谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算

quantumlink · 发表于 Post on 2022-5-15 13:50:40

sobereva 发表于 2022-5-14 11:36
这就是我文中说的“一种粗略但比较省事的计算溶剂下焓或自由能的方法”

嗯嗯好的谢谢sob老师解答

mfdsrax2 · 发表于 Post on 2022-6-4 14:14:40

请问一下算反应机理过程中，一个物种用了溶剂模型，那么所有的物种都得用吗？能在不同的物种上用不同的溶剂吗？

WaterMirror · 发表于 Post on 2022-6-4 14:20:58

mfdsrax2 发表于 2022-6-4 14:14
请问一下算反应机理过程中，一个物种用了溶剂模型，那么所有的物种都得用吗？能在不同的物种上用不同的溶剂 ...

不可以溶剂模型相当于计算方法，必须一致

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-6-4 16:32:08

mfdsrax2 发表于 2022-6-4 07:14
请问一下算反应机理过程中，一个物种用了溶剂模型，那么所有的物种都得用吗？能在不同的物种上用不同的溶剂 ...

一般必须统一，例外是如果你本来研究的就是两相过程，这时不用统一。比如计算辛醇/水分配系数，可以用辛醇里的自由能和水里的自由能相减。另一个例子是计算气体的溶解度，可以用溶剂里的自由能和气相的自由能相减。

Lym · 发表于 Post on 2022-8-2 09:31:40

本帖最后由 Lym 于 2022-8-2 13:11 编辑

老师，您好！

可以计算激发态下的吉布斯自由能变嘛？，如果考虑了显性溶剂，此时这个显性溶剂是不是也应该是激发态下的呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-3 04:10:40

Lym 发表于 2022-8-2 09:31
老师，您好！

可以计算激发态下的吉布斯自由能变嘛？，如果考虑了显性溶剂，此时这个显性溶剂是不是也应 ...

可以

一般方式做激发态计算是对于整体而言的（除非用诸如背景电荷、片段有效势之类描述周围溶剂分子。到底算出来的激发态涉及什么分子的激发，有没有诸如溶质-溶剂间电荷转移等情况出现，需要用Multiwfn做空穴-电子分析等方式考察得到的激发态，没法自己指定只对哪些部分考虑激发
使用Multiwfn做空穴-电子分析全面考察电子激发特征
http://sobereva.com/434（http://bbs.keinsci.com/thread-10775-1-1.html）

Lym · 发表于 Post on 2022-8-11 03:39:31

本帖最后由 Lym 于 2022-8-11 09:24 编辑

老师，激发态下计算自由能的时候，是不是对应下面溶解自由能和气相下的的自由能的能量都应该在模板上加td？但是不知道为什么，在电脑上总是算的算的就不报错，然后就结束任务了
(2) td m062x/def2TZVP
(3)td M052X/6-31G*
(4)td M052X/6-31G* scrf(SMD,solvent=ethanol)

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-11 06:47:42

Lym 发表于 2022-8-11 03:39
老师，激发态下计算自由能的时候，是不是对应下面溶解自由能和气相下的的自由能的能量都应该在模板上加td？ ...

“算的算的就不报错”病句

Q：Gaussian任务没有报错，但是却停了怎么办？
A：有以下可能原因
1 巧合。尝试重算，或者尝试其它也能达到类似目的的关键词
2 Gaussian的bug。尝试其它版本或其它平台的Gaussian
3 当前Gaussian版本和运行环境有兼容性问题。尝试其它版本或其它平台的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版Linux再试，对于Windows把各种安全防护程序都关掉再试。也尝试指定不同的核数和内存使用量再试。或者换成其它机子
4 任务被bad people杀了。重算，并找管理员告状

另外，M06-2X算激发态通常是不好的选择，几乎总是高估激发能（除非算三重态激发能）

Lym · 发表于 Post on 2022-8-11 09:34:52

sobereva 发表于 2022-8-11 06:47
“算的算的就不报错”病句

Q：Gaussian任务没有报错，但是却停了怎么办？

老师，我主要是为了算反应前后的能量的自由能变。和基态进行对比，因为基态中基态气象自由能中使用的是m062x代替了双杂化泛函结合def2tzvp. 所以我这里激发态也采用了相同的泛函。

那此时应该使用泛函更好一些呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-12 06:32:49

Lym 发表于 2022-8-11 09:34
老师，我主要是为了算反应前后的能量的自由能变。和基态进行对比，因为基态中基态气象自由能中使用的是m0 ...

既然关注点不在于激发能，那就也用和基态一样的

一条君 · 发表于 Post on 2022-9-12 13:29:08

本帖最后由一条君于 2022-9-12 13:31 编辑

老师，“如果你不是用的SMD，而是其它溶剂模型结合dis cav rep选项来考虑溶剂非极性部分的贡献，那更没法严格地自定义新溶剂或者定义混合溶剂。”（1）这句话的意思是其他模型考虑非极性部分都是用一种参数，不区分溶剂的意思吗，比如统一用的谁的参数
（2）请问如果是不在内置的新溶剂，SMD不容易实现，用PCM模型是不是加上非极性部分比不加，算能量结果要好呢
（3）场景是算锂离子和极性聚合物PVDF、PEO的结合能，还是说这种情况只需要考虑极性部分就行呢，谢谢老师

一条君 · 发表于 Post on 2022-9-12 13:56:32

一条君发表于 2022-9-12 13:29
老师，“如果你不是用的SMD，而是其它溶剂模型结合dis cav rep选项来考虑溶剂非极性部分的贡献，那更没法严 ...

即使用PCM溶剂模型时使用 “Dis Rep Cav” 考虑了非极性部分，而所使用的相应溶剂在高斯中并没有定义非极性部分的参数。其他均会报此错误。

解决：高斯或许可能有方法自定义 Dis Rep Cav 的参数，但未在说明书中给出。可以用SMD模型考虑非极性部分；或是不考虑非极性部分。
http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html看来只能考虑极性部分了

一条君 · 发表于 Post on 2022-9-12 14:43:36

"碰上这种情况时的相对最佳的做法是写比如scrf(read,SMD,solvent=AAA)，然后照常定义eps和epsinf，这里AAA是与你当前要用的溶剂特征最接近的自带的溶剂"
老师，比如聚环氧乙烷作溶剂，那么AAA是否可以当作环氧乙烷呢，那聚偏二氟乙烯的AAA可以取谁呢，谢谢~

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-12 14:45:58

一条君发表于 2022-9-12 14:43
"碰上这种情况时的相对最佳的做法是写比如scrf(read,SMD,solvent=AAA)，然后照常定义eps和epsinf，这里AAA ...

看SMD计算非极性部分涉及的参数，取那些参数与当前溶剂最近的内置溶剂。或者那些参数如果对当前体系有现成的值，直接自定义设置非极性部分参数

一条君 · 发表于 Post on 2022-9-12 15:14:28

sobereva 发表于 2022-9-12 14:45
看SMD计算非极性部分涉及的参数，取那些参数与当前溶剂最近的内置溶剂。或者那些参数如果对当前体系有现 ...

老师，那这个前提可以用吗：比如聚环氧乙烷作溶剂，那么AAA是否可以当作环氧乙烷呢，
（看起来酸碱度应该接近，气液表面张力应该不一样吧，这样已经算最好的近似了吗）

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[综合交流] 谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算