使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据

Freeman · 发表于 Post on 2021-10-23 16:15:41

社长您好。我的高斯输出文件里有两个freq任务，前一个是低理论水平下的频率，后一个是高理论水平下的频率，再后面还有两个m052x/6-31g*的算溶解能的任务。如果想把第二个freq任务的结果交给Shermo处理，除了整个删掉前一个freq任务的输出，还有没有更方便的办法？

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-24 02:50:14

Freeman 发表于 2021-10-23 16:15
社长您好。我的高斯输出文件里有两个freq任务，前一个是低理论水平下的频率，后一个是高理论水平下的频率， ...

这种做法太奇特，建议多个freq不要合在一个gjf里做

一条君 · 发表于 Post on 2021-11-3 22:04:46

老师好，48楼问了相似的问题，所以shermo程序是默认混用H,U的校正因子了吗，setting里没看到焓变的校正因子。谢谢老师
“对HF或DFT，(4)和(5)的数值比较接近，混用也无妨”http://sobereva.com/221

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-3 22:43:21

一条君发表于 2021-11-3 22:04
老师好，48楼问了相似的问题，所以shermo程序是默认混用H,U的校正因子了吗，setting里没看到焓变的校正因子 ...

H和U就相差一个RT，显然不可能校正因子有差别
分清楚焓和熵，http://sobereva.com/221里(5)明明是熵

xxzj · 发表于 Post on 2021-12-25 14:24:40

本帖最后由 xxzj 于 2021-12-25 14:38 编辑

老师，我优化和频率计算时使用M06/6-31G* opt freq的关键词，然后单点使用的是M06/6-311+G** sp scrf=(solvent=1,2-dichloroethane)，然后想使用shermo计算吉布斯自由能的值，是不是sclZPE、sclheat、sclS都设置为1就可以进行计算获得正确的数值，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-25 18:48:25

xxzj 发表于 2021-12-25 14:24
老师，我优化和频率计算时使用M06/6-31G* opt freq的关键词，然后单点使用的是M06/6-311+G** sp scrf=(sol ...

这么用可以，但是用合适的sclZPE比不用原理上更好

写sp关键词完全多余

forpaper · 发表于 Post on 2022-3-22 10:47:09

社长，我在使用Shermo计算甲烷的热力学数据的时候，根据Wavenumber和ZPE(kcal/mol)的转换关系，Wavenumber数是ZPE的两倍。即1.91816 kcal/mol对应的Wavenumber应该是670.8861，而Shermo输出的是1341.77。这是bug吗。

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-23 08:14:36

forpaper 发表于 2022-3-22 10:47
社长，我在使用Shermo计算甲烷的热力学数据的时候，根据Wavenumber和ZPE(kcal/mol)的转换关系，Wavenumber ...

1341.77/219474.6363*627.5095/2=1.918 kcal/mol

你既然都知道是2倍的关系，还不乘以2

一条君 · 发表于 Post on 2022-9-1 17:56:59

本帖最后由一条君于 2022-9-1 21:39 编辑

老师，请问不同温度的热力学量的两种方法中，如果输入文件写了温度temperature=m ，那么后续settings.ini中T的数值也应该写成m吧，就是temperature=m 或 settings.ini中T的数值应该统一呀，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-2 07:39:21

一条君发表于 2022-9-1 17:56
老师，请问不同温度的热力学量的两种方法中，如果输入文件写了温度temperature=m ，那么后续settings.ini中 ...

语义不明
Gaussian输入文件里temperature不管设什么都不影响Shermo的计算结果
因此也根本没必要用temperature关键词，Shermo输出的信息丰富得多得多

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-9-2 15:21:39

一条君发表于 2022-9-1 10:56
老师，请问不同温度的热力学量的两种方法中，如果输入文件写了温度temperature=m ，那么后续settings.ini中 ...

仔细看http://sobereva.com/423了解高斯里的temperature关键字都影响哪些结果，以及为什么不影响shermo的计算结果

杨俊清 · 发表于 Post on 2022-11-8 12:19:32

您好，Sob老师，您在贴中提到如下：指出Thermal correction to G代表当前我们设的350 K时的自由能的热校正量，它与电子能量的加和就是350 K下的自由能，即Sum of electronic energy and thermal correction to G后面的值，想问下您Sum of electronic energy and thermal correction to G直接就是350K下的自由能了吗，不需要额外进行零点能矫正了吗？Gaussian计算也会有类似的输出，这个问题一直困扰，故求助您，感谢。

帖子中的相关描述内容：
Thermal correction to U:    78.053 kJ/mol    18.655 kcal/mol 0.029729 a.u.
Thermal correction to H:    80.963 kJ/mol    19.351 kcal/mol 0.030837 a.u.
Thermal correction to G:    2.452 kJ/mol    0.586 kcal/mol 0.000934 a.u.
Electronic energy:    -114.3338033 a.u.
Sum of electronic energy and ZPE, namely U/H/G at 0 K:    -114.3074860 a.u.
Sum of electronic energy and thermal correction to U:       -114.3040744 a.u.
Sum of electronic energy and thermal correction to H:       -114.3029660 a.u.
Sum of electronic energy and thermal correction to G:       -114.3328693 a.u.
上面也给出了电子能量与热力学校正量的加和，这就是我们平时经常考察的热力学量了，包括内能、焓、自由能。比如此处的Thermal correction to G代表当前我们设的350 K时的自由能的热校正量，它与电子能量的加和就是350 K下的自由能，即Sum of electronic energy and thermal correction to G后面的值。而电子能量与ZPE相加，得到的是0 K下的内能/焓/自由能，即Sum of electronic energy and ZPE后面的值。

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-8 13:17:57

杨俊清发表于 2022-11-8 12:19
您好，Sob老师，您在贴中提到如下：指出Thermal correction to G代表当前我们设的350 K时的自由能的热校正 ...

ZPE包含在Thermal correction to G里面。把Shermo程序手册附录认真看了自然就全都明白了

杨俊清 · 发表于 Post on 2022-11-9 21:40:31

sobereva 发表于 2022-11-8 13:17
ZPE包含在Thermal correction to G里面。把Shermo程序手册附录认真看了自然就全都明白了

好的，非常感谢Sob老师

wavefunction123 · 发表于 Post on 2023-6-14 15:19:45

请教社长，这里所说的温度是指分子所处的环境温度，还是分子的平动温度，还是分子的内态温度？

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