请问在dmol3中，这种消除虚频的办法是如何实施的？

zyj19831206

如图所示，展示的是如何消除dmol3计算所得到的虚频，但是看了半天还是没有看懂，到底是如何操作的？？？

卡开发发

这么麻烦。。。

1、直接看tools的vib analysis，然后看vib mode里面振动是负频率的是哪两个原子对；
2、到计算得到的xsd文件中measure一下键长；
3、选中键长，在propertis的栏中将length放大振动坐标的0.3~0.5；
4、不使用原来的Hessian重新优化。

不恰当的精度及收敛标准也会导致虚频，所以可以提升计算精度（积分格点、多极展开等）。比如使用GDIIS也可以尝试，对于DMol3只能在直角坐标下使用。详细也可以参考http://sobereva.com/278，虽然不能像Gaussian使用calcall。

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-19 19:14
这么麻烦。。。

1、直接看tools的vib analysis，然后看vib mode里面振动是负频率的是哪两个原子对；

老兄，你是哪里得到这种消除虚频方式啊？？？这种方式是不是对任何体系都有效果？

卡开发发

zyj19831206 发表于 2015-11-19 19:35
老兄，你是哪里得到这种消除虚频方式啊？？？这种方式是不是对任何体系都有效果？

和教程上的原理一样，就是做做微调，只是他那种操作方法太繁琐。上面那里写得有点问题，是振动坐标的0.3~0.5，现在改过来了。
后来想了想，还有更懒的办法，vib analysis之后双击负频率的mode出现轨迹，然后把振动到一半的结构存下来拷贝下来拿去继续算。

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-19 19:57
和教程上的原理一样，就是做做微调，只是他那种操作方法太繁琐。上面那里写得有点问题，是振动坐标的0.3~ ...

不使用原来的hessian是什么意思？？？

卡开发发

zyj19831206 发表于 2015-11-19 21:25
不使用原来的hessian是什么意思？？？

就是勾选Use starting Hessian，否则Hessian的initial guess会读取原来的结果。

smutao

放到高斯里消完了再放ms里

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-19 21:28
就是勾选Use starting Hessian，否则Hessian的initial guess会读取原来的结果。

兄弟，比如说，我计算的这个过渡态有两个虚频，应该怎么通过这种方式去消除？你能将具体操作做成图片发上来吗？多谢多谢，听你那么说，还是有点迷糊

卡开发发

zyj19831206 发表于 2015-11-20 11:15
兄弟，比如说，我计算的这个过渡态有两个虚频，应该怎么通过这种方式去消除？你能将具体操作做成图片发上 ...

过渡态的虚频应该通过过渡态优化来消除，原理是本征值跟踪法http://sobereva.com/44

卡开发发

zyj19831206 发表于 2015-11-20 11:15
兄弟，比如说，我计算的这个过渡态有两个虚频，应该怎么通过这种方式去消除？你能将具体操作做成图片发上 ...

你的三个文件又是都一样的。

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-20 19:54
你的三个文件又是都一样的。

不一样的，你看文件大小都不同

卡开发发

zyj19831206 发表于 2015-11-20 22:19
不一样的，你看文件大小都不同

pr和re一样，不过我猜到啥反应了，我试试看，稍后。
对了，计算参数好像没说吧。

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-20 22:47
pr和re一样，不过我猜到啥反应了，我试试看，稍后。
对了，计算参数好像没说吧。

Gga和pbe

卡开发发

zyj19831206 发表于 2015-11-21 00:26
Gga和pbe

气态反应？

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-21 00:36
气态反应？

是天然产物有机反应，我就是纳闷虚频这么多，到底怎么消除？