请问在dmol3中，这种消除虚频的办法是如何实施的？

卡开发发

zyj19831206 发表于 2015-11-21 09:59
是天然产物有机反应，我就是纳闷虚频这么多，到底怎么消除？

你拿来的两个构型看了下都没进行优化，后来我就优化了一下反应物和产物构型。估计产物的构型够呛能形成得了，O……H的距离实在太近。

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-21 10:09
你拿来的两个构型看了下都没进行优化，后来我就优化了一下反应物和产物构型。估计产物的构型够呛能形成得 ...

我都是直接在ts search 中优化的，这样不好吗？

卡开发发

zyj19831206 发表于 2015-11-21 10:24
我都是直接在ts search 中优化的，这样不好吗？

最好别这样，有时候如果我们都没办法预判反应物或产物构型是否存在，这样搜索过渡态就没有意义了。

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-21 10:39
最好别这样，有时候如果我们都没办法预判反应物或产物构型是否存在，这样搜索过渡态就没有意义了。

兄弟，你能把调节虚频的过程用图片表示出来吗？或者一个视频？

卡开发发

zyj19831206 发表于 2015-11-21 14:01
兄弟，你能把调节虚频的过程用图片表示出来吗？或者一个视频？

有特定的结构吗？

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-21 14:45
有特定的结构吗？

就是上面发的那个结构。。。

卡开发发

zyj19831206 发表于 2015-11-21 16:15
就是上面发的那个结构。。。

那个做不出，可能没有那个反应，H转移到C上的构型优化后还是会回到O。

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-21 16:28
那个做不出，可能没有那个反应，H转移到C上的构型优化后还是会回到O。

那老兄，你发个你自己做过的反应吧，是怎么将虚频调节掉的过程，多谢！！！

卡开发发

zyj19831206 发表于 2015-11-21 17:40
那老兄，你发个你自己做过的反应吧，是怎么将虚频调节掉的过程，多谢！！！

我常用的方法就是升高数值计算的精度，有时候转到直角坐标使用GDIIS也能够解决问题。至于过渡态，TS opt一般能够解决问题。

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-21 17:43
我常用的方法就是升高数值计算的精度，有时候转到直角坐标使用GDIIS也能够解决问题。至于过渡态，TS opt ...

每次我一 ts opt就把所有的虚频都消除了，不知道是为什么？

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-21 17:43
我常用的方法就是升高数值计算的精度，有时候转到直角坐标使用GDIIS也能够解决问题。至于过渡态，TS opt ...

我所计算的就是反应1的过渡态。

卡开发发

zyj19831206 发表于 2015-11-21 18:22
我所计算的就是反应1的过渡态。

哦，product的结构看来我会错意了，我重新做一下看看。

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-21 19:30
哦，product的结构看来我会错意了，我重新做一下看看。

兄弟，你把你的操作过程都写出来啊，我是新手，虽然例子看了很多，但是实际操作有时候还是很模糊。

卡开发发

zyj19831206 发表于 2015-11-21 20:17
兄弟，你把你的操作过程都写出来啊，我是新手，虽然例子看了很多，但是实际操作有时候还是很模糊。

行，要是能把这个反应做出来的话我做成视频，Dmol3用有限差分的方法计算频率有点慢，稍后。

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-22 07:47
行，要是能把这个反应做出来的话我做成视频，Dmol3用有限差分的方法计算频率有点慢，稍后。

好的，多谢兄弟！