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计算化学公社

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[科研杂谈] 硕士毕业转民科,寻求合作(纯兴趣,非盈利)

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发表于 2019-8-12 15:22:03 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 tjuptz 于 2019-8-12 15:46 编辑

        本人系国内某双一流本硕化工专业毕业生,今年刚毕业参加工作。研究生一年级时机缘巧合读了篇跟计算相关的论文,从此走上了计算化学的道路。其时,本人所在课题组并不涉猎模拟(圈外人都这么叫),所以在摸索的过程浪费了很多时间,开始是读南开大学刘靖疆教授的《基础量子化学及应用》,后来幸好遇到了社长的博客及交流群,才少走了很多弯路。参照博客和论坛自学用高斯模拟了些东西,用Multiwfn做了些分析(主要是非线性光学,分子结构及分子间相互作用),发了篇水文得以顺利地毕业了。

        临近毕业参加了第四届分子动力学及GROMACS程序初级班(也感谢老板不吝资助),有幸得睹社长风采。此后虽近毕业,但有空常逛逛公社论坛,尤其感到刚参加过科音的培训当学以致用,恰好那时候女朋友的课题组有一些计算需求,便帮他们做了些计算(都是无偿且不挂名的),主要在建模和分子动力学模拟等工作。在论坛发表的第一篇帖子使用VMD搭建无定型SiO2多孔介质,即是当时成果的一个纪念。之后在帮女朋友模拟沥青体系的过程中有感于很多输入步骤的繁琐,又补充了些Linux系统应用的基础知识,写了个脚本用Packmol建模及GMX跑动力学命令的懒人脚本。毕业前,根据社长的购机推荐,为课题组购置了工作站,并配置了系统和相关程序,较好双路服务器XEON E5-2686 v4购买及装机经历分享

        之后毕业空闲的两个多月时间里,自己通过公开课资源(南开大学孙宏伟教授《结构化学》国家精品课程推介中国大学MOOC福州大学《固体物理学》VASP 0基础入门中文视频资料)补充了些计算化学的知识,同时看了些女朋友课题的相关文献(当时是为了她毕业,后来因为自己有了些想法便想着实现)在学习和实现一些界面体系的分子动力学模拟。我最近发表或回复的一些帖子都是与此相关的,如CaCO3/calcite的atomname2type.n2t模板及其问题说明簇模型周围的点电荷如何实现?关于固体表面cluster/slab模型的问题讨论界面建模考虑表面弛豫或重构时考虑的层数问题讨论。目前,想法还在模拟实现中,并未成文发表,但有此打算。

        由于厌倦了学校里被迫无奈发文章的现状,而且课题组是做工程项目为主的,发文章和做模拟都不是主业,故没有选择继续在课题组读博。目前的工作与计算模拟是毫不相关的,但出于兴趣且秉着学以致用的理念,想继续在这方面做些工作,无奈出了圈子就没那么多时间和精力去看文献找灵感,所以发帖寻求一些学术上的合作,也为自己的学术生涯留一条路。

        前述基本把我的能力范围表达了,即运用GV、MS和VMD等工具建模,运用Gaussian和GROMACS进行量化和分子动力学模拟,及运用Multiwfn进行波函数分析。当然,如果真的有合作的话,需要其他软件也可以学习,比如molclus、xtb、mopac等,社长和论坛都提供了大量的学习资料。合作可以是问题的咨询讨论提供思路(当然同时在公社提问可能有更多大佬帮助),或是模拟的代为实现。当然,由于本人目前仅有笔记本电脑,最多也就是实现一些小微体系的量子化学计算或小体系短时间的分子动力学模拟,但如果您课题组有个人工作站便可提供输入文件,或远程实现。如果真的有合作完成,后续我可能考虑自己投资先配置廉价的工作站。

        虽然知道论坛里卧虎藏龙,这样不自量力的帖子可能是贻笑大方(石沉大海),但总算是做过一些努力吧。
        可论坛私信或留言,或Email: peitiezhu@tju.edu.cn      QQ: 346583325







