使用vmd批量渲染cube文件的tcl脚本vcube 更新2.0版

ggdh · 发表于 Post on 2022-4-16 23:20:00

本帖最后由 ggdh 于 2022-4-16 23:21 编辑

Michem_ai 发表于 2022-4-16 22:53
有没有办法在vmd里对所有结构进行图层统一处理呀

什么意思啊目前有个vapply 函数可以自己写个脚本放到styles目录下然后用vapply 函数调用这个脚本

ggdh · 发表于 Post on 2022-4-18 23:07:52

Michem_ai 发表于 2022-4-16 22:53
有没有办法在vmd里对所有结构进行图层统一处理呀

可以把批处理的脚本放到一个新建立的stl文件中
或者
放到scripts目录中,用vapply 对所有分子应用

PESPES · 发表于 Post on 2022-4-20 10:33:42

果然，程序是第一生产力，会爱上绘图了

neocc · 发表于 Post on 2022-6-11 23:33:06

本帖最后由 neocc 于 2022-6-11 23:35 编辑

ggdh 发表于 2022-1-1 23:01
你好像是要对多个cube文件做图把?好像现在用vcube就直接可以啊?为啥还要自己写脚本如果是sob的某些风格我 ...

现在已经搞清楚IRI报错的问题了，谢谢楼主的vcube，能否将原子配色自定义呢？比方说预制gv6、MS和Vesta的原子配色

tuzhidingdong · 发表于 Post on 2022-6-12 09:52:38

优秀啊

ggdh · 发表于 Post on 2022-6-15 21:23:26

neocc 发表于 2022-6-11 23:33
现在已经搞清楚IRI报错的问题了，谢谢楼主的vcube，能否将原子配色自定义呢？比方说预制gv6、MS和Vesta的 ...

后续版本会加入
首先需要分离分子风格和cube风格

zsu007 · 发表于 Post on 2022-6-15 22:17:48

谢谢楼主的分享！

LIWENHAI · 发表于 Post on 2022-10-8 19:25:33

ggdh 发表于 2020-7-27 15:13
一般都是你在命令窗口输入了任何东西，但是没有按回车，又切换回图形窗口，就会出现这种情况。
此时，切 ...

你好，老师，想请问您搭配得几种莫兰迪色的设置具体参数？

zilaaa · 发表于 Post on 2023-7-18 17:00:02

要怎么设置不显示氢原子呢

lljj · 发表于 Post on 2024-1-20 12:40:11

谢谢分享

cokie · 发表于 Post on 2024-1-21 14:48:58

zilaaa 发表于 2023-7-18 17:00
要怎么设置不显示氢原子呢

not element H

乐平 · 发表于 Post on 2024-1-21 15:02:12

LIWENHAI 发表于 2022-10-8 19:25
你好，老师，想请问您搭配得几种莫兰迪色的设置具体参数？

参数都在 styles 文件夹里，morandi-red.stl, morandi-orange.stl, morandi-green.stl, morandi-blue.stl

rugals · 发表于 Post on 2024-4-6 18:26:57

钟老师好，有几个问题请教下：
1 renderall.sh中tachyon渲染的设置是从哪儿获得的？怎么添加诸如-res 1920 1080 -mediumshade等渲染参数？
2 stl文件中原子球和等值面的材质是如何确定的？a和b又是什么？我能不能在这里直接设置原子球和等值面的材质为opaque、glossy等？
3 vcube在超算上如何提交作业？例如我要渲染10个cube，是不是将vcube、vrender等命令写到txt里通过管道导入vmd里？中间的RenderNow要怎么处理？

biancheng159 · 发表于 Post on 2024-4-16 16:31:53

本帖最后由 biancheng159 于 2024-4-16 16:33 编辑

钟老师，这个脚本还在更新么？

biancheng159 · 发表于 Post on 2024-4-16 16:32:07

本帖最后由 biancheng159 于 2024-4-16 16:34 编辑

最近使用时有个问题:多个cub分别调整视图（例如旋转、放大缩小）后，如何保持其各自独立性或同时动作？
目前是各层分子放大缩小是独立的，但旋转是关联的（因为旋转是临时性的坐标系统旋转，不是各分子实际位置旋转）

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[建模与可视化] 使用vmd批量渲染cube文件的tcl脚本vcube 更新2.0版