使用vmd批量渲染cube文件的tcl脚本vcube 更新2.0版

ananbaby2309 · 发表于 Post on 2021-11-13 07:41:08

谢谢精彩分享！请问下有视频链接？想看下EPS的效果图

maximos · 发表于 Post on 2021-11-13 17:24:03

Dear ggdh,
Is it possible to create my our customized color scale in VMD ?

ggdh · 发表于 Post on 2021-11-13 20:11:59

本帖最后由 ggdh 于 2021-11-13 20:13 编辑

maximos 发表于 2021-11-13 17:24
Dear ggdh,
Is it possible to create my our customized color scale in VMD ?

Yes, you could create custmomized color scale
for example, In vmd 1.9.3:

color scale colors BWR 28 29 30 #this change BWR colar scale to three color with id of 28 29 30
color change rgb 28 1.0 1.0 0.0 #this change color id 28 to yellow
color change rgb 29 0.0 1.0 1.0 #this change color id 29 to cyan
color change rgb 30 1.0 0.0 1.0 #this change color id 30 to magenta

复制代码

the above tcl command customized BWR bar to yellow-cyan-magenta scale
Note that in vmd 1.9.3 the color scale bar is composed by no more than three colors
And in vmd 1.9.4 there are coloe scale with more than three colors, such as CET_C6 CET_R2
However these advanced colour scales seems not customizable

neocc · 发表于 Post on 2022-1-1 20:05:34

本帖最后由 neocc 于 2022-1-1 20:10 编辑

钟老师可以拓展vcube的功能么？比如说导入sob老师单个文件的vmd模板，然后批量输出ELF，RDG，LOL（IGMH，IRI）等值面等值面。

按照sob老师第200篇博文的tcl模板，自己改写了598博文里面的IRIfill.vmd用来批量出图，第一个等值面可以正常渲染出图，下一个就报错，麻烦您看看问题出在哪？

报错如下：

Illegal molecule specification '0': Could not find molecule '0'. mol operates on one molecule only.

复制代码

isoall-IRI.tcl代码：

set isoval 1.0
axes location Off
for {set i 1} {$i<=100} {incr i} {
set name IRCsplit[format %04d $i]
puts "Processing func1-$name.cub and func2-$name.cub ..."
mol new func1-$name.cub
mol addfile func2-$name.cub
rotate x by 180
rotate z by -30
translate by 0.000000 0.00000 0.000000
mol delrep 0 top
mol representation CPK 1.0 0.3 18.0 16.0
mol addrep top
mol representation Isosurface $isoval 1 0 0 1 1
mol color Volume 0
mol addrep top
mol scaleminmax top 1 -0.04 0.02
mol modstyle 0 0 CPK 0.700000 0.300000 18.000000 16.000000
color scale midpoint 0.666
color scale method BGR
color Display Background white
axes location Off
display depthcue off
display rendermode GLSL
light 3 on
color Element N iceblue
mol modcolor 0 0 Element
scale to 1.0
render snapshot IRI-$name.bmp
mol delete top
}

复制代码

ggdh · 发表于 Post on 2022-1-1 23:01:32

本帖最后由 ggdh 于 2022-1-1 23:03 编辑

neocc 发表于 2022-1-1 20:05
钟老师可以拓展vcube的功能么？比如说导入sob老师单个文件的vmd模板，然后批量输出ELF，RDG，LOL（IGMH，IR ...

你好像是要对多个cube文件做图把?好像现在用vcube就直接可以啊?为啥还要自己写脚本如果是sob的某些风格我默认没有,你创建相应的风格配置文件就行了

pinpo · 发表于 Post on 2022-1-2 16:40:49

谢谢楼主分享

丁越 · 发表于 Post on 2022-3-9 17:19:19

钟叔，我请教下vcube.tcl中这个语法是怎么用的呀：proc ::vcube::vreset {args} {body}，查了一圈没找到这种的

钟叔大法确实高深莫测

exity · 发表于 Post on 2022-4-9 18:34:19

钟老师，vcube怎么引用？

ggdh · 发表于 Post on 2022-4-10 22:04:19

exity 发表于 2022-4-9 18:34
钟老师，vcube怎么引用？

没有文章啊要么引用网址把

https://gitee.com/coordmagic/vmwfn

ggdh · 发表于 Post on 2022-4-10 22:05:16

丁越发表于 2022-3-9 17:19
钟叔，我请教下vcube.tcl中这个语法是怎么用的呀：proc ::vcube::vreset {args} {body}，查了一圈没找到这 ...

这个就是命名空间
给vmd写插件一般都要单独设一个命名空间, 防止不同插件之间的函数名/变量名重复而发生冲突

乐平 · 发表于 Post on 2022-4-11 23:06:50

本帖最后由乐平于 2022-4-12 05:21 编辑

钟老师好！
我在 Linux 系统下按照 http://bbs.keinsci.com/thread-18745-2-1.html 帖子里产生 ESP 的cube 文件

MCubeGen.py -n 16 -m 64GB -c den,esp -g 3 *.fchk

复制代码

但是 top 查看进程，cubegen 只有单核计算，导致计算速度很慢。
确认了 Multiwfn 的 settings.ini 已经设置了 nthreads= 16，~/.bashrc 也设置好了
请问如何处理呢？

-----------------------------------
我在 Windows 10 下自己的笔记本上运行没问题。

MCubeGen.py -n 6 -m 2GB -c den,esp -g 3 *.fchk

复制代码

能看到 CPU 是 6 核心并行运行 cubegen.exe

乐平 · 发表于 Post on 2022-4-12 11:21:09

本帖最后由乐平于 2022-4-12 07:17 编辑

乐平发表于 2022-4-11 17:06
钟老师好！
我在 Linux 系统下按照 http://bbs.keinsci.com/thread-18745-2-1.html 帖子里产生 ESP 的cube ...

---------------------------------------

另外，我发现 vcube 2.0 （在 Ubuntu 20.04 LTS）用 vmd 显示 ESP 时候会出现结构和静电势不匹配的 bug，而且结构居然也乱了…… 如下图所示

当然，并不是所有的结构和 ESP 都不匹配。(前天测试了绘制分子轨道，没有问题）

由于 .cub 文件比较大，不方便上传在论坛上……
p.s. 用 Sob 老师的批处理 .bat 脚本，并不会出现上述结构和静电势不匹配的情况，结构也不会乱。

---------------
p.s. 在 Windows 10 下运行 MCUbeGen.py 对同一系列结构的 .fchk 计算获得 .cub 文件，再用 vcube 2.0 在 vmd 中显示 ESP 没有问题。
很奇怪……

乐平 · 发表于 Post on 2022-4-12 13:29:30

另外，关于各元素颜色的建议。

我尝试在 styles 中调用如论坛帖子 http://bbs.keinsci.com/thread-21406-1-1.html 中的 JmolColor.tcl ，也就是在 styles 文件夹中各个 .stl (mstl) 文件最后添加

source {/MY_DIR/JmolColor.tcl}

复制代码

然后注释掉 color Element XXX 以及 color change xxx 的内容。

但是再次启动 vmd 后，无法加载样式的颜色。不知如何能实现？谢谢！

Michem_ai · 发表于 Post on 2022-4-16 15:07:42

老师，您好，1.3版本能用，2.0版本不能用。是安装方法不对么。系统是win10，vmd是1.9.3版本

Michem_ai · 发表于 Post on 2022-4-16 22:53:31

有没有办法在vmd里对所有结构进行图层统一处理呀

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[建模与可视化] 使用vmd批量渲染cube文件的tcl脚本vcube 更新2.0版

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