谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-26 22:40:51

鉴于时不时有人问怎么算质子的溶解自由能，很多人犯了严重误区，今日在此文第二节添加了“(8)关于单原子离子的溶解自由能的计算”

linima · 发表于 Post on 2019-11-27 13:35:21

sob老师，我把您的算环氧乙烷的实例1号文件在自己电脑上跑了一下出现这个图一的情况，我用的高斯09 ，另外我主要是想跑我的CO2自由基负离子，想算这个自由基负离子在乙腈环境下的自由能：

#P B3LYP/6-311G* em=GD3BJ opt freq scrf(SMD,solvent=acetonitrile)

Title Card Required

-1 2

这和结果跑下来还是图一的情况。

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-28 02:24:18

linima 发表于 2019-11-27 13:35
sob老师，我把您的算环氧乙烷的实例1号文件在自己电脑上跑了一下出现这个图一的情况，我用的高斯09 ，另 ...

提问Gaussian问题的常识：绝对不要问l几几几报错怎么回事，更不要问2070提示怎么处理，应当从输出文件末尾逐渐往上找对应报错的确切的提示语句并贴出来，关键词也最好一并贴出来。说不清楚的时候直接上传输出文件。

linima · 发表于 Post on 2019-11-28 15:01:25

本帖最后由 linima 于 2019-11-28 15:02 编辑

sobereva 发表于 2019-11-28 02:24
提问Gaussian问题的常识：绝对不要问l几几几报错怎么回事，更不要问2070提示怎么处理，应当从输出文件末 ...

em=GD3BJ  sob老师这个短语下面有个黑点
%chk=C:\mol.chk
------------------------------------------------------------
#P B3LYP/6-311G* em=GD3BJ opt freq scrf(SMD,solvent=ethanol)
------------------------------------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
#P B3LYP/6-311G* em=GD3BJ opt freq scrf(
                              '
Last state="GCL"
TCursr= 1177 LCursr= 19
Error termination via Lnk1e in d:\gaussian\l1.exe at Thu Nov 28 14:58:50 2019.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    1 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

linima · 发表于 Post on 2019-11-28 16:53:25

sobereva 发表于 2019-11-28 02:24
提问Gaussian问题的常识：绝对不要问l几几几报错怎么回事，更不要问2070提示怎么处理，应当从输出文件末 ...

我用热力学组合方法的时候也是出现这种错误，在W1下面标了一个点

%chk=C:\Users\Administrator\Desktop\O2-gas.chk
-----------------------
#p W1 geom=connectivity
-----------------------
QPErr --- An ambiguous keyword was detected.
#p W1 geom=connectivity
      '
Last state="GCL"
TCursr=  430 LCursr= 3
Error termination via Lnk1e in d:\gaussian\l1.exe at Thu Nov 28 14:22:58 2019.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    1 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-29 08:29:57

linima 发表于 2019-11-28 16:53
我用热力学组合方法的时候也是出现这种错误，在W1下面标了一个点

%chk=C:%users\Administrator\Deskto ...

没法直接写W1
看手册就知道，要么W1U要么W1BD

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-29 08:30:24

linima 发表于 2019-11-28 15:01
em=GD3BJ sob老师这个短语下面有个黑点
%chk=C:\mol.chk
----------------------------------------- ...

G09 D.01之前的版本不支持DFT-D3，看
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

naonao5205 · 发表于 Post on 2019-12-14 18:46:35

sob老师你好，请问在文中提到：
“但是，在优化和振动分析过程中使用SMD时，极个别情况下可能造成本来是高对称性的结构出现虚频、优化收敛变得困难，而默认的IEFPCM则没这个问题。因此使用SMD优化和振动分析时碰到这种情况，可以尝试改用默认的IEFPCM再试。”
请问在实际过程中，在一条反应路径中，使用IEFPCM优化和震动分析的结果可以和SMD模型的结果进行比较吗？（因为SMD难以得到优化的结果）

sobereva · 发表于 Post on 2019-12-15 10:45:20

naonao5205 发表于 2019-12-14 18:46
sob老师你好，请问在文中提到：
“但是，在优化和振动分析过程中使用SMD时，极个别情况下可能造成本来是高 ...

某一类型任务在不同体系间横向对比时，要用IEFPCM就都用，要么都用SMD。否则容易被审稿人批

naonao5205 · 发表于 Post on 2019-12-16 13:47:06

本帖最后由 naonao5205 于 2019-12-21 11:06 编辑

sobereva 发表于 2019-12-15 10:45
某一类型任务在不同体系间横向对比时，要用IEFPCM就都用，要么都用SMD。否则容易被审稿人批

谢谢sob老师解答。
使用IEFPCM模型优化好的结构作为smd模型初始结构，opt(gdiis,maxstep=5,notrust) 后能正常收敛了。（猜测是分子太柔了给的初始构型不够好）修改：
老师要求下换成09（fine）没遇到SMD无法震荡错误了

leo1992 · 发表于 Post on 2019-12-20 23:14:56

原文：在SMD模型下计算溶解自由能，一定要用M05-2X/6-31G* 对于体系带有负电荷，M05-2X/6-31G*是否需要改成M05-2X/6-31+G*

sobereva · 发表于 Post on 2019-12-22 00:34:26

leo1992 发表于 2019-12-20 23:14
原文：在SMD模型下计算溶解自由能，一定要用M05-2X/6-31G* 对于体系带有负电荷，M05-2X/6-31G*是否需要改 ...

不需要

a815648905 · 发表于 Post on 2019-12-26 21:56:52

老师，想请教一下，如果想计算反应势垒，按照您上面的方法需要把每个分子都纳入吗？比如反应物和生成物有气体的，是不是不用计算溶解自由能，谢谢老师了。

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-3 12:07:42

a815648905 发表于 2019-12-26 21:56
老师，想请教一下，如果想计算反应势垒，按照您上面的方法需要把每个分子都纳入吗？比如反应物和生成物有气 ...

单独的气体状态的分子不用考虑溶解自由能。但如果是已经进入了溶液里面才参加的反应（诸如计算溶液中的反应物复合物），需要把复合物当做溶液中的体系考虑溶解自由能。

九曜 · 发表于 Post on 2020-2-11 16:53:38

社长，实验里的反应是在CDCl3溶剂里进行的，NMR检测的产物比例。在计算该反应机理的时候溶剂里没有CDCl3，请问写SCRF(SMD,solvent=chloroform)可以么。

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[综合交流] 谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算