请问在dmol3中，这种消除虚频的办法是如何实施的？

zyj19831206 · 发表于 Post on 2015-11-23 08:22:15

卡开发发发表于 2015-11-21 19:30
哦，product的结构看来我会错意了，我重新做一下看看。

兄弟，可计算好了？

卡开发发 · 发表于 Post on 2015-11-23 08:45:38

zyj19831206 发表于 2015-11-23 08:22
兄弟，可计算好了？

还没，手头的服务器是老Xeon的，主频也不高，算频率41原子大约6个小时。还有，尝试了两个构象都失败了，H转移的距离有点长。

你那个模型搭建有点问题，有机化学当中楔形模型虚线键朝纸面内，实线朝外。

zyj19831206 · 发表于 Post on 2015-11-23 10:24:56

卡开发发发表于 2015-11-23 08:45
还没，手头的服务器是老Xeon的，主频也不高，算频率41原子大约6个小时。还有，尝试了两个构象都失败了，H ...

是不是得完全按照书本那个RS构型才能计算的出来？

卡开发发 · 发表于 Post on 2015-11-23 11:32:30

zyj19831206 发表于 2015-11-23 10:24
是不是得完全按照书本那个RS构型才能计算的出来？

那是肯定的，要不然算的都不是同一个反应。还有，要接近真实环境，还得看反应是否在溶剂中进行，必要的话溶剂化应当考虑。

zyj19831206 · 发表于 Post on 2015-11-23 13:11:23

卡开发发发表于 2015-11-23 11:32
那是肯定的，要不然算的都不是同一个反应。还有，要接近真实环境，还得看反应是否在溶剂中进行，必要的话 ...

是不是指向不同，导致的过渡态能量会有所不同。

卡开发发 · 发表于 Post on 2015-11-23 13:34:50

zyj19831206 发表于 2015-11-23 13:11
是不是指向不同，导致的过渡态能量会有所不同。

对于R、S不同的结构，这种根本不是构象上的不同，也就是说，根本就不是同一个物质了。这种反应性上的差异可以很不同。

zyj19831206 · 发表于 Post on 2015-11-24 14:09:59

卡开发发发表于 2015-11-23 13:34
对于R、S不同的结构，这种根本不是构象上的不同，也就是说，根本就不是同一个物质了。这种反应性上的差异 ...

兄弟计算好，可以发上来，大家可以都看得到，

卡开发发 · 发表于 Post on 2015-11-24 14:24:33

zyj19831206 发表于 2015-11-24 14:09
兄弟计算好，可以发上来，大家可以都看得到，

还在算，得稍等，有些构型在尝试，也有可能做不出。

zyj19831206 · 发表于 Post on 2015-11-24 14:48:21

卡开发发发表于 2015-11-24 14:24
还在算，得稍等，有些构型在尝试，也有可能做不出。

应该能算出来的，书本上用gaussian计算出来了。。

卡开发发 · 发表于 Post on 2015-11-24 14:55:09

zyj19831206 发表于 2015-11-24 14:48
应该能算出来的，书本上用gaussian计算出来了。。

先看看，也有可能某些C原子R or S猜的不对，那个结构有些地方信息不全。

卡开发发 · 发表于 Post on 2015-11-25 09:48:39

zyj19831206 发表于 2015-11-24 14:48
应该能算出来的，书本上用gaussian计算出来了。。

我很怀疑书上的压根没跑IRC验证一下。我跑了几天，试了几种方案，虽然降低搜索过程RMS force的标准，但是个人觉得搜索到的TS应该不可靠，TS opt做下来displacement根本收敛不了。

首先先说一下前面的问题，有机化学里面楔形模型一头大一头小的实线表示键是纸面朝外的，虚线则纸面朝里。

按照这个原则构建了模型（为了消除不同版本xsd打不开的问题，我还是转换成了car文件，如果还有问题我可以再想办法上传）：

ts.car (3.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

re.car (3.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

pr.car (3.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)
一开始我大致认为H的转移距离就太长了，其中O的转移距离达到3A，H的转移则已经是5A。

计算的方法我采用的是PBE-D/DNP(v3.5)，修改多极展开为16，截断半径采用4.5A，其余的收敛标准积分精度等使用的是默认的fine。对于过渡态搜索，采用了LST/QST，fine和medium没做出来，coarse能够得到一个结构，该结构进行过频率计算，确实仅有一个虚频在-200左右，能垒为75kcal/mol。但该结构进行TS opt是做不出来的，TS confirmation我没做，估计也没戏。

整个过程也没有什么太多可圈可点的地方，整个过程处理的不算成功，视频就不录了。如果大家愿意尝试使用Gaussian来验证一下也行，目测应该不会是泛函导致的差异。

zyj19831206 · 发表于 Post on 2015-11-25 11:09:50

卡开发发发表于 2015-11-25 09:48
我很怀疑书上的压根没跑IRC验证一下。我跑了几天，试了几种方案，虽然降低搜索过程RMS force的标准，但是 ...

用精度高的无法搜索出过渡态？

卡开发发 · 发表于 Post on 2015-11-25 11:13:10

zyj19831206 发表于 2015-11-25 11:09
用精度高的无法搜索出过渡态？

我没等到5个QST的cycle全部走完。

zyj19831206 · 发表于 Post on 2015-11-25 16:07:33

卡开发发发表于 2015-11-25 11:13
我没等到5个QST的cycle全部走完。

看来就算是完全照着文献和书，搜索不出来的过渡态还是一大堆，是不是这些人写文献的时候，细节没说清楚呢？导致我们重复不出来？？

卡开发发 · 发表于 Post on 2015-11-25 17:09:26

zyj19831206 发表于 2015-11-25 16:07
看来就算是完全照着文献和书，搜索不出来的过渡态还是一大堆，是不是这些人写文献的时候，细节没说清楚呢 ...

有些书比较扯，有些不太好的文献尽可能别看。我把溶剂化效应加上看看对结构有啥影响没有。

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