%时报了 Fatal error:can't create CMakeFiles,该咋办啊 ...

删了当前目录,重新编译再试
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发表于 Post on 2020-10-17 16:17:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-17 14:22
删了当前目录,重新编译再试

感谢大佬,终于安装好了

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发表于 Post on 2020-10-18 18:48:33 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,我按照文中方法,在安装CUDA版本的gromacs 2018时在cmake3一步提示nvcc fatal : Unsupported gpu architecture 'compute_30',请问如何解决?操作系统是CentOS 7,使用的是2060 6G的GPU,CUDA是按照NVDIA官网上写的rpm(network) yum方式安装的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-19 04:01:08 | 只看该作者 Only view this author
Accelerator 发表于 2020-10-18 18:48
sob老师好,我按照文中方法,在安装CUDA版本的gromacs 2018时在cmake3一步提示nvcc fatal : Unsupported gp ...

一般都是CUDA toolkit和GPU驱动的版本兼容性所致,注意看官方页面介绍里当前CUDA toolkit兼容什么GPU驱动版本
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发表于 Post on 2020-10-28 12:35:40 | 只看该作者 Only view this author
Ubuntu安装gromacs:
进终端,sudo apt install gromacs
然后就完事了……默认fftw库

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-29 12:55:44 | 只看该作者 Only view this author
cheviax 发表于 2020-10-28 12:35
Ubuntu安装gromacs:
进终端,sudo apt install gromacs
然后就完事了……默认fftw库

这种方式装预编译的GROMACS没有充分利用本机CPU的最佳的SIMD
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发表于 Post on 2020-10-31 15:19:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-29 12:55
这种方式装预编译的GROMACS没有充分利用本机CPU的最佳的SIMD

确实,而且版本也比较老

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发表于 Post on 2020-12-6 11:13:22 | 只看该作者 Only view this author
justin1140 发表于 2019-3-18 21:29
老师,严格按照您的步骤做的 还是没有出现fftw338文件夹  怀疑是不是和sober文件夹有关  老师您的soberr文 ...

请问这个问题后面解决了吗

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