使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-21 07:09:35

coolrainbow 发表于 2020-5-20 10:50
gamess都那么多年了，转动常数还有问题？

是的，这令我意外，如此老牌程序会有这个问题

coolrainbow · 发表于 Post on 2020-5-21 07:59:34

看来是某个研究生写的，之后再没有人检查过

snljty · 发表于 Post on 2020-5-24 20:40:09

老师，请问手册第五页这里是不是有个小笔误，前面“opt”是不是应该为“freq”?

冰释之川 · 发表于 Post on 2020-5-24 21:17:48

snljty 发表于 2020-5-24 20:40
老师，请问手册第五页这里是不是有个小笔误，前面“opt”是不是应该为“freq”?

肯定是啦

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-25 02:40:15

snljty 发表于 2020-5-24 20:40
老师，请问手册第五页这里是不是有个小笔误，前面“opt”是不是应该为“freq”?

是笔误，谢谢指出

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-6-15 03:13:20

Frank 发表于 2020-5-20 09:54
多谢社长，和审稿人对线四个多月修改三次才接收

请问可以给一下链接么？我想拜读学习一下。

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-6-15 03:16:35

本帖最后由 wuzhiyi 于 2020-6-15 05:02 编辑

- In ORCA 4.0 Grimme's quasi-RRHO approach for low energy frequencies has been implemented where frequencies below 35 cm-1 are treated as free rotors instead of harmonic vibrations. This is an improvement over the harmonic oscillator approximation which breaks dwon for these low-energy frequencies and is especially problematic for the vibrational entropy term. The quasi-RRHO approach is automatically used in ORCA 4.0

请问Shermo如果使用orca频率文件作为输入文件的话，4.0之前和之后会因为已经有quasi-RRHO矫正而出现区别嘛？
===================================
仔细阅读一下发现Shermo是直接读取振动频率所以应该没有关系

Frank · 发表于 Post on 2020-6-15 07:25:53

wuzhiyi 发表于 2020-6-15 03:13
请问可以给一下链接么？我想拜读学习一下。

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpca.9b04920 欢迎阅读、引用、comment

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-6-15 16:31:33

Frank 发表于 2020-6-15 07:25
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpca.9b04920 欢迎阅读、引用、comment

谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-15 22:44:07

wuzhiyi 发表于 2020-6-15 03:16
- In ORCA 4.0 Grimme's quasi-RRHO approach for low energy frequencies has been implemented where fre ...

是没有关系

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-6-19 18:44:12

不知道sob老师有没有计划根据http://bbs.keinsci.com/thread-3805-1-1.html来让Shermo自动矫正ZPE？比如写-sclZPE 不加任何参数就是自动查表矫正？

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-21 02:51:38

wuzhiyi 发表于 2020-6-19 18:44
不知道sob老师有没有计划根据http://bbs.keinsci.com/thread-3805-1-1.html来让Shermo自动矫正ZPE？比如写- ...

没有
因为同一个级别往往有不同校正因子来源，而且从输出文件里准确判断计算级别、匹配内置数据并不容易，很可能判断错误，造成结果无意义。这种自动匹配太危险了，得不偿失。

FETEYA · 发表于 Post on 2020-6-27 10:59:38

sob老师,我现在要计算高真空(0.01 mm 汞柱)下的分子平衡结构和过渡态的自由能,请问您的程序可以计算吗?计算高真空环境下的自由能还有什么需要注意的事情吗?

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-27 18:12:57

FETEYA 发表于 2020-6-27 10:59
sob老师,我现在要计算高真空(0.01 mm 汞柱)下的分子平衡结构和过渡态的自由能,请问您的程序可以计算吗?计算 ...

压力对结构没有影响，看
谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响
http://sobereva.com/423（http://bbs.keinsci.com/thread-10159-1-1.html）

对于自由能的影响，就照常设压力即可，没什么特殊的。

FETEYA · 发表于 Post on 2020-6-27 22:17:39

sobereva 发表于 2020-6-27 18:12
压力对结构没有影响，看
谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响
http://sobereva.co ...

谢谢老师解答

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