简单量子化学问题答疑专帖

wzkchem5

霜晨月 发表于 2023-6-24 01:00
我算的一个反应，溶剂是三种溶剂的混合，按体积加权平均的eps=41.8。几何优化和振动分析都是用Gaussian，溶 ...

之前论坛上有人讨论过SMD定义混合溶剂的问题，印象中有人建议说非极性项的参数也可以按体积平均，但是没有给文献支持。我记不清了，你可以搜一下。
此外如果这三种溶剂里有水的话会更麻烦一些，因为SMD溶剂模型对于水的函数形式和其他溶剂有区别。
不管怎么样，如果最后选用了某种没有充分文献支持的方法，可以考虑挑一个代表性反应把eps改大一些（例如20%左右）、改小一些重算，如果计算结果变化不大，就可以说明这种方法即使估出来的参数不准，也不太影响计算出来的自由能。

霜晨月

wzkchem5 发表于 2023-6-24 18:02
之前论坛上有人讨论过SMD定义混合溶剂的问题，印象中有人建议说非极性项的参数也可以按体积平均，但是没 ...

谢谢王老师，看来SMD自定义混合溶剂确实挺复杂的

美泽虎

老师们好，麻烦和大家请教一个问题。今天做几何优化的时候不小心在opt=calcall后面加了个freq，相当于算了两遍frequency。但是有一个奇怪的点是算calcall对应的那一步的frequency的时候输出的是
Maximum Force            0.000002     0.000450     YES
RMS     Force            0.000000     0.000300     YES
Maximum Displacement     0.000541     0.001800     YES
RMS     Displacement     0.000106     0.001200     YES
后面跟的freq对应输出的是
Maximum Force            0.000002     0.000450     YES
RMS     Force            0.000000     0.000300     YES
Maximum Displacement     0.000629     0.001800     YES
RMS     Displacement     0.000111     0.001200     YES
就是相当于两遍算frequency输出的这四个量不完全一样，对应的输出文件也放在附件里面了， 000008_1.rar (89.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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想请教一下各位老师这个的可能原因是什么。麻烦各位老师了！

溪临昭煌

请问各位老师，我看别的论文里面会用QM/MM结合伞状采样得到各种过渡态并且比较能垒大小，我用的簇模型摆我的酶的可能的过渡态（和文献的酶不一样）并进行过渡态优化却无法优化出来我想要的结果，是因为我的酶不存在这种过渡方式，还是我摆的初猜有问题，还是QM/MM本身在过渡态搜索方面有独特的优势呢？

tsl666

我相根据文献算出分子和铅离子的相互作用能，在算复合物的结构优化一直无法收敛。
文献是这样的




我的输入文件是
%nprocshared=12
%mem=40000MB
%chk=C:\Users\linhuihuang\Desktop\GAUSIAN\FBTA\FBTApb2.chk
#p opt=(calcfc,cartesian,maxcycle=200,maxstep=1) freq b3lyp/genecp scrf=cpcm em=gd3bj scf=conver=6

Title Card Required

0 1
C                  4.79296106   -0.56046608   -0.03519812
C                  6.30178057   -0.58212946   -0.38737381
S                  6.96549748    0.84506743    0.43353031
S                  5.36277061    2.03100948    0.17397186
C                  4.29820279    0.80614033   -0.56203389
C                  2.81876105    1.06977136   -0.22535776
C                  1.94341429   -0.02136381   -0.86940133
C                  0.46397256    0.24226722   -0.53272520
C                 -0.41137418   -0.84886792   -1.17676883
C                 -1.89081593   -0.58523691   -0.84009272
O                 -2.30875700    0.63305869   -0.65445120
O                 -2.72300315   -1.58076433   -0.74124297
C                 -3.97313058   -1.35799644   -0.45674768
C                 -4.40838280   -0.08923887   -0.26341693
C                 -5.71029063    0.14275609    0.03286232
C                 -6.57694676   -0.89400633    0.13580838
C                 -6.14169495   -2.16276375   -0.05752426
C                 -4.83978681   -2.39475883   -0.35380217
F                 -7.87385871   -0.66290170    0.43095246
H                  4.26717562   -1.36764128   -0.50094254
H                  4.65859281   -0.62945062    1.02408763
H                  6.42035868   -0.49552769   -1.44725086
H                  6.78486789   -1.47872527   -0.05928450
H                  4.42112144    0.82074126   -1.62484988
H                  2.68609246    1.05297622    0.83625279
H                  2.53170131    2.02786509   -0.60555917
H                  2.07608288   -0.00456868   -1.93101188
H                  2.23047403   -0.97945754   -0.48919991
H                  0.33130395    0.22547204    0.52888535
H                  0.17691282    1.20036096   -0.91292658
H                 -0.27870557   -0.83207273   -2.23837938
H                 -0.12431444   -1.80696166   -0.79656745
H                 -3.72411311    0.72933825   -0.34469736
H                 -6.05394438    1.14450527    0.18550794
H                 -6.82596483   -2.98134079    0.02375545
H                 -4.49613366   -3.39650778   -0.50645072
Pb                -1.19328757    1.82928364    0.87324820

