使用vmd批量渲染cube文件的tcl脚本vcube 更新2.0版

CrysLantZ · 发表于 Post on 2020-7-28 22:02:28

棒！第一时间下载

TDHFjiang · 发表于 Post on 2020-7-29 20:17:19

因为不确定你的cub是什么类型，vcube会做一个判断，这时如果想修改isovalue, 把vcube.tcl 里面默认的 0.01 -0.01 ，改成你需要的大小，绘图较多的时候就不需要每次进行修改，如果你的cub类型可以被识别，修改相应的iso就可以。

exity · 发表于 Post on 2020-7-31 15:20:09

本帖最后由 exity 于 2020-7-31 15:42 编辑

建议添加功能
不直接调用tachyon进行高清图片渲染，而是输出同名dat文件，即tachyon渲染要调用的文件
然后就能把这些文件发送到大型服务器上渲染了。
这样就能实现笔记本上进行调节，服务器上高速渲染的目的了。比如用 vrender -silm 命令可以不输出图片，直接批量输出dat文件。
还建议可以根据不同cub类型设置不同的isovalue，例如总电子密度一般使用等值面值比较好，不然渲染出来就太胖了。而其他实体空间函数的等值面一般会使用比较小的值，但是往往这些会放在一起渲染的。
PS:此脚本真心好用，钟老师给力，最近还在B站看你的课。希望钟老师在将来能分享更多精品内容。

ggdh · 发表于 Post on 2020-7-31 21:28:06

本帖最后由 ggdh 于 2020-7-31 21:31 编辑

exity 发表于 2020-7-31 15:20
建议添加功能
不直接调用tachyon进行高清图片渲染，而是输出同名dat文件，即tachyon渲染要调用的文件
然 ...

谢谢，你的建议挺好的
在服务器上渲染的问题目前就可以解决
vrender之后
脚本问你是否立刻渲染，这时候输入n，可以不渲染，而是打开VCUBE文件夹，里面有所有的dat文件和一个bat文件。
你需要1.把这个VCUBE文件夹上传到服务器上，2.把renderall.bat文件中的tachyon命令改成linux下tachyon命令，比如我的是/home/zc/vmd194/lib/vmd/tachyon_LINUXAMD64，然后运行sh renderall.bat 就行了
不过这么操作还是比较麻烦，下个版本我会让renderall.bat智能一点，在linux不用修改直接自动运行就好。

关于不同的cub不同的iso，有下面几种方法。
最方便的方法（也就是我自己常用的）是根据不同的cub文件名设置不同的iso，目前的脚本是根据cub文件名的后三个字母（至于是哪三个字母见楼上的截图）判断cube的类型从而设置默认的iso。马上发布的MCubeGen 可以产生自动带后缀cube，被vcube识别。
第二种方法就是用viso 0.02 -0.02 1,2,3，可以给特定的分子(这里是1,2,3)设iso。
第三个方法就是按下键盘上的f，这时候切换到局域调节功能，此时按下q e 调节iso，可以只调节当前分子的iso。

不过我觉得还有个问题就是不同类型的cub其实需要不同的style。
但是目前的style调整只能是全局的，针对不同的分子使用不同的style在后续的开发计划中。

exity · 发表于 Post on 2020-8-1 06:42:02

ggdh 发表于 2020-7-31 21:28
谢谢，你的建议挺好的
在服务器上渲染的问题目前就可以解决
vrender之后

非常感谢，原来我提出的都是已经实现的功能。
昨天还自己手动，一张一张的输出dat了。

slxc920113 · 发表于 Post on 2020-8-4 00:49:10

服务器没有显卡可以渲染么？

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2020-8-4 02:25:25

ggdh 发表于 2020-7-31 21:28
谢谢，你的建议挺好的
在服务器上渲染的问题目前就可以解决
vrender之后

钟老师，有个问题想请教一下，这个脚本用于Windows 10上WSL1里面的VMD时，有没有什么需要特别修改的地方？（我是用WSL里面装VMD来规避2GB这个限制的。）

ggdh · 发表于 Post on 2020-8-4 08:22:08

slxc920113 发表于 2020-8-4 00:49
服务器没有显卡可以渲染么？

可以，一般服务器核心多，渲染的快一些

ggdh · 发表于 Post on 2020-8-4 08:25:53

本帖最后由 ggdh 于 2020-8-4 09:46 编辑

Daniel_Arndt 发表于 2020-8-4 02:25
钟老师，有个问题想请教一下，这个脚本用于Windows 10上WSL1里面的VMD时，有没有什么需要特别修改的地方 ...

这个我没有试过，只要你能解决WSL里面的vmd显示问题，那应该就没有问题，你试试看把，有没有问题都反馈一下哈。

wgg1181543722 · 发表于 Post on 2020-8-4 17:34:08

给力

hzzhang68 · 发表于 Post on 2020-8-12 13:25:51

值得认真学习！

ghifi37 · 发表于 Post on 2020-8-22 19:06:23

楼主给力！
就是我用Linux系统时，只有vmd/plugins/noarch/tcl/vmdlite1.1里有vmd.rc文件，我添加相应内容后没用；然后在bin或者lib的vmd里建vmd.rc，vmd启动时都没加载vcube，我只能通过手动加载。请问Linux要在vmd的什么路径放vmd.rc？

ghifi37 · 发表于 Post on 2020-8-23 09:27:13

ghifi37 发表于 2020-8-22 19:06
楼主给力！
就是我用Linux系统时，只有vmd/plugins/noarch/tcl/vmdlite1.1里有vmd.rc文件，我添加相应内容 ...

找到社长的 http://bbs.keinsci.com/thread-16834-1-1.html 文章，里面有相关说明了：

对于Linux版来说，这个文件叫.vmdrc，VMD会先在当前目录下搜索，没有的话就去找~/.vmdrc，还没有的话去找$VMDDIR/.vmdrc（这里$VMDDIR环境变量是没有预先定义的），如果还找不到此文件，就会用默认设置。Linux下的.vmdrc文件是事先不存在的，一般都是在用户目录下自行创建。

欢乐多 · 发表于 Post on 2020-8-23 22:28:32

楼主您好，一个文件中好多个构象如何让VMD同时显示这些结构？谢谢！

ggdh · 发表于 Post on 2020-8-24 20:32:53

欢乐多发表于 2020-8-23 22:28
楼主您好，一个文件中好多个构象如何让VMD同时显示这些结构？谢谢！

你是一个cube文件中有多个结构文件么？

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[建模与可视化] 使用vmd批量渲染cube文件的tcl脚本vcube 更新2.0版