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hsummer + 2 加油
复前行79 + 5 老哥有自己的目标,加油
zsu007 + 5 赞!
Shine剪水 + 3 好好做,万一可以加入科音呢!
yygong + 5 你太可爱
zjxitcc + 1 666

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发表于 2019-8-13 10:30:03 | 显示全部楼层
老哥 支持你
上海交通大学计算化学与分子生物信息实验室
Shanghai JiaoTong University
Computational Chemistry and Molecular Bioinformatics Laboratory

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能科top50

发表于 2019-8-13 10:33:31 | 显示全部楼层
厉害了,大神
In defeat, malice. In victory, revenge!

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发表于 2019-8-13 11:31:33 | 显示全部楼层
本帖最后由 Accelerator 于 2019-8-13 11:35 编辑

我也是民科
做计算要做出一番事业关键是要有自己的idea 从已发表的实验工作找问题 或是做方法开发 有人合作当然好 但也不要拘泥于做技术人员
学术品味决定一切
祝你好运


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发表于 2019-8-13 11:39:23 | 显示全部楼层
我的主业是显式溶剂化 动态学效应 新奇分子的设计 此外做一点程序开发(虽然鸽了很久) 邮箱ymma@bsj-institute.top 公众号Rita是美少女 如有兴趣也可以交流(突然广告

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Shine剪水 + 3 とてもいい!

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发表于 2019-8-13 12:55:34 来自手机 | 显示全部楼层
慎用民科自嘲,起码民间科学家研究的是纯粹的科学,是不讲究学以致用的

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发表于 2019-8-13 13:18:46 | 显示全部楼层
Rosetta中文社区还在构建中,有兴趣一起来么?
www.rosettastudy.cn
主攻: 蛋白-蛋白对接,蛋白de novo设计、蛋白结构建模,抗体设计等方向。Rosetta/PyRosetta

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 楼主| 发表于 2019-8-13 15:37:18 | 显示全部楼层
Accelerator 发表于 2019-8-13 11:31
我也是民科
做计算要做出一番事业关键是要有自己的idea 从已发表的实验工作找问题 或是做方法开发 有人合 ...

谢谢建议!因为不是科班出身,没有太多理论功底目前也没有太多时间,所以只能是应用型研究为主。感觉此贴不太可能有啥太大广告效应,倒是能引起社友讨论也是蛮有意思的

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 楼主| 发表于 2019-8-13 15:38:37 | 显示全部楼层
granvia 发表于 2019-8-13 12:55
慎用民科自嘲,起码民间科学家研究的是纯粹的科学,是不讲究学以致用的

也不算是自嘲吧,只是这个词司空见惯了,业余研究者或者更贴切

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开心猪猪头

发表于 2019-8-13 16:33:41 | 显示全部楼层
Accelerator 发表于 2019-8-13 11:39
我的主业是显式溶剂化 动态学效应 新奇分子的设计 此外做一点程序开发(虽然鸽了很久) 邮箱 公众号Rita是 ...

FAI的设定很有趣
No problem is insoluble in all conceivable circumstances.

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 楼主| 发表于 2019-8-13 16:43:27 | 显示全部楼层
kunkun 发表于 2019-8-13 13:18
Rosetta中文社区还在构建中,有兴趣一起来么?
www.rosettastudy.cn

我可以做些什么工作呢?

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发表于 2019-8-13 18:51:45 | 显示全部楼层
naoki 发表于 2019-8-13 16:33
FAI的设定很有趣

可惜三次元里B3LYP和TPSS毫无关系(
虽然要说的话也可以算是一个伏笔了

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发表于 2019-8-13 19:58:38 | 显示全部楼层
tjuptz 发表于 2019-8-13 16:43
我可以做些什么工作呢?

我们正在进行教程应用与翻译的工作
主攻: 蛋白-蛋白对接,蛋白de novo设计、蛋白结构建模,抗体设计等方向。Rosetta/PyRosetta
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