请问在dmol3中，这种消除虚频的办法是如何实施的？

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-25 17:09
有些书比较扯，有些不太好的文献尽可能别看。我把溶剂化效应加上看看对结构有啥影响没有。

我用了你上传的结构，依然搜索不出过渡态。

卡开发发

zyj19831206 发表于 2015-11-25 18:31
我用了你上传的结构，依然搜索不出过渡态。

按照我的精度做应该可以做出来。溶剂化加上也不行，结果半斤八两。

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-25 18:38
按照我的精度做应该可以做出来。溶剂化加上也不行，结果半斤八两。

的确还是搜索不出来，有机化合物就是rs麻烦，你把你搜索过程曲线给我看看，然后把那个虚频振动方向传上来给我看看

卡开发发

zyj19831206 发表于 2015-11-25 20:24
的确还是搜索不出来，有机化合物就是rs麻烦，你把你搜索过程曲线给我看看，然后把那个虚频振动方向传上来 ...

搜索过程RMS force的收敛标准设定比较低（coarse），所以只是经过LST就结束了，虚频只有一个，但方向明显不对。

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-26 04:02
搜索过程RMS force的收敛标准设定比较低（coarse），所以只是经过LST就结束了，虚频只有一个，但方向明显 ...

感觉搜索曲线不算对称啊，是不是对称会更好点？

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-26 04:02
搜索过程RMS force的收敛标准设定比较低（coarse），所以只是经过LST就结束了，虚频只有一个，但方向明显 ...

你是怎么消虚频的，能演示看看吗，怎么选取长度，怎么除以2或者3？

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-26 04:02
搜索过程RMS force的收敛标准设定比较低（coarse），所以只是经过LST就结束了，虚频只有一个，但方向明显 ...

还是搜索不出来啊，

卡开发发

zyj19831206 发表于 2015-11-26 10:33
还是搜索不出来啊，

用我给的计算参数试试看，不行就私下聊。

卡开发发

zyj19831206 发表于 2015-11-26 09:55
你是怎么消虚频的，能演示看看吗，怎么选取长度，怎么除以2或者3？

没消，搜出来就那样的。

zyj19831206

卡开发发 发表于 2015-11-25 09:48
我很怀疑书上的压根没跑IRC验证一下。我跑了几天，试了几种方案，虽然降低搜索过程RMS force的标准，但是 ...

你选择这些参数都是看文献的，还是自己的经验？？？

卡开发发

zyj19831206 发表于 2015-11-29 13:17
你选择这些参数都是看文献的，还是自己的经验？？？

懂点理论，你就知道怎么设置了，有时候不好的文献反而有误导作用。

caofan_success

卡开发发 发表于 2015-11-29 20:08
懂点理论，你就知道怎么设置了，有时候不好的文献反而有误导作用。

看了整个帖子，佩服二位的科研精神！

tianyongpan

卡开发发 发表于 2015-11-19 19:14
这么麻烦。。。

1、直接看tools的vib analysis，然后看vib mode里面振动是负频率的是哪两个原子对；

老兄，怎么看vib mode里面振动是负频率的是哪两个原子对啊？！多谢

tianyongpan

tianyongpan 发表于 2018-4-13 09:34
老兄，怎么看vib mode里面振动是负频率的是哪两个原子对啊？！多谢

振动坐标的0.3~0.5是啥意思，小白一个，多谢！

14wqlin

卡开发发 发表于 2015-11-19 19:57
和教程上的原理一样，就是做做微调，只是他那种操作方法太繁琐。上面那里写得有点问题，是振动坐标的0.3~ ...

你好，怎么把振动到一半的结构存下来拷贝下来，我将轨迹xtd文件振动到一半的结构另存为car文件，看到原子坐标跟原来的结构是一样的，就算继续算虚频还是跟原来的结构一样