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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn资源与经验] 使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量

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发表于 Post on 2024-3-24 11:55:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-23 09:21
有可能有极轻微不同,见下文
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88

社长,请问一下,我看到很多人通过计算HOMO轨道和LUMO轨道能量差,预测其抗氧化活性,随后在体外进行ABTS和DPPH自由基清除试验,发现其预测结果和体外实验结果一直,请问这个有依据吗?或者说可不可能存在预测结果与体外实验结果不一致的情况,还有ABTS和DPPH是两个不同溶液体系,那我进行DFT计算时,是不是得在不同溶液体系都计算一遍

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-25 11:06:54 | 只看该作者 Only view this author
LJZZZZ 发表于 2024-3-24 11:55
社长,请问一下,我看到很多人通过计算HOMO轨道和LUMO轨道能量差,预测其抗氧化活性,随后在体外进行ABTS ...

这本质上相当于fundamental gap(等价于电子硬度)的近似,远不如用fundamental gap说事来得严格

一致或不一致都有可能,取决于影响结果的机理。对比的体系越相似、其它影响反应的因素越少(位阻、扩散等)越可能有较好相关性
不同溶液需要分别算
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发表于 Post on 2024-4-8 01:43:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-25 11:06
这本质上相当于fundamental gap(等价于电子硬度)的近似,远不如用fundamental gap说事来得严格

一致 ...

社长您好,我想请问描述一种多肽分子具有5.24eV的高能隙,具有高度稳定性,这是作为抗氧化剂的理想特性。这种描述有道理吗,我在一篇文献中看到的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-8 02:45:48 | 只看该作者 Only view this author
LJZZZZ 发表于 2024-4-8 01:43
社长您好,我想请问描述一种多肽分子具有5.24eV的高能隙,具有高度稳定性,这是作为抗氧化剂的理想特性。 ...

光从这上面不能说明什么
下文有更多讨论
正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO
http://sobereva.com/543http://bbs.keinsci.com/thread-16758-1-1.html

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发表于 Post on 2024-4-9 09:48:45 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,例如计算福井函数,对DFT的计算级别要求高么,大基组下获得的结果会更准确吗。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-9 10:12:04 | 只看该作者 Only view this author
九曜 发表于 2024-4-9 09:48
请问老师,例如计算福井函数,对DFT的计算级别要求高么,大基组下获得的结果会更准确吗。

对于普通中性有机分子,通常B3LYP/6-31G*就够
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发表于 Post on 2024-4-15 01:06:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-9 10:12
对于普通中性有机分子,通常B3LYP/6-31G*就够

老师请问,方法设定中的Spin参数怎么计算,像我想计算多肽,那我该如何去计算它的自旋多重度

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-15 06:19:12 | 只看该作者 Only view this author
LJZZZZ 发表于 2024-4-15 01:06
老师请问,方法设定中的Spin参数怎么计算,像我想计算多肽,那我该如何去计算它的自旋多重度

自旋多重度,这是量化计算最基本的常识。不具备这种常识性知识的话强烈建议参加北京科音初级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html)扫盲,里面还专门讲了自旋多重度的判断。

对于普通有机、生物分子体系,中性非自由基状态下自旋多重度都是1
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发表于 Post on 2024-4-15 09:52:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-15 06:19
自旋多重度,这是量化计算最基本的常识。不具备这种常识性知识的话强烈建议参加北京科音初级量子化学培训 ...

但您看这里好像最低都是2,那我该如何设置呀

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-16 00:58:54 | 只看该作者 Only view this author
LJZZZZ 发表于 2024-4-15 09:52
但您看这里好像最低都是2,那我该如何设置呀

拿具体体系说事,起码摆出来结构
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-17 07:40:17 | 只看该作者 Only view this author
今日更新的Multiwfn的CDFT模块已经支持了亲电描述符ε的计算,并相应地更新了本文。此描述符于Int. J. Quantum Chem., 124, e27366 (2024)中提出,文中通过35个有机分子测试发现它与Mayr亲电性参数的相关性远好于Parr的亲电指数ω。
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发表于 Post on 2024-5-7 20:22:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-17 07:40
今日更新的Multiwfn的CDFT模块已经支持了亲电描述符ε的计算,并相应地更新了本文。此描述符于Int. J. Quan ...

这是我的out文件,突然报2070错误,社长能不能帮我看看怎么解决

202405072021383481..png (95.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 77)

202405072021383481..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-8 20:19:55 | 只看该作者 Only view this author
LJZZZZ 发表于 2024-5-7 20:22
这是我的out文件,突然报2070错误,社长能不能帮我看看怎么解决

内存不够
Gaussian计算怎么设置内存,仔细看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
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发表于 Post on 2024-5-8 20:26:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-8 20:19
内存不够
Gaussian计算怎么设置内存,仔细看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题

是设置程序时候分配的内存嘛,我之前是1GB,现在弄了2GB重新跑

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-1 16:07:35 | 只看该作者 Only view this author
Multiwfn现在还可以计算在反应位点预测方面比双描述符更严格的双描述符势(dual descriptor potential),见《使用Multiwfn计算双描述符势预测反应位点》(http://sobereva.com/708)。
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