使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-2 12:54:11

hzfish 发表于 2020-9-30 20:58
社长，其它高对称性点群是否一并测试过？

目前对这些点群都能正确识别转动对称数，覆盖足够充分了
'C1 ','Cs ','Ci ','C2 ','C3 ','C4 ','C5 ','C6 ','C7 ','C8 ','D2 ',
'D3 ','D4 ','D5 ','D6 ','D7 ','D8 ','C2v','C3v','C4v','C5v','C6v',
'C7v','C8v','C2h','C3h','C4h','C5h','C6h','C7h','C8h','D2h','D3h',
'D4h','D5h','D6h','D7h','D8h','D2d','D3d','D4d','D5d','D6d','D7d',
'D8d','S4 ','S6 ','S8 ','Th ','Td ','Oh ','Ih ','Civ','Dih'
其它情况，当前版本会提示用户自行输入转动对称数（之前版本只会提示转动对称数无法判断，但估计大多数用户没注意这个提示，只注意到了输出的信息里有inf）

hzfish · 发表于 Post on 2020-10-5 16:54:33

sobereva 发表于 2020-10-2 12:54
目前对这些点群都能正确识别转动对称数，覆盖足够充分了
'C1 ','Cs ','Ci ','C2 ','C3 ','C4 ','C5 ','C ...

社长能不能在settings.ini文件中增加个设置转动对称数的参数？
这样可以比较与量化软件识别不同点群时数据的差异。

wanlichuan · 发表于 Post on 2020-11-22 18:05:36

有几个问题请高手指教：
1）文中提到“Shermo，以及各种量子化学程序在计算热力学数据的时候都是将体系当成理想气体对待的，如果你想计算凝聚相的热力学数据，应当用能够描述周期性的分子动力学程序、第一性原理程序来做，这不属于Shermo涉及的范畴。”请问，如果我在算opt+freq的时候是在隐式溶剂模型下算的，用shemo算各种热力学数据没问题吧？是不是校正因子合理就行？
2）确认一下，文中提到的“Scale factor of vibrational frequencies for U(T)-U(0):”和《谈谈谐振频率校正因子》（http://sobereva.com/221）一文中提到的“(4)用于获得准确的焓变ΔH=H(T)-H(0)的校正因子”可不可以相同？考虑到“H(0)=U(0)=电子能量+ZPE”“H=U+PV”，而PV是不需要校正的，二者是不是在理论上也是一样的？
3）也是确认一下，文中提到的输出结果
“Sum of electronic energy and thermal correction to G: -114.3328693 a.u.”
是不是就是《谈谈谐振频率校正因子》一文中提到的“最终将这三个量加在一起，再加上高精度方法算的电子能量E，就得到了自由能G=E+ZPE+ΔH-T*S”？我算了一下，基本相同，二者的差别在小数点后第6或第7位上了（a.u.单位）。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-11-22 20:31:32

wanlichuan 发表于 2020-11-22 18:05
有几个问题请高手指教：
1）文中提到“Shermo，以及各种量子化学程序在计算热力学数据的时候都是将体系当 ...

1) 没问题，那段话应该主要说的是纯固体、纯液体
2) 是的
3) 是的

wanlichuan · 发表于 Post on 2020-11-22 20:58:53

这就放心了。谢谢。

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-9 00:09:22

hzfish 发表于 2020-10-5 16:54
社长能不能在settings.ini文件中增加个设置转动对称数的参数？
这样可以比较与量化软件识别不同点群时数 ...

Shermo 2.0.7已经直接支持手动设置点群了，见http://bbs.keinsci.com/thread-21572-1-1.html

wuzhiyi · 发表于 Post on 2021-4-27 21:58:33

感谢sob老师的软件，对于大部分的分子，我用shermo都可以成功运行，但这几个文件就会出错，想问问sob老师可以帮忙看看么？这两个文件都是正常运行同时正常结束的。

freq_31.out (150.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

freq_22.out (284.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

错误是

forrtl: severe (64): input conversion error, unit 10, file ～/Deprotonated/freq_31.out
Image             PC             Routine          Line       Source
Shermo          000000000044036B  Unknown             Unknown  Unknown
Shermo          000000000046FD7B  Unknown             Unknown  Unknown
Shermo          0000000000433755  Unknown             Unknown  Unknown
Shermo          00000000004143D1  Unknown             Unknown  Unknown
Shermo          0000000000404FA2  Unknown             Unknown  Unknown
libc-2.27.so    00001538F2209BF7  __libc_start_main    Unknown  Unknown
Shermo          0000000000404EA9  Unknown             Unknown  Unknown

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-27 23:38:09

wuzhiyi 发表于 2021-4-27 21:58
感谢sob老师的软件，对于大部分的分子，我用shermo都可以成功运行，但这几个文件就会出错，想问问sob老师可 ...

