使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量

lei234 · 发表于 Post on 2021-7-7 20:54:33

我是从fchk转化到wfn，现在有了N.N+1,N-1三个的wfn文件，并放在了一个文件夹中，请问怎么开始计算？您文中说的从当前模块选2 calculate various quantitative indices在哪？求指点，感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-8 12:25:48

lei234 发表于 2021-7-7 20:54
我是从fchk转化到wfn，现在有了N.N+1,N-1三个的wfn文件，并放在了一个文件夹中，请问怎么开始计算？您文中 ...

把此文完整、通读一遍
使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量
http://sobereva.com/484（http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html）

当然是指当前计算概念密度泛函相关的量的模块

一个字一个字阅读

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-15 20:30:46

今日更新的版本此功能已支持直接调用ORCA进行计算，修改了相应文字

另外，如果你没有Gaussian而只有ORCA，也可以选择-2 Choose the quantum chemistry program used in option 1之后再选2。之后再选选项1产生输入文件时，Multiwfn产生的就是三个态的ORCA的输入文件N.inp、N+1.inp和N-1.inp，手动算完了之后就会在当前目录下产生N.wfn、N+1.wfn和N-1.wfn（其它产生的文件可删掉）。如果你把settings.ini里的orcapath设为了实际ORCA可执行文件路径，那么Multiwfn在产生输入文件后会问你是否自动调用ORCA去计算它们并在计算结束后删掉其它文件。

斯斯 · 发表于 Post on 2021-11-10 00:13:31

普通有机体系用常用的B3LYP-D3(BJ)/6-31G*级别一般就够了，如果想更便宜一些，用半经验、GFN-xTB之类也可以。
您好，想问一下社长，为什么在算cdft的时候，对基组没什么要求呢，有什么文献可以支持这种说法么。（审稿人要求我用更高的机组对比一下，我用的就是B3LYP/6-31G*算的有机化合物）

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-10 02:06:25

斯斯发表于 2021-11-10 00:13
普通有机体系用常用的B3LYP-D3(BJ)/6-31G*级别一般就够了，如果想更便宜一些，用半经验、GFN-xTB之类也可以 ...

我从来没说“如果想更便宜一些，用半经验、GFN-xTB之类也可以”
GFN-xTB做个预优化还行，实际的优化，但凡算得动的都不要直接用GFN-xTB。对于得到波函数、算能量，更是绝对不能用GFN-xTB，实在太糙

没说对基组没什么要求，只是对基组要求不高，6-31G*就行了，但是如果你降到6-31G也是绝对不能接受的。
碰到了外行审稿人让你对比你就找一个体系对比一下就完了，结果肯定和6-31G*没有定性差异。

斯斯 · 发表于 Post on 2021-11-10 09:43:44

sobereva 发表于 2021-11-10 02:06
我从来没说“如果想更便宜一些，用半经验、GFN-xTB之类也可以”
GFN-xTB做个预优化还行，实际的优化，但 ...

好的，谢谢社长

斯斯 · 发表于 Post on 2021-11-11 21:24:17

sobereva 发表于 2021-11-10 02:06
我从来没说“如果想更便宜一些，用半经验、GFN-xTB之类也可以”
GFN-xTB做个预优化还行，实际的优化，但 ...

社长，想请教您一下，我按着这个方法进行方法的对比，来回复审稿人，可以么。
载入B3LYP-D3（BJ)/6-311G**优化后的文件mol2
100  //其它功能（Part 1）
16  //计算CDFT里定义的各种量的模块
1  //产生波函数文件
[直接按回车]
[直接按回车]

现在当前目录下已经有了N.gjf、N+1.gjf和N-1.gjf，更改里面的基组一个是B3LYP/6-31g*对比方法为M06-2x/6-31g*
然后高斯计算得到wfn文件。对比两个方法得到的数据

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-12 00:16:30

斯斯发表于 2021-11-11 21:24
社长，想请教您一下，我按着这个方法进行方法的对比，来回复审稿人，可以么。
载入B3LYP-D3（BJ)/6-311G ...

“更改里面的基组一个是B3LYP/6-31g*对比方法为M06-2x/6-31g*” 明显病句。明明这俩计算级别的基组都是6-31G*。
gjf里的计算级别想自己改可以自己改

斯斯 · 发表于 Post on 2021-11-12 10:39:30

sobereva 发表于 2021-11-12 00:16
“更改里面的基组一个是B3LYP/6-31g*对比方法为M06-2x/6-31g*” 明显病句。明明这俩计算级别的基组都是6 ...

对的，应该是计算方法的不同，是我说错了，
所以我在B3LYP-D3（BJ)/6-311G**优化后的分子基础上，两个方法的比对应该是B3LYP/6-311G**和M062X/6-311G**下分别计算，进行比对，是这样么,
看您的另一片博文上说的

与研究内容、目的有关。比如要对比研究一系列泛函A、B、C、D对于某类分子的极化率、NMR、偶极矩之类问题的计算精度，那就没必要用这四种泛函分别去优化结构和计算性质了，只需要用一个对当前体系合理的泛函去优化即可，之后计算性质的时候再切换成不同泛函去分别计算

，我觉得审稿人应该就是想让我们用不同的方法对比一下

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-13 03:35:10

斯斯发表于 2021-11-12 10:39
对的，应该是计算方法的不同，是我说错了，
所以我在B3LYP-D3（BJ)/6-311G**优化后的分子基础上，两个方 ...

这么对比是可以的

斯斯 · 发表于 Post on 2021-11-13 18:43:38

sobereva 发表于 2021-11-13 03:35
这么对比是可以的

好的，谢谢社长大人

Hear · 发表于 Post on 2022-7-19 00:07:10

老师，您好。我想问下我在算简缩福井函数的时候，优化结构的文件里除了有基组和方法外，可以加scrf=(smd,solvent=water)，还有关于经验色散矫正的这种命令嘛？如果可以加的话，算单点的时候是不是也得加上和优化的输入文件保持一致啊。

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-19 14:15:39

Hear 发表于 2022-7-19 00:07
老师，您好。我想问下我在算简缩福井函数的时候，优化结构的文件里除了有基组和方法外，可以加scrf=(smd,so ...

溶剂模型可以加
色散校正如果是诸如DFT-D3这样只校正能量，而且校正量只依赖于几何结构的，加不加结果都完全一样

Hear · 发表于 Post on 2022-7-19 15:27:48

sobereva 发表于 2022-7-19 14:15
溶剂模型可以加
色散校正如果是诸如DFT-D3这样只校正能量，而且校正量只依赖于几何结构的，加不加结果都 ...

老师，您好！我现在还想算一下酶环境下的福井函数。我是在turbomole上用的QM/MM方法，1.我想的是优化完结构以后，在算单点能的时候改一下电荷和自旋多重度，分别算N、N+1、N-1状态下的单点，算完之后产生相应的wfn文件，之后再用Multiwfn软件去做。2.在用QM/MM时，是不是应该把QM区域设成只有底物呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-19 15:50:03

Hear 发表于 2022-7-19 15:27
老师，您好！我现在还想算一下酶环境下的福井函数。我是在turbomole上用的QM/MM方法，1.我想的是优化完结 ...

是

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