使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量

LJZZZZ · 发表于 Post on 2024-3-2 22:19:04

sobereva 发表于 2024-3-2 06:30
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814 ...

社长您好，今天发现Maximum Displacement 0.003030 0.001800 NO，没有收敛，请问有什么好的解决方法吗。

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-2 23:12:19

LJZZZZ 发表于 2024-3-2 22:19
社长您好，今天发现Maximum Displacement 0.003030 0.001800 NO，没有收敛，请问有什么好的 ...

跟阈值足够接近，可以接受

下文也说了
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278（http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html）

LJZZZZ · 发表于 Post on 2024-3-2 23:57:52

sobereva 发表于 2024-3-2 23:12
跟阈值足够接近，可以接受

下文也说了

但听说投稿的没有4个yes会被拒稿，是真的嘛社长

zako · 发表于 Post on 2024-3-3 01:32:32

Why Multiwfn doesn't support Interacting Quantum Atoms (IQA) analysis ? It's s very interesting feature.

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-3 03:56:48

zako 发表于 2024-3-3 01:32
Why Multiwfn doesn't support Interacting Quantum Atoms (IQA) analysis ? It's s very interesting feat ...

It is extremely expensive, while I don't find it is very useful

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-3-3 17:49:10

LJZZZZ 发表于 2024-3-2 16:57
但听说投稿的没有4个yes会被拒稿，是真的嘛社长

没有这码事。那是有的人误以为只有四个YES高斯才认为算收敛，又想给别人强调收敛的重要性，所以故意把问题说得更严重、吓唬人的。我不信有人发现Maximum Displacement虽然是NO、但离YES这么近，就会拒稿，顶多提出小修，要求作者把结构完全收敛。
一定要注意，高斯判断收敛的条件不是四个YES，如果有的NO足够接近收敛了，且其他的YES收敛得比收敛限还要严好多，那么这些YES可以弥补那些NO的不足，导致高斯仍然认为计算收敛了。关键在于看高斯在输出文件里怎么说，有没有说找到了稳定点，而不是看有几个YES。如果高斯说收敛了，那么即便没有四个YES也能用；如果高斯说没收敛，且你的结果对结构精度比较敏感，那再按sob老师说的方法消掉NO。
说实话，我觉得没做构象搜索被拒稿的概率可能还大一些。很多人花了很大气力证明自己找到的局部极小值点结构确实是局部极小值点，但可能也只比没完全收敛准0.1kcal/mol而已，而不做构象搜索导致用错误的局部极小值点结构做计算，很容易导致好几个kcal/mol的误差。

LJZZZZ · 发表于 Post on 2024-3-4 17:09:36

wzkchem5 发表于 2024-3-3 17:49
没有这码事。那是有的人误以为只有四个YES高斯才认为算收敛，又想给别人强调收敛的重要性，所以故意把问 ...

谢谢谢谢，感谢，我知道啦

LJZZZZ · 发表于 Post on 2024-3-6 00:53:14

sobereva 发表于 2024-3-2 23:12
跟阈值足够接近，可以接受

下文也说了

社长请问那一段生成N.wfn文件的操作是怎么弄呀，您看一下我的out文件截图

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-6 03:26:34

LJZZZZ 发表于 2024-3-6 00:53
社长请问那一段生成N.wfn文件的操作是怎么弄呀，您看一下我的out文件截图

明显N.wfn已经生成了
如果当前目录找不到，去Gaussian的scratch目录下找

LJZZZZ · 发表于 Post on 2024-3-6 19:50:08

sobereva 发表于 2024-3-6 03:26
明显N.wfn已经生成了
如果当前目录找不到，去Gaussian的scratch目录下找

他给我保存到16w目录下了

LJZZZZ · 发表于 Post on 2024-3-12 22:10:21

wzkchem5 发表于 2024-3-3 17:49
没有这码事。那是有的人误以为只有四个YES高斯才认为算收敛，又想给别人强调收敛的重要性，所以故意把问 ...

我想知道一下，Gaussian16w会不会存在程序一直跑，但不报错，我看log文件一直没有收敛，已经跑了一个多星期了，文件大小也有1万多kb了，因为我是做蛋白的，用的是4肽进行DFT计算，之前一个4肽花了4天就好了，最后log文件也才5000多kb,这次4肽跑了这么久却没有好，我想问是不是出了什么问题。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-3-12 22:30:50

LJZZZZ 发表于 2024-3-12 15:10
我想知道一下，Gaussian16w会不会存在程序一直跑，但不报错，我看log文件一直没有收敛，已经跑了一个多星 ...

是SCF不收敛还是结构优化不收敛？
两个分子结构非常类似，但是一个收敛需要的步数是另一个的好几倍，也是常有的事情

LJZZZZ · 发表于 Post on 2024-3-12 22:54:16

wzkchem5 发表于 2024-3-12 22:30
是SCF不收敛还是结构优化不收敛？
两个分子结构非常类似，但是一个收敛需要的步数是另一个的好几倍，也 ...

out文件太大传不上去，这是我的gjf文件

LJZZZZ · 发表于 Post on 2024-3-12 22:56:39

wzkchem5 发表于 2024-3-12 22:30
是SCF不收敛还是结构优化不收敛？
两个分子结构非常类似，但是一个收敛需要的步数是另一个的好几倍，也 ...

已经收敛200次左右了，一开始还有两个yes,现在是不是没希望了

LJZZZZ · 发表于 Post on 2024-3-13 11:38:43

sobereva 发表于 2024-3-6 03:26
明显N.wfn已经生成了
如果当前目录找不到，去Gaussian的scratch目录下找

社长请问一下，算法的精度会不会影响收敛，比如我用一个简单的算法收敛了200次左右都没成功，换一个精度更高的算法会不会好一点

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