这是因为当前用了赝势，在下面的内容里出现了星号，导致读取出错

NO LB ZA FRAG MASS X Y Z
0 I 25.0000* 0 126.900 -1.789961 -0.021685 -0.000321
1 O 8.0000 0 15.999 1.837129 0.032192 0.000396
* core charge reduced due to ECP

复制代码

我刚刚在Shermo官网上发布了2.1.2版，可以兼容这种情况了

Aridea · 发表于 Post on 2021-7-7 15:58:00

帅的一塌糊涂，爱死社长了！！

wuzhiyi · 发表于 Post on 2021-7-27 16:54:23

本帖最后由 wuzhiyi 于 2021-7-27 16:55 编辑

想问一下sob老师，如何写多构象的相对路径

假设我的shermo文件在这里，/Users/illustrious/src/Shermo_2.2_src/shermo。
然后我的振动分析在这里/Users/illustrious/data。
我的输入文件是/Users/illustrious/data/shermo.in
opt_0.log;100
opt_1.log;102
分别对应gaussian的振动分析文件/Users/illustrious/data/opt_0.log和/Users/illustrious/data/opt_1.log，以及他们的单点能100和102（数字我瞎写的）。

我实际运行的时候，先进入/Users/illustrious/data
cd /Users/illustrious/data
然后测试shermo可以正确读取文件
Shermo opt_0.log -sclZPE 0.985 -ilowfreq 2
没有任何问题
然后我再尝试使用输入文件
Shermo shermo.in -sclZPE 0.985 -ilowfreq 2
得到，我觉得是路径问题，想问一下正确的路径应该怎么写，谢谢。

Shermo: A general code for calculating molecular thermochemistry properties
Version 2.2 Release date: 2021-Jun-17 (last update: 2021-Jul-3)
Developer: Tian Lu (sobereva@sina.com)
Beijing Kein Research Center for Natural Sciences (http://www.keinsci.com)
Official website: http://sobereva.com/soft/shermo
If this code is utilized in your work, PLEASE CITE:
Tian Lu, Qinxue Chen, Shermo: A general code for calculating molecular thermodynamic properties, Comput. Theor. Chem., 1200, 113249 (2021) DOI: 10.1016/j.comptc.2021.113249
Warning: settings.ini cannot be found in either current folder or the directory defined by Shermopath environment, thus default parameters are used!
Command of invoking Shermo:
Shermo test.in -sclZPE 0.985 -ilowfreq 2
Note: One or more running parameters are overridden by arguments
Running parameters:
Printing individual contribution of vibration modes: No
Temperature: 298.150 K
Pressure: 1.000 atm
Scale factor of vibrational frequencies for ZPE: 0.9850
Scale factor of vibrational frequencies for U(T)-U(0): 1.0000
Scale factor of vibrational frequencies for S(T): 1.0000
Scale factor of vibrational frequencies for CV: 1.0000
Low frequencies treatment: Grimme's interpolation for entropy
Error: Unable to identify the program that generated this file, press ENTER button to exit

复制代码

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-28 01:58:19

wuzhiyi 发表于 2021-7-27 16:54
想问一下sob老师，如何写多构象的相对路径

假设我的shermo文件在这里，/Users/illustrious/src/Shermo_2 ...

列表文件的后缀必须是.txt，否则程序会试图把这个文件当做量化程序的输出文件对待

手册有提到

wuzhiyi · 发表于 Post on 2021-7-28 16:12:00

sobereva 发表于 2021-7-28 01:58
列表文件的后缀必须是.txt，否则程序会试图把这个文件当做量化程序的输出文件对待

手册有提到

谢谢sob老师，我用高斯完成结构优化和振动分析的任务，然后用shermo来分析（Shermo opt_0.log -sclZPE 0.985 -ilowfreq 2），我发现我的输入文件好像没法准确识别C1点群，需要我输入转动对称数。 Warning: Rotational symmetry number cannot be identified for this point group
Please manually input rotational symmetry number here, e.g. 6
想问一下这需要怎么解决？谢谢。

opt_0.log.zip (350.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-29 03:09:03

wuzhiyi 发表于 2021-7-28 16:12
谢谢sob老师，我用高斯完成结构优化和振动分析的任务，然后用shermo来分析（Shermo opt_0.log -sclZPE 0. ...

我用目前官网上的最新版本没发现你提到的问题

wuzhiyi · 发表于 Post on 2021-7-29 05:52:13

sobereva 发表于 2021-7-29 03:09
我用目前官网上的最新版本没发现你提到的问题

谢谢，我发现linux是没有问题的，我自己在osx下编译的版本好像有这个问题。

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-4 02:01:53

今日发布了Shermo 2.3版，新加入conc选项，在本文里也加入了一段相关说明

实际上Shermo直接就提供了计算浓度改变导致的自由能变的功能，都省得自己手动算了，Shermo手册里有详述和计算公式。简单来说，你只要把settings.ini里的conc设为目标浓度即可。比如当前settings.ini里T=350、P=2，若你设conc= 1.5M，则Shermo运行后不仅会输出(350K,2atm)状态的自由能，还会输出delta-G of conc. change，这就是从当前(350K,2atm)状态转变为(350K,1.5M)状态的自由能变，之后输出的Gibbs free energy at specified concentration就是(350K,1.5M)状态的自由能。显然，若设T= 298.15且conc= 1M，最后Gibbs free energy at specified concentration给你的就是液相标准态自由能。

此版本开始的Shermo还可以被molclus >=1.9.9.6版调用来计算热力学数据。

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