C 0
6-311g(2d,p)
****
S 0
6-311g(2d,p)
****
H 0
6-311g(2d,p)
****
F 0
6-311g(2d,p)
****
O 0
6-311g(2d,p)
****
Pb 0
SDD
****
但是看了不收敛的解决方法尝试了很多都失败，而且铅总是跑到分子里面和其他原子重叠该怎么解决呀

sobereva

溪临昭煌 发表于 2023-6-26 20:29
请问各位老师，我看别的论文里面会用QM/MM结合伞状采样得到各种过渡态并且比较能垒大小，我用的簇模型摆我 ...

"酶不存在这种过渡方法" 莫名其妙的描述。体系是体系，方法是方法
对于酶催化问题，QM/MM能干的事，用一个足够合理的簇模型基本都能干
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

sobereva

美泽虎 发表于 2023-6-26 11:18
老师们好，麻烦和大家请教一个问题。今天做几何优化的时候不小心在opt=calcall后面加了个freq，相当于算了 ...

受力是一样的
位移的判断方式不一样是因为里用的信息不一样。freq时只依赖于当前步的信息，而优化过程最后一步可以结合之前的信息估计下一步的位移

sobereva

tsl666 发表于 2023-6-26 22:27
我相根据文献算出分子和铅离子的相互作用能，在算复合物的结构优化一直无法收敛。
文献是这样的

没定义赝势。低级错误
仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

甭用cpcm，仔细看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

opt freq甭把SCF收敛限放那么宽

甭写cartesian、maxstep=1

美泽虎

sobereva 发表于 2023-6-26 22:53
受力是一样的
位移的判断方式不一样是因为里用的信息不一样。freq时只依赖于当前步的信息，而优化过 ...

明白啦！感谢sob老师的解答！

糖糖糖豆9988

请教各位老师，图中设计的两个经过双自由基中间体的开环反应通道哪一个更为可行呢？谢谢老师

wzkchem5

糖糖糖豆9988 发表于 2023-6-27 03:06
请教各位老师，图中设计的两个经过双自由基中间体的开环反应通道哪一个更为可行呢？谢谢老师

看中间体是否被共轭稳定就知道了

糖糖糖豆9988

wzkchem5 发表于 2023-6-27 14:21
看中间体是否被共轭稳定就知道了

谢谢老师，您的意思是上面的路径是烯丙基类型，所以应该更容易生成？

wzkchem5

糖糖糖豆9988 发表于 2023-6-27 07:36
谢谢老师，您的意思是上面的路径是烯丙基类型，所以应该更容易生成？

对，不仅是烯丙位还是二级碳，两个因素都有利于自由基稳定，其中前者的贡献更大

糖糖糖豆9988

wzkchem5 发表于 2023-6-27 16:23
对，不仅是烯丙位还是二级碳，两个因素都有利于自由基稳定，其中前者的贡献更大

谢谢老师，但是我通过扫描的方式寻找开环过渡态，0.05埃扫描了30步，结果如图，并没有出现拐点，这表明没有过渡态？

wzkchem5

糖糖糖豆9988 发表于 2023-6-27 10:18
谢谢老师，但是我通过扫描的方式寻找开环过渡态，0.05埃扫描了30步，结果如图，并没有出现拐点，这表明没 ...

检查有没有收敛到正确的自旋对称性破缺波函数。如果波函数是正确的，而且扫描的键长范围够宽，那就是没有过